Khartoum Airport (KRT) fungerar som den primära flygporten till Sudan. Många europeiska, Mellanöstern och afrikanska flygbolag servar flygplatsen. British Airways (med förbindelser till London), EgyptAir (Kairo), Emirates (Dubai), Ethiopian Airlines (Addis Abeba), Gulf Air (Bahrain), Kenya Airlines (Nairobi), KLM (Amsterdam), Lufthansa (Frankfurt), Qatar Airways (Doha), Turkish Airlines (Doha) är bland städerna med direktflyg till Khartoum (Istanbul, på tisdagar, fredagar, söndagar).
Sudan Airways, landets nationella flygbolag, ansluter Khartoum till ett antal afrikanska och regionala städer, samt till Sudans interna flygplatser i Port Sudan, Nyala, El-Fashir, Malakal, Juba, Dongola, Wadi Halfa och El-Obeid.
Flygplatsskatt är SDG 35 för internationella avgångar från Khartoum och måste betalas före incheckning. Flygplatsskattedisken (lilla skylten) finns till vänster när du går in i flygplatsbyggnaden. Kom tidigt, eftersom flygplatsen kan bli ganska hektisk. Förbered dig på långa förseningar och linjehopp. Immigration och andra säkerhetsprocedurer kan potentiellt ta en längre tid.
Det finns en bank där man kan växla pengar som är öppen på natten när det går flyg.
Så här tar du dig dit/bort: Khartoums flygplats ligger nära Al-Amarat, nära staden. Taxi bör kosta mellan SDG 5 och 15, men lokalbefolkningen kan betala mindre. Dessutom kan du gå ut till huvudvägen cirka 200 meter från flygplatsterminalen och ta en av minibussarna som kryssar längs vägen.
Genom Atbara förbinder järnvägslinjer Khartoum med Wadi Halfa och Port Sudan. Tåg avgår från Khartoums centralstation, som ligger i Khartoum North (Bahri).
Den kaotiska Souq al-Shaabi var en gång den primära busstationen för långväga södergående bussar i Khartoum, men en ny, mer välordnad terminal har byggts upp. Bussar avgår mot Port Sudan, Wad Medani, Kassala och El-Obeid. Långdistansbussar avgår från Omdurman i riktning mot norr. Återigen, inga bussar ansluter till södra Sudan.
Den stora tjärade vägen förbinder Khartoum med Wad Medani, sedan österut till Gedaref (för den etiopiska gränsen vid Gallabat), Kassala (för den för närvarande stängda Eritreanska gränsen) och slutligen till Port Sudan. Från Khartoum leder en väg söderut till El-Obeid och sedan västerut till den tchadiska gränsen genom Darfur, som nu är ganska riskabel att använda. Vägen går in från norr genom Wadi Halfa och Atbara.
Det finns inga vägar som förbinder södra Sudan med resten av landet. Att flyga är det enda valet.