Konstytucja maltańska ogłasza katolicyzm jako religię oficjalną, pomimo ustanowionej ochrony wolności religijnej.
Najszerzej praktykowaną religią na Malcie jest katolicyzm. Konstytucja Malty definiuje katolicyzm jako religię oficjalną, która jest również reprezentowana w wielu aspektach kultury maltańskiej.
Na Malcie, Gozo i Comino jest około 360 kościołów, czyli jeden na 1,000 mieszkańców. Kościół parafialny (malt. „il-parroa” lub „il-knisja parrokkjali”) jest architektonicznym i geograficznym centrum każdego maltańskiego miasteczka i przysiółka, a także źródłem dumy obywatelskiej. Ta duma miasta jest prezentowana na lokalnych wiejskich festach, które celebrują patrona każdej parafii z orkiestrami marszowymi, procesjami religijnymi, specjalnymi Mszami, pirotechniką (zwłaszcza petardami) i innymi uroczystościami.
Malta jest Stolicą Apostolską; Dzieje Apostolskie mówią o rozbiciu się św. Pawła na wyspie „Melite”, którą wielu biblistów określa jako Maltę, podczas jego podróży z Jerozolimy do Rzymu, by stanąć przed sądem, co miało miejsce około 60 rne. spędził na wyspie trzy miesiące w podróży do Rzymu, jak wspominają Dzieje Apostolskie, uzdrawiając chorych, w tym ojca Publiusza, „głównego człowieka wyspy”. Ta historia wiąże się z wieloma różnymi tradycjami. Uważa się, że wrak statku miał miejsce w miejscu, które jest obecnie znane jako Zatoka św. Pawła. Święty Publiusz, święty maltański, został podobno pierwszym biskupem Malty, a grota w Rabacie, obecnie znana jako „Grota św. odkryto), jest jednym z najwcześniejszych znanych miejsc kultu chrześcijańskiego na wyspie.
Katakumby w różnych miejscach na Malcie, w szczególności Katakumby św. Pawła i Katakumby św. Agaty w pobliżu Rabatu, tuż za murami Mdiny, dostarczają dalszych dowodów działalności chrześcijańskiej i wierzeń w czasach rzymskich prześladowań. Te ostatnie były szczególnie dobrze ozdobione freskami między 1200 a 1480 rokiem, ale najeżdżający Turcy uszkodzili kilka z nich w latach pięćdziesiątych XVI wieku. Istnieje również wiele kościołów jaskiniowych, takich jak grota w Melliea, która jest Sanktuarium Narodzenia Najświętszej Marii Panny, a tradycja mówi, że św. Łukasz namalował tam portret Madonny. Od średniowiecza jest miejscem pielgrzymek.
Zgodnie z Aktami Soboru Chalcedońskiego pewien Acacius był biskupem Malty w 451 AD (Melitenus Episcopus). Wiadomo również, że niejaki Constantinus, Episcopus Melitenensis, uczestniczył w V Soborze Powszechnym w 501 roku. Papież Grzegorz I odwołał Tucillus, Miletinae civitatis episcopus w 588 r., a duchowieństwo i ludność Malty wybrali Trajana na swojego następcę w 599 r. n.e. Przed podbojem wysp ostatnim udokumentowanym biskupem Malty był Grek imieniem Manas, który został następnie uwięziony w Palermo.
Według maltańskiego historyka Giovanniego Francesco Abel, Maltańczycy zachowali wiarę chrześcijańską pomimo inwazji Fatymidów po przejściu na chrześcijaństwo z rąk św. Pawła. Malta jest opisana w pracach Abeli jako wyznaczony przez Boga „przedmurze chrześcijańskiej kultury europejskiej przeciwko ekspansji śródziemnomorskiego islamu”. W XII i XIII wieku imigracja na Maltę z Włoch wzmocniła miejscową ludność chrześcijańską, która powitała Rogera I z Sycylii.
Przez wieki Kościół na Malcie podlegał diecezji Palermo, z wyjątkiem sytuacji, gdy był pod rządami Karola Anjou, który wybierał biskupów na Maltę, tak jak czynili to Hiszpanie, a następnie Rycerze w rzadkich przypadkach. Od 1808 r. pełnili służbę wszyscy biskupi maltańscy. Malta stała się oddanym krajem katolickim, jakim jest dzisiaj, w wyniku ery normańskiej i hiszpańskiej, a także autorytetu Rycerzy. Warto wspomnieć, że Urząd Inkwizytora Malty długo przebywał na wyspie po jej założeniu w 1530 roku: ostatni Inkwizytor opuścił Wyspy w 1798 roku, kiedy Rycerze poddali się wojskom Napoleona Bonaparte. Kilka rodzin maltańskich przeniosło się na Korfu pod rządami Republiki Weneckiej. Ich potomkowie stanowią około dwóch trzecich z 4,000 katolików, którzy obecnie mieszkają na wyspie.
Patronami Malty są św. Paweł, św. Publiusz i św. Agata. Chociaż nie jest patronem, św. Jerzy Preca (San lub Preca) jest wysoko ceniony jako drugi święty maltański kanonizowany po św. Publiuszu Malcie, pierwszym uznanym świętym Malty (kanonizowanym w roku 1634). 3 czerwca 2007 r. został kanonizowany przez papieża Benedykta XVI. Ponadto wielu Maltańczyków zostało ogłoszonych błogosławionymi, w szczególności Maria Adeodata Pisani i Naziu Falzon, beatyfikowani przez papieża Jana Pawła II w 2001 roku.
Malta jest domem dla wielu rzymskokatolickich zakonów, w tym jezuitów, franciszkanów, dominikanów i małych sióstr ubogich.
Większość kongregacji lokalnych kościołów protestanckich nie jest maltańczykami; ich kongregacje wywodzą się z licznych brytyjskich emerytów mieszkających na wyspie, a także turystów z wielu innych krajów. W okolicy jest około 600 Świadków Jehowy. Każdy z Kościołów Jezusa Chrystusa Świętych w Dniach Ostatnich (Kościół LDS), Biblijny Kościół Baptystów oraz Wspólnota Kościołów Ewangelicznych ma około 60 oddziałów. Inne kościoły wyznaniowe to St. Andrew's Scots Church w Valletcie (mieszana kongregacja prezbiteriańska i metodystyczna) i anglikańska katedra św. Pawła, a także kościół adwentystów dnia siódmego w Birkirkara. W 1983 roku w Gwardamangii powstała kongregacja Kościoła Nowoapostolskiego.
Ludność żydowska Malty osiągnęła szczyt pod kontrolą Normanów w średniowieczu. Malta i Sycylia zostały zaanektowane przez Aragończyków w 1479 roku, a dekret z Alhambry z 1492 roku zmusił wszystkich Żydów do ucieczki z narodu, pozwalając im zabrać ze sobą tylko kilka rzeczy. Kilkuset maltańskich Żydów mogło w tym czasie nawrócić się na chrześcijaństwo, aby pozostać w kraju. Obecnie jest tylko jedna kongregacja żydowska.
Buddyzm zen i wiara Bahá' mają około 40 wyznawców.
Meczet Mariam Al-Batool jest jedynym muzułmańskim meczetem w mieście. Właśnie powstała muzułmańska szkoła podstawowa. Z szacowanych 3,000 muzułmanów na Malcie około 2,250 to imigranci, 600 to naturalizowani obywatele, a 150 to Maltańczycy z urodzenia.
