L'economia di Mostar dipende principalmente dalle industrie dell'alluminio e dei metalli, dalle banche e dalle telecomunicazioni. Alcune delle migliori aziende del paese hanno la loro sede in città.
Mostar, insieme a Sarajevo, è il principale centro finanziario della Bosnia ed Erzegovina, con due delle tre banche più grandi del paese con sede lì. La Bosnia-Erzegovina ha tre società nazionali di servizi elettrici, postali e di telecomunicazioni, con una per ciascuna a Mostar (la società di servizi elettrici "Elektroprivreda HZHB", l'azienda di servizi postali Hrvatska Pota Mostar e HT Mostar, la terza società di telecomunicazioni del paese). Queste tre imprese (insieme a banche e una fonderia di alluminio) rappresentano una quota significativa dell'attività economica totale della città. Negli ultimi anni, il settore privato ha registrato un'espansione significativa nelle piccole e medie imprese, che ha contribuito a creare un contesto imprenditoriale favorevole.
Data la presenza di tre dighe nell'area della città di Mostar, la città ha solide basi per la futura espansione industriale. È inoltre in corso un'iniziativa per il potenziale utilizzo dell'energia eolica e la costruzione di mulini a vento.
Mostar dipendeva da altre importanti imprese che erano state chiuse, distrutte o ridotte prima della guerra in Bosnia del 1992-1995. Tra questi c'erano SOKO (fabbrica di aerei militari), Fabrika duhana Mostar (attività di tabacco) e Hepok (industria alimentare). Il PIL pro capite di Mostar nel 1981 era il 103% della media jugoslava.
Aluminij è l'unica impresa dell'ex Jugoslavia ancora in attività. Aluminij è una delle aziende più forti del paese, con numerosi partner stranieri. La produzione annuale dell'azienda è in rapido aumento e collabora con importanti aziende mondiali come Daimler Chrysler e Fiat. Aluminij è una delle aziende più potenti della città, della regione e della nazione. Rispetto all'attuale capacità industriale, produce oltre 150 milioni di euro di esportazioni annue. I partner di Aluminij includono note società globali, le più importanti delle quali sono: Venture Coke Company LLC (Venco-Conoco joint venture) dagli Stati Uniti, Glencore International AG dalla Svizzera, Debis International trading GmbH, Daimler-Chrysler e VAW Aluminium Technologie GmbH dalla Germania, Hydro ASA dalla Norvegia, Fiat dall'Italia e TLM-ibenik dalla Croazia. Aluminij genera ogni anno 40 milioni di euro di entrate per il solo distretto di Mostar.
Mostar è anche sede della Fiera economica internazionale biennale Mostar ("Meunarodni sajam gospodarstva Mostar"), iniziata nel 1997. La Fiera è suddivisa in varie sezioni: "Fiera dell'economia", "Fiera del vino", "Fiera del libro" e "Giornata del cibo".