Экономика Мостара в основном зависит от алюминиевой и металлургической промышленности, банковского дела и телекоммуникаций. Штаб-квартиры некоторых ведущих фирм страны находятся в городе.
Мостар, наряду с Сараево, является крупным финансовым центром Боснии и Герцеговины, где расположены штаб-квартиры двух из трех крупнейших банков страны. В Боснии и Герцеговине есть три национальные электрические, почтовые и телекоммуникационные компании, по одной в Мостаре (электросервисная корпорация Elektroprivreda HZHB, компания почтовых услуг Hrvatska Pota Mostar и HT Mostar, третья по величине телекоммуникационная компания страны). На эти три предприятия (наряду с банками и алюминиевым заводом) приходится значительная доля общей экономической деятельности города. За последние несколько лет в частном секторе произошло значительное расширение малого и среднего бизнеса, что способствовало созданию благоприятной деловой среды.
Учитывая наличие трех плотин на территории города Мостар, город имеет прочную основу для будущего промышленного роста. Существует также постоянная инициатива по потенциальному использованию энергии ветра и строительству ветряных мельниц.
Мостар зависел от других крупных предприятий, которые были закрыты, разрушены или сокращены до войны в Боснии 1992–1995 годов. Среди них были SOKO (военный авиазавод), Fabrika duhana Mostar (табачный бизнес), Hepok (пищевая промышленность). ВВП Мостара на душу населения в 1981 году составлял 103 процента от среднего показателя по Югославии.
«Алюминий» — единственное действующее предприятие в бывшей Югославии. «Алюминий» — одна из сильнейших фирм в стране, имеющая ряд зарубежных партнеров. Годовой объем производства компании быстро растет, и она сотрудничает с известными мировыми фирмами, такими как Daimler Chrysler и Fiat. «Алюминий» — один из самых мощных бизнесов города, области и страны. Что касается нынешних промышленных мощностей, то ежегодно экспортируется более 150 миллионов евро. Партнерами Aluminij являются известные мировые корпорации, наиболее важными из которых являются: Venture Coke Company LLC (совместное предприятие Venco-Conoco) из США, Glencore International AG из Швейцарии, Debis International Trading GmbH, Daimler-Chrysler и VAW Aluminium. Technologie GmbH из Германии, Hydro ASA из Норвегии, Fiat из Италии и TLM-ibenik из Хорватии. Aluminij ежегодно приносит доход в размере 40 миллионов евро только для района Мостар.
В Мостаре также проводится раз в два года Международная экономическая ярмарка Мостар («Meunarodni sajam gospodarstva Mostar»), которая началась в 1997 году. Ярмарка разделена на несколько разделов: «Экономическая ярмарка», «Винная ярмарка», «Книжная ярмарка» и «День еды».