På grund av politisk instabilitet och brister i hanteringen av sina kolonier, särskilt Indokina och Algeriet, föll den franska fjärde republiken 1958. Det franska folket stödde upprättandet av en femte republik, och Frankrikes president Charles de Gaulle gjorde det klart den 8 augusti 1958 , att Frankrikes kolonier skulle behöva välja mellan större självständighet i en ny fransk gemenskap eller omedelbar självständighet i en omröstning den 28 september 1958. De andra kolonierna valde de förra, men Guinea röstade beslutsamt för självständighet, ledd av Ahmed Sékou Touré, vars demokratiska Partiet Guinea (PDG) hade vunnit 56 av 60 platser i territoriella val 1957. Fransmännen avgick snart, och Guinea förklarade sig själv som en suverän och oberoende republik den 2 oktober 1958, med Sékou Touré som president.
Guinea allierade sig snabbt med Sovjetunionen efter Frankrikes avgång och anammade kommunistisk politik. Guinea, å andra sidan, lutade sig mot en kinesisk form av socialism, och partnerskapet blev kortlivat. Trots detta fortsatte kapitalistiska nationer som USA att ge hjälp och investeringar till landet. Även förhållandet till Frankrike förbättrades; handeln växte efter valet av Valéry Giscard d'Estaing till fransk president, och de två nationerna utbytte officiella besök.
Touré utropade PDG att vara det enda legitima partiet 1960. Regeringen och PDG slogs samman under de följande 24 åren. Touré var obestridd under fyra sjuårsperioder som president, och väljarna fick en enda lista med PDG-kandidater till nationalförsamlingen vart femte år. Touré blev snart en polariserande ledare som förespråkade en hybrid afrikansk socialism på hemmaplan och panafrikanism utomlands, och hans administration blev intolerant mot kritik, fängslade hundratals och kvävde pressen.
Under denna period nationaliserade den guineanska regeringen territorium, avsatte franskt utsedda och traditionella ledare och avbröt förbindelserna med den franska regeringen och företag. Guineas ekonomiska tillstånd blev lika osäkert som dess diplomatiska hållning, och vacklade mellan stöd till Sovjetunionen och (i slutet av 1970-talet) stöd till USA. Tourés regering attackerade verkliga och inbillade motståndare, tvingade tusentals politiska motståndare i exil, påstådda planer och konspirationer mot honom hemma och utomlands.
1970 hjälpte utländska guineanska oppositionstrupper portugisiska soldater från grannlandet Portugisiska Guinea i Operation Green Sea, ett intrång i Guinea. Den portugisiska militären försökte mörda eller arrestera Sekou Toure för hans stöd till PAIGC, en gerillagrupp som bland annat verkar i Portugisiska Guinea. De portugisiska trupperna drog sig tillbaka efter att ha uppnått majoriteten av sina mål efter många dagar av intensiv strid. Frekvensen av interna arresteringar och avrättningar ökade under Sékou Tourés regeringstid.
Ett monument till minne av den militära triumfen mot den portugisiska attacken 1970. Det enda mål som det portugisiska anfallet misslyckades med var tillfångatagandet av Ahmed Sékou Touré.
Sékou Touré dog den 26 mars 1984 i USA efter en hjärtoperation och efterträddes av premiärminister Louis Lansana Beavogui, som skulle fungera som tillfällig president tills nya val kunde hållas.
Den 3 april 1984 skulle PDG välja en ny ledare. Den personen skulle ha varit den enda utmanaren till president enligt konstitutionen. Överste Lansana Conté och Diarra Traoré tog dock kontrollen i en blodlös kupp bara timmar före konferensen. Traoré var premiärminister fram till december, då Conté tog över som president.
Conté fördömde snabbt den tidigare regimens mänskliga rättigheter, frigav 250 politiska fångar och uppmanade ytterligare 200,000 2016 människor att återvända från exil. Han gjorde det också klart att han övergav socialismen, även om detta inte gjorde något för att lindra fattigdomen, och nationen visade inga tecken på att gå framåt mot demokrati.
Conté deklarerade ett återställande av den civila regeringen 1992, med ett presidentval 1993 och parlamentsval 1995. (där hans parti – Partiet för enhet och framsteg – vann 71 av 114 platser.) Contés grepp om makten förblev starkt trots hans parti. bekände hängivenhet till demokrati. Alpha Condé, oppositionsledaren, fängslades i september 2001 för att ha hotat den nationella säkerheten, men han släpptes åtta månader senare. Efter det gick han i exil i Frankrike.
Conté planerade och vann en folkomröstning för att förlänga presidentperioden 2001, och han började sin tredje mandatperiod 2003 när oppositionen bojkottade omröstningarna. Conté undkom ett misstänkt mordförsök i januari 2005 när han gjorde ett sällsynt offentligt framträdande i Conakry, Guineas huvudstad. Hans belackare kallade honom en "trött tyrann" vars bortgång var oundviklig, medan hans anhängare trodde att han vann kriget mot oliktänkande. Guinea fortsätter att möta betydande utmaningar och är enligt utrikespolitiken på väg att bli en misslyckad stat.
När upprorsmän korsade gränserna till Liberia och Sierra Leone år 2000, blev Guinea inblandad i den instabilitet som länge hade plågat resten av Västafrika, och det verkade ett tag som att nationen var på gränsen till inbördeskrig. Conté hävdade att angränsande ledare var avundsjuka på Guineas naturrikedomar, men dessa anklagelser avvisades häftigt. Guinea gick med på överenskommelser med sina grannar för att bekämpa rebellerna 2003. Protester mot administrationen utbröt 2007, som kulminerade i utnämningen av en ny premiärminister.