Naypyidaw is verdeeld in verschillende zones. De stad mist nog steeds veel van de voorzieningen die men zou verwachten in een grote stad.
WOONZONES
In de goed geplande woonwijken worden appartementen toegewezen op basis van positie en burgerlijke staat. Er zijn nu 1,200 vier verdiepingen tellende appartementsgebouwen in de stad. De daken van flatgebouwen hebben een kleurcode op basis van het werk van hun huurders; gebouwen met blauwe daken huisvesten medewerkers van het ministerie van Volksgezondheid, terwijl die met groene daken medewerkers van het ministerie van Landbouw huisvesten. Er zijn ongeveer 50 herenhuizen waarin hoge regeringsfunctionarissen wonen. Veel inwoners van de stad wonen echter in sloppenwijken.
MILITAIRE ZONES
Hoge militaire commandanten en andere essentiële functionarissen wonen in een complex met tunnels en bunkers dat is gesloten voor het publiek, 11 kilometer (6.8 mijl) verwijderd van normaal overheidspersoneel. In de stad bevindt zich ook een militaire basis, die alleen toegankelijk is voor burgers en andere bevoegde personen met schriftelijke toestemming. De wegen binnen de militaire zone hebben acht rijstroken om kleine vliegtuigen te laten landen.
MINISTERIEZONE
In de Ministry Zone in de stad zijn de kantoren van de Birma-ministeries gevestigd. Het uiterlijk van alle ministeriesgebouwen is hetzelfde. Daar bevinden zich ook een parlementair complex met 31 gebouwen en een presidentiële residentie met 100 kamers. Het stadhuisgebouw, dat veel kenmerken van stalinistisch ontwerp heeft, maar een dak in Birmese stijl, bevindt zich ook in deze zone.
HOTELZONE
Aan de steile rand van de stad vindt u in de hotelzone een aantal hotels in villastijl. Momenteel zijn er twaalf hotels in of rond Naypyidaw. Acht van hen bevinden zich in de Naypyidaw Hotel Zone, terwijl de andere twee op de Yangon-Mandalay Road in Laeway (Lewe) liggen. Ter voorbereiding op de 25e ASEAN-top in Naypyitaw in november 2014 werden veertig villa's gebouwd nabij het Myanmar Convention Centre. De regering begon in 2010 met de bouw van de villa's. Wegens geldgebrek werd het project uiteindelijk uitbesteed aan een bieding voor particuliere investeerders om te voltooien. De details van het inkoopproces zijn niet bekend, maar er werden 10 bedrijven uitgekozen om deel te nemen aan de activiteit, waaronder bedrijven die worden gecontroleerd door belangrijke zakenmensen met sterke banden met de overheid.
De deelnemers en toeschouwers van de Zuidoost-Aziatische Spelen van 2013, die werden gehouden in Naypyidaw, waren ondergebracht in 348 hotels en 442 herbergen.