Kolejne 30 lat to przewroty polityczne. W zbrojnym zamachu stanu 3 sierpnia 1975 r. prezydent Ahmed Abdallah został obalony i zastąpiony przez członka Zjednoczonego Frontu Narodowego Komorów (FNUK) księcia Saida Mohameda Jaffara. W styczniu 1976 r. Jaffar został obalony na rzecz Aliego Soiliha, jego ministra obrony.
W dwóch referendach przeprowadzonych w tym czasie mieszkańcy Majotty opowiedzieli się przeciwko niezależności od Francji. Pierwszy, 22 grudnia 1974 roku, otrzymał 63.8 proc. poparcia dla utrzymywania stosunków z Francją, a drugi, w lutym 1976 roku, aż 99.4 proc. Prezydent Soilih, który rządził trzema ocalałymi wyspami, wprowadził szereg socjalistycznych i izolacjonistycznych środków, które nadwerężyły więzi z Francją. Bob Denard powrócił 13 maja 1978 r., przy wsparciu rządów Francji, Rodezji i RPA, aby obalić prezydenta Soiliha i przywrócić Abdallaha. Podczas krótkich rządów Soiliha został poddany siedmiu kolejnym próbom zamachu stanu, zanim został obalony i zamordowany.
Prezydentura Abdallaha, w przeciwieństwie do Soiliha, charakteryzowała się autorytarną kontrolą i większym przywiązaniem do tradycyjnego islamu, a naród został przemianowany na Federalną Islamską Republikę Komorów (République Fédérale Islamique des Comores; ). Obawiając się zamachu stanu, Abdallah pozostał prezydentem do 1989 r., kiedy to wydał odezwę nakazującą Gwardii Prezydenckiej pod dowództwem Boba Denarda rozbrojenie sił zbrojnych. Abdallah został podobno zastrzelony w swoim biurze przez rozzłoszczonego oficera wojskowego wkrótce po podpisaniu dekretu, ale kolejne raporty mówią, że pocisk przeciwpancerny został wystrzelony do jego sypialni i go zabił. Pomimo faktu, że Denard został ranny, uważa się, że mordercą Abdallaha był żołnierz pod jego dowództwem.
Kilka dni później Bob Denard został przetransportowany samolotem do RPA przez francuskich spadochroniarzy. Prezydentem został następnie Said Mohamed Djohar, starszy przyrodni brat Soilih, który rządził do września 1995 roku, kiedy wrócił Bob Denard i próbował dokonać kolejnego zamachu stanu. Denard został zmuszony do poddania się, gdy Francja interweniowała ze spadochroniarzami. Djohar został deportowany na Reunion przez Francuzów, a Mohamed Taki Abdoulkarim, którego popierał Paryż, został wybrany na prezydenta. Był przywódcą kraju od 1996 r. do śmierci w listopadzie 1998 r., w okresie naznaczonym niepokojami robotniczymi, represjami rządowymi i wojnami separatystycznymi. Jego następcą został tymczasowy prezydent Tadjidine Ben Said Massounde.
W celu odzyskania suwerenności Francji wyspy Anjouan i Mohéli ogłosiły niepodległość od Komorów w 1997 roku. Jednak Francja odwróciła się od ich prośby, co doprowadziło do gwałtownych starć między siłami federalnymi a rebeliantami. Pułkownik Azali Assoumani, szef sztabu armii, obalił tymczasowego prezydenta Massounde w bezkrwawym zamachu stanu w kwietniu 1999 r., twierdząc, że jest słabym przywództwem w obliczu kryzysu. Od czasu uzyskania niepodległości w 1975 roku Komory widziały 18 zamachów stanu lub próby zamachów stanu.
Niepowodzenie Azali w konsolidacji władzy i przywróceniu kontroli nad wyspami spotkało się z ogólnoświatowym potępieniem. Unia Afrykańska pod przewodnictwem prezydenta Republiki Południowej Afryki Thabo Mbeki nałożyła na Anjouan kary, aby pomóc w procesie mediacji i pojednania. Oficjalną nazwę kraju zmieniono na Związek Komorów i ustanowiono nowy system autonomii politycznej dla każdej wyspy, a także administrację związkową dla trzech wysp.
Azali odsunął się w 2002 roku, by rywalizować o prezydenta Komorów w demokratycznych wyborach, które wygrał. Jako dyktator wojskowy, który po raz pierwszy doszedł do władzy siłą i nie zawsze był demokratyczny podczas sprawowania rządów, Azali przeprowadził na Komorach zmiany konstytucyjne, które umożliwiły nowe wybory, pomimo ciągłej międzynarodowej krytyki. Ustawa Loi des compétences, która określa obowiązki każdej jednostki rządowej, została uchwalona na początku 2005 roku i jest obecnie wdrażana. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, sunnicki duchowny muzułmański nazwany „Ajatollah” ze względu na lata studiowania islamu w Iranie, wygrał wybory w 2006 roku. Azali zaakceptował wyniki wyborów, umożliwiając pierwsze pokojowe i demokratyczne przekazanie władzy na archipelagu.
Pułkownik Mohammed Bacar, były żandarm wykształcony we Francji, przejął kontrolę w Anjouan w 2001 r. W czerwcu 2007 r. przeprowadził referendum, aby potwierdzić swoje przywództwo, które zarówno rząd federalny Komorów, jak i Unia Afrykańska potępiły jako niezgodne z konstytucją. Setki żołnierzy z Unii Afrykańskiej i Komorów zaatakowały opanowany przez rebeliantów Anjouan 25 marca 2008, ku uciesze miejscowej ludności: setki, jeśli nie tysiące ludzi było torturowanych za rządów Bacara. Niektórzy buntownicy zostali zabici lub ranni, ale nie są dostępne żadne oficjalne dane. Co najmniej 11 osób zostało rannych w ataku. Kilku urzędników zostało uwięzionych. Bacar uciekł do Majotty, francuskiej enklawy na Oceanie Indyjskim, łodzią motorową, by szukać schronienia. Na Komorach wybuchły demonstracje antyfrancuskie.
Ponad 20 zamachów stanu lub próby zamachów stanu miały miejsce na Komorach od czasu uzyskania niepodległości od Francji.
26 maja 2011 r. były wiceprezydent Ikililou Dhoinine został zaprzysiężony na prezydenta po wyborach pod koniec 2010 r. Dhoinine, członek partii rządzącej, został poparty w wyborach przez prezydenta Ahmeda Abdallaha Mohameda Sambi. Dhoinine, z zawodu aptekarz, jest pierwszym prezydentem Komorów, pochodzącym z wyspy Mohéli.
