De följande 30 åren präglades av politiska omvälvningar. I en väpnad kupp den 3 augusti 1975 avsattes president Ahmed Abdallah och ersattes av United National Front of the Comorers (FNUK)-medlemmen Prince Said Mohamed Jaffar. I januari 1976 avsattes Jaffar till förmån för Ali Soilih, hans försvarsminister.
I två folkomröstningar som hölls vid den tiden beslutade Mayottes befolkning mot självständighet från Frankrike. Den första, den 22 december 1974, fick 63.8 procent stöd för att behålla förbindelserna med Frankrike, och den andra, i februari 1976, fick häpnadsväckande 99.4 procent. President Soilih, som styrde de tre överlevande öarna, genomförde en mängd socialistiska och isolationistiska åtgärder som ansträngde banden med Frankrike. Bob Denard återvände den 13 maj 1978, med stöd av de franska, rhodesiska och sydafrikanska regeringarna, för att avsätta president Soilih och återställa Abdallah. Under Soilihs korta regeringstid utsattes han för ytterligare sju kuppförsök innan han avsattes och mördades.
Abdallahs presidentskap, i motsats till Soilihs, präglades av auktoritär kontroll och större hängivenhet till traditionell islam, och nationen döptes om till den federala islamiska republiken Komorerna (République Fédérale Islamique des Comores; ). Av rädsla för en statskupp förblev Abdallah president fram till 1989, då han utfärdade en proklamation som beordrade presidentgardet, under befäl av Bob Denard, att avväpna de väpnade styrkorna. Abdallah ska ha sköts ihjäl på sitt kontor av en arg militärofficer kort efter att dekretet undertecknades, men efterföljande rapporter säger att en antitankmissil avfyrades in i hans sovrum och dödade honom. Trots att Denard skadades tror man att Abdallahs mördare var en soldat under hans befäl.
Bob Denard lyftes till Sydafrika av franska fallskärmsjägare några dagar senare. Presidenten var därefter Said Mohamed Djohar, Soilihs äldre halvbror, som regerade fram till september 1995, då Bob Denard återvände och försökte ytterligare en kupp. Denard tvingades kapitulera när Frankrike ingrep med fallskärmsjägare. Djohar deporterades till Reunion av fransmännen och Mohamed Taki Abdoulkarim, som fick stöd av Paris, valdes till president. Han var landets ledare från 1996 till sin död i november 1998, under en period som präglades av arbetsoro, regeringsförtryck och separatistiska krig. Interimspresident Tadjidine Ben Said Massounde tog över som hans efterträdare.
I ett försök att återta fransk suveränitet utropade öarna Anjouan och Mohéli självständighet från Komorerna 1997. Men Frankrike vände sig mot deras begäran, vilket resulterade i våldsamma sammandrabbningar mellan federala styrkor och rebeller. Överste Azali Assoumani, arméns stabschef, störtade den interimistiska presidenten Massounde i en blodlös kupp i april 1999 och hävdade dåligt ledarskap inför krisen. Sedan självständigheten 1975 har Komorerna sett 18 statskupp eller försök till kupp.
Azalis misslyckande med att konsolidera auktoriteten och återställa kontrollen över öarna väckte fördömande över hela världen. Afrikanska unionen, ledd av Sydafrikas president Thabo Mbeki, satte straff på Anjouan för att hjälpa till med medling och försoningsprocessen. Landets formella namn ändrades till Komorernas union, och ett nytt system för politisk autonomi för varje ö upprättades, samt en facklig administration för de tre öarna.
Azali ställde sig åt sidan 2002 för att tävla om Komorernas president i ett demokratiskt val, som han vann. Som en militärdiktator som först hade kommit till makten med våld och inte alltid var demokratisk medan han satt i regeringen, ledde Azali Komorerna genom konstitutionella revideringar som tillät nya val, trots fortsatt internationell kritik. En Loi des Compétences-lagstiftning, som specificerar varje statlig enhets uppgifter, antogs i början av 2005 och håller nu på att implementeras. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, en sunnimuslimsk präst kallad "ayatollah" för sina år som studerat islam i Iran, vann valet 2006. Azali accepterade valresultatet, vilket möjliggjorde skärgårdens första fredliga och demokratiska maktöverföring.
Överste Mohammed Bacar, en före detta gendarm utbildad i Frankrike, tog kontroll i Anjouan 2001. I juni 2007 höll han en folkomröstning för att bekräfta sitt ledarskap, som Komorernas federala regering och Afrikanska unionen båda fördömde som grundlagsstridig. Hundratals trupper från Afrikanska unionen och Komorerna invaderade rebellkontrollerade Anjouan den 25 mars 2008, till lokalbefolkningens glädje: hundratals, om inte tusentals, människor torterades under Bacars regeringstid. Några rebeller dödades eller skadades, men inga officiella siffror finns tillgängliga. Minst elva personer skadades i attacken. Ett antal tjänstemän har fängslats. Bacar flydde till Mayotte, en fransk enklav i Indiska oceanen, på en motorbåt för att söka skydd. På Komorerna utbröt anti-franska demonstrationer.
Mer än 20 kupp eller försök till kupp har inträffat på Komorerna sedan självständigheten från Frankrike.
Den 26 maj 2011 svors tidigare vicepresident Ikililou Dhoinine in som president efter val i slutet av 2010. Dhoinine, en medlem av det regerande partiet, backades i valet av president Ahmed Abdallah Mohamed Sambi. Dhoinine, en farmaceut till yrket, är Komorernas första president, som kommer från ön Mohéli.
