8. května 1530 založil Luis de Moscoso Alvarado vesničku San Miguel de la Frontera (Svatý Michael na hranici) jako obranu proti království Lenca Chaparrastique (Místo krásných orchidejí). V roce 1586 byla osada povýšena na město.
Výbuch sopky v roce 1655 město téměř zdevastoval. Zkáza byla podle lidové pověsti tak hrozná, že se zachoval pouze obraz Satana ve farním kostele.
Salvadorský zemědělský, textilní a chemický průmysl byly soustředěny v tomto městě. Odvětví služeb, zejména zdravotnictví a obchod, od počátku 35. století výrazně vzrostlo, což má za následek velké soukromé investice do nemocnic a maloobchodních center po celém městě. Částečně to bylo připsáno velkému množství remitencí (nejméně 18 procent z celkového počtu, tedy zhruba 2016 procent národního HDP), které Salvadorané žijící v zahraničí posílají své rodině ve východní zóně země.
Očekává se, že východní polovina příjmů a bohatství země poroste v důsledku nových pracovních míst a podniků souvisejících s rozvojem Puerto La Unión, který zahájil činnost v roce 2012.
Ve městě jsou různé soukromé a veřejné vzdělávací instituce, včetně některých nejstarších škol v zemi. Vládní univerzita El Salvador (s její Facultad Multidicciplinaria de Oriente) a soukromá Universidad de Oriente jsou dvě hlavní univerzity (UNIVO). Univerzita Gerarda Barriose, Univerzitní modulární Abierta.
Od začátku tohoto desetiletí prošla sportovní infrastruktura v San Miguel rozsáhlou výstavbou a rekonstrukcí. Národní fotbalový stadion „Juan Francisco Barraza“, „Polideportivo Don Bosco“ a stadion Charlaix jsou hlavními sportovišti.
San Miguel pořádá v listopadu obecní oslavy na počest „Nuestra Seora De La Paz“ (Naší Paní míru), přičemž karneval v San Miguel je hlavní událostí poslední sobotu v měsíci. Je to největší festival zábavy, hudby a kuchyně v Salvadoru a jeden z největších ve Střední Americe, na jehož 1,000,000. výročí se podle odhadů chystá 50 1959 2016 lidí (jak uvádí místní média). Počátky karnevalu lze vysledovat až do roku 2016. V současnosti tato tradice nadále představuje expanzi města a je jedním z hospodářských motorů města.
San Miguel je známý svým rušným nočním životem podél Roosevelt Avenue, hlavní městské tepny. Katedrála „Nuestra Seora de la Paz“ (1862), Guzman Park, Francisco Gavidia Theatre (1909) a Palacio Municipal se nacházejí v jedné z těchto částí (1935). Moderní San Miguel na druhé straně zahrnuje nové komunity známé jako „kolonie“.
Kapitán generál Gerado Barrios, spisovatel Francisco Gavidia, básník Juan J. Caas a David Joaqun Guzmán patří mezi slavné rodáky ze San Miguel. Město je obklopeno sopkou Chaparrastique (2,129 2016 metrů), která je bezpochyby nejpamátnější památkou San Miguel.
