Kowno jest największym ośrodkiem przemysłowym, handlowym i usługowym Litwy. Przemysł spożywczy i napojów, tekstylny i lekki, chemiczny, wydawniczy i przetwórczy, farmaceutyczny, metalowy, drzewny i meblarski to najbardziej rozwinięte gałęzie przemysłu w Kownie. Technologie informacyjne i elektronika stały się ostatnio kluczowymi obszarami działalności handlowej w Kownie. Miasto ma również spory sektor budowlany, który obejmuje budownictwo komercyjne, mieszkaniowe i drogowe.
Głównymi inwestorami zagranicznymi w Kownie są firmy ze Stanów Zjednoczonych, Finlandii, Estonii, Danii i Rosji. W Kownie ma swoje siedziby kilka dużych międzynarodowych i litewskich firm, w tym „Kraft Foods Lietuva”, największy producent leków generycznych na Litwie „Sanitas”, największy producent odzieży sportowej AB „Audimas”, jedna z największych firm budowlanych „YIT Kausta”, ” JSC „Senukai”, największy producent mocnych napojów alkoholowych na Litwie JSC „Stumbras”, stołeczny fiński browar JSC „Ragutis”, JSC „F Kowno jest uważane za jedno z największych centrów logistycznych na Litwie ze względu na swoje położenie geograficzne. W Kownie działa największa hurtownia, dystrybucja i firma logistyczna na Litwie i Łotwie JSC „Sanitex”, a także spółka zależna firmy transportowej i logistycznej Dematic w krajach bałtyckich. Koleje Litewskie, państwowe przedsiębiorstwo kolejowe, przygotowuje obecnie studium wykonalności dla Kowieńskiego Publicznego Centrum Logistycznego. Firma „Margasmilt” pracuje obecnie nad projektem obejmującym eksploatację złoża anhydrytu Pagiriai. Projekt obejmuje wydobycie anhydrytu, kopalnię z podziemnymi magazynami, budowę naziemnego terminala transportowego oraz budowę obiektu administracyjnego. Złoże anhydrytu Pagiriai znajduje się 10.5 km (6.5 mil) na południe od miasta Kowna i 2.2 km (1.4 mil) na południowy zachód od Garliava. Złoże Pagiriai zawiera 81.5 mln ton dobrze zbadanych złóż anhydrytu.
„Grupa UBIG” (oddział banku komercyjnego kio) to firma zarządzająca z różnorodnymi aktywami w branży deweloperskiej, bankowości, aluminium, górnictwie, logistyce, tekstyliach, sporcie, pośrednictwie finansowym i innych branżach. Litewska Centralna Unia Kredytowa – krajowa federacja spółdzielczych kas oszczędnościowo-kredytowych założona w 2001 roku – ma swoją siedzibę w Kownie. Litewska Centralna Unia Kredytowa liczy obecnie 61 członków.
W Kownie działają również firmy kreatywne, takie jak czołowy dystrybutor komponentów komputerowych, nośników danych „grupa ACME”, dostawca internetu i telewizji, firma telekomunikacyjna „Grupa Mikrovisata”, deweloper i producent oryginalnych technologii telewizyjnych i wbudowanych JSC „ Selteka.” Litewsko-niemiecka korporacja „Net Frequency” z siedzibą w Kownie świadczy usługi multimedialne i technologiczne. JSC „Baltijos Programin ranga”, spółka zależna No Magic, Inc., produkuje w Kownie wiodące na świecie narzędzia do modelowania oprogramowania. W lutym 2011 r. południowokoreańska firma LK Technology uruchomiła w Kownie zakład montażu oświetlenia LED. JSC „Baltic car equipment” jest pionierem w krajach bałtyckich w produkcji sprzętu elektronicznego do samochodów. Specjalizuje się również w tworzeniu nowych inicjatyw telemetrycznych, baz danych i płatności mobilnych. Kowieńska Wolna Strefa Ekonomiczna, która została utworzona w 1996 r., przyciągnęła również inwestorów zagranicznych, w tym utworzenie nowej propozycji elektrowni kogeneracyjnej o mocy 200 MW, zaproponowanej przez fińską firmę kapitałową Fortum Heat Lithuania. Air Lithuania przed upadkiem miała swoją siedzibę w Kownie. Elektrownia wodna w Kownie jest największą na Litwie.
Niektóre godne uwagi modyfikacje są obecnie w fazie opracowywania lub w toku postępowania sądowego. Žalgiris Arena, nowy symbol Kowna, rozpoczęto budowę jesienią 2008 roku. Zakończono ją w sierpniu 2011 roku. Obszar Vilijampole na prawym brzegu Wilii i Niemna, w pobliżu ich zbiegu, jest obecnie przedmiotem dyskusji na temat dodatkowych rozwój.
