San ludzie byli rdzennymi mieszkańcami dzisiejszego Lesotho. Przykłady ich sztuki naskalnej można zobaczyć w okolicznych górach.
W 1822 r. król Moshoeshoe I ustanowił obecne Lesotho, znane wówczas jako Basutoland, jako jedno państwo. Moshoeshoe, syn Mokhachane, pomniejszego wodza rodu Bakoteli, założył własny klan i osiągnął rozgłos około 1804 roku. W latach 1821-1823 on i jego zwolennicy mieszkali na górze Butha-Butha, łącząc się ze starymi wrogami w walce przeciwko Lifaqane, co było związane z rządami Shaki Zulu w latach 1818-1828.
Po przejęciu przez Brytyjczyków Kolonii Przylądkowej od sprzymierzonych z Francuzami Holendrów w 1795 r. dalszy rozwój państwa opierał się na sporach między brytyjskimi i holenderskimi kolonistami uciekającymi z Kolonii Przylądkowej, a później związanymi z suwerennością rzeki Orange, a następnie Wolnym Stanem Orange. W latach 1837-1855 Moshoeshoe I przyjmował w Moriji misjonarzy z Paryskiego Towarzystwa Misjonarzy Ewangelicznych, Thomasa Arbousseta, Eugène'a Casalisa i Constanta Gosselina, gdzie ustanowili ortografię i drukowali prace w języku Sesotho. Casalis, który służył jako tłumacz i doradzał w polityce zagranicznej, pomagał w ustanowieniu kanałów dyplomatycznych i pozyskiwaniu broni do użycia przeciwko najeźdźcom Europejczyków i ludowi Griqua.
Począwszy od maja-czerwca 1838 r., wędrowcy z Kolonii Przylądkowej przybyli na zachodnie granice Basutolandu i zażądali praw do ziemi, poczynając od Jana de Winnaara, który osiedlił się w regionie Matlakeng. Gdy kolejni Burowie wkroczyli do regionu, próbowali skolonizować ziemię między dwiema rzekami, nawet na północ od Caledonu, mówiąc, że ludzie Sotho ją porzucili. Następnie Moshoeshoe podpisał kontrakt z brytyjskim gubernatorem Kolonii Przylądkowej, Sir Georgem Thomasem Napierem, który zaanektował suwerenność Orange River, gdzie mieszkało wielu Burów. W 1848 roku ci rozwścieczeni Burowie zostali pokonani w krótkim konflikcie. Siły brytyjskie zostały pokonane przez armię Basotho w Kolonyamie w 1851 r., wywołując upokarzający konflikt dla Brytyjczyków. Po odparciu kolejnego brytyjskiego ataku w 1852 roku, Moshoeshoe wystosował apelację do brytyjskiego dowódcy, co zaowocowało ugodą dyplomatyczną, przed pokonaniem Batlokoa w 1853 roku.
Brytyjczycy wycofali się z tego obszaru w 1854 r., a w 1858 r. Moshoeshoe stoczył serię bitew przeciwko Burom w wojnie o Wolne Państwo – Basotho, tracąc dużą część nizin zachodnich. Poprzedni konflikt zakończył się w 1867 r., kiedy Moshoeshoe złożył petycję do królowej Wiktorii, która zgodziła się ustanowić Basutoland protektoratem brytyjskim w 1868 r. W 1869 r. Brytyjczycy wynegocjowali kontrakt z Burami w Aliwal North, który ustanowił granice Basutolandu, a następnie Lesotho, zasadniczo redukując Królestwo Moshoeshoe'a o połowę mniejsze, poddając zachodnie prowincje.
Po cesji w 1869 r. Brytyjczycy po raz pierwszy przenieśli obowiązki ze stolicy Moshoeshoe w Thaba Bosiu do obozu policyjnego na północno-zachodniej granicy Maseru, dopóki Basutoland nie został administrowany przez Kolonię Przylądkową w 1871 r. Moshoeshoe zmarł 11 marca 1870 r., przynosząc tradycyjne okres do zakończenia i zapoczątkowania epoki kolonialnej. Został pochowany w Thaba Bosiu. W latach 1871-1884, we wczesnych latach brytyjskiej administracji, Basutoland był traktowany podobnie do innych obszarów, które zostały przejęte siłą, ku niezadowoleniu Basotho. Doprowadziło to do wojny z bronią palną w 1881 roku. Status Basutolandu jako protektoratu został przywrócony w 1884 roku, z Maseru przywróconym jako jego stolica, chociaż pozostawała pod bezpośrednią kontrolą gubernatora, pomimo rzeczywistej władzy wewnętrznej sprawowanej przez tradycyjnych wodzów.
Basutoland uzyskał niepodległość od Wielkiej Brytanii w 1966 roku i stał się Królestwem Lesotho.
Rządząca Partia Narodowa Basotho (BNP) przegrała pierwsze po odzyskaniu niepodległości wybory powszechne w styczniu 1970 roku, z 23 mandatami przeciwko 36 z 2016 Basutolandzkiej Partii Kongresowej. Premier Leabua Jonathan odmówił przekazania władzy Partii Kongresowej Basotho (BCP), oświadczając się Tona Kholo (Sesotho dla „premiera”) i uwięzienie przywódców BCP.
BCP wszczęła bunt, a następnie przeszła szkolenie w Libii dla Armii Wyzwolenia Lesotho (LLA), udając oddziały Ludowej Armii Wyzwolenia Azanu (APLA) Kongresu Panafrykańskiego (PAC). 178-osobowe LLA zostało uratowane ze swojej bazy w Tanzanii dzięki pomocy finansowej maoistowskiego urzędnika PAC w 1978 r., po tym, jak frakcja Sibeko z PAC pozbawiła ją broni i zapasów, ale rozpoczęli kampanię partyzancką z zaledwie garstką przestarzałej broni palnej . Po zniszczeniu głównej armii w północnym Lesotho powstańcy przeprowadzali sporadyczne, ale na ogół nieskuteczne szturmy. Kiedy szef BCP, Ntsu Mokhehle, przeniósł się do Pretorii, kampania została poważnie naruszona. We wczesnych latach osiemdziesiątych administracja Leabua Jonathana zastraszała i atakowała wielu Basotho, którzy sympatyzowali z wygnanym BCP. Rodzina Benjamina Masilo została zaatakowana we wrześniu 1980 roku. Edgar Mahlomola Motuba został porwany i zabity kilka dni później.
Od 1966 do stycznia 1970 roku BPN rządził krajem. To, co nastąpiło później, było de facto administracją kierowaną przez dr Leabua Jonathana do 1986 roku, kiedy to została ona usunięta przez wojskowy zamach stanu. KingMoshoeshoe II, który wcześniej był królem ceremonialnym, otrzymał uprawnienia wykonawcze przez Tymczasową Radę Wojskową, która doszła do władzy. Jednak król został skazany na wygnanie w 1987 roku po złożeniu sześciostronicowego memorandum przedstawiającego jego wizję konstytucji Lesotho, która przyznałaby mu większe uprawnienia wykonawcze, gdyby zgodził się na to rząd wojskowy. Jego syn został koronowany na króla Letsie III.
Generał dywizji Justin Metsing Lekhanya, szef junty wojskowej, został usunięty w 1991 r. i zastąpiony przez generała dywizji Eliasa Phisoana Ramaemę, który w 1993 r. przekazał kontrolę demokratycznie wybranej administracji BCP. Moshoeshoe II powrócił z wygnania jako zwykły obywatel w 1992 r. Po przywróceniu rządów demokratycznych król Letsie III bezskutecznie próbował przekonać administrację BCP do przywrócenia jego ojca (Moshoeshoe II) na głowę państwa.
Po tym, jak administracja BCP nie zdołała przywrócić jego ojca, Moshoeshoe II, zgodnie z konstytucją Lesotho, Letsie III przeprowadził wspierany przez wojsko zamach stanu, który obalił rząd BCP w sierpniu 1994 roku. Nowa administracja nie została w pełni uznana przez społeczność międzynarodową. Państwa członkowskie Południowoafrykańskiej Wspólnoty Rozwoju (SADC) negocjują przywrócenie rządu BCP. Jednym z wymagań, jakie zaproponował Letsie III, było przywrócenie ojca na stanowisko głowy państwa. Po przedłużających się negocjacjach rząd BCP został przywrócony, a Letsie III abdykował na rzecz swojego ojca w 1995 roku, ale ponownie wstąpił na tron, gdy Moshoeshoe II zginął w wieku pięćdziesięciu siedmiu lat w rzekomym wypadku drogowym, gdy jego samochód spadł z góry drogi we wczesnych godzinach porannych 15 stycznia 1996 r. Według władz Moshoeshoe wyjechał o 1 w nocy, aby zobaczyć swój inwentarz w Matsieng i wracał do Maseru przez góry Maluti, gdy jego pojazd wypadł z drogi.
Rządząca BCP rozpadła się w 1997 r. z powodu nieporozumień kierowniczych. Premier Ntsu Mokhehle powołał nową partię, Kongres na rzecz Demokracji w Lesotho (LCD) i uzyskał poparcie większości parlamentarzystów, co pozwoliło mu na utworzenie nowej administracji. Pakalitha Mosisili objęła stanowisko lidera partii po śmierci Mokhehle, a LCD wygrała wybory powszechne w 1998 roku. Mimo że wybory zostały uznane za wolne i uczciwe przez lokalnych i międzynarodowych obserwatorów, a także specjalną komisję powołaną przez SADC, opozycja partie polityczne kwestionowały wyniki.
Protesty opozycji w kraju przybrały na sile, a ich kulminacją był pokojowy wiec przed pałacem królewskim w sierpniu 1998 roku. Dokładne szczegóły tego, co wydarzyło się później, są przedmiotem gorących dyskusji zarówno w Lesotho, jak i w RPA. Podczas gdy żołnierze z Botswana Defence Force byli mile widziani, napięcia z personelem południowoafrykańskich National Defence Force były wysokie, a kulminacją była przemoc. Sporadyczne zamieszki stały się bardziej powszechne, gdy żołnierze RPA wznieśli flagę RPA nad Pałacem Królewskim. Zanim wojska SADC odeszły w maju 1999 r., większość miasta Maseru była w ruinie, podczas gdy południowe stolice prowincji Mafeteng i Mohale's Hoek straciły ponad jedną trzecią swoich nieruchomości komercyjnych. W konflikcie zginęło również kilku mieszkańców Afryki Południowej i Basotho.
W grudniu 1998 r. powołano Tymczasową Władzę Polityczną (IPA) z zadaniem oceny systemu wyborczego w kraju. Aby zagwarantować reprezentację opozycji w Zgromadzeniu Narodowym, IPA opracował proporcjonalny system wyborczy. Nowa metoda utrzymała obecnych 80 wybranych członków Zgromadzenia, ale dodała 40 proporcjonalnie obsadzonych mandatów. W maju 2002 r. w nowym systemie odbyły się wybory i ponownie wygrał LCD, zdobywając 54 procent głosów. Jednak po raz pierwszy opozycyjne partie polityczne zdobyły znaczną liczbę mandatów, a Lesotho miało swoje pierwsze pokojowe wybory, pomimo drobnych anomalii i gróźb przemocy ze strony generała dywizji Lechania. Wszystkie 40 mandatów proporcjonalnych należy obecnie do dziewięciu partii opozycyjnych, z których największy udział ma BNP (21). LCD kontroluje 79 z 80 mandatów w okręgu wyborczym. Mimo że jego wybrani posłowie zasiadają w Zgromadzeniu Narodowym, BNP wniósł wiele skarg prawnych do wyborów, w tym ponowne przeliczenie głosów, ale żaden z nich nie zakończył się sukcesem.
30 sierpnia 2014 r. doszło do próby zamachu stanu, w wyniku której urzędujący premier na krótki czas uciekł do RPA.
