Region wokół Dżibuti jest zamieszkany od okresu neolitu. Językoznawcy uważają, że mniej więcej w tym okresie pierwsi ludzie mówiący po afroazjatyzmie przybyli na ten obszar z domniemanego urheimatu („pierwotnej ojczyzny”) w Dolinie Nilu lub na Bliskim Wschodzie. Inni uważają, że rodzina języków afroazjatyckich powstała in situ w Rogu, a stamtąd rozprzestrzenili się ludzie.
W Asa Koma, śródlądowym regionie jezior na równinie Gobaad, odkryto ceramikę z połowy drugiego tysiąclecia. Ceramika z tego miejsca charakteryzuje się punktowymi i naciętymi geometrycznymi wzorami, które są porównywalne z ceramiką fazy 1 kultury Sabir z Ma'layba w południowej Arabii. Kości krów o długich rogach, bez garbu, znaleziono również w Asa Koma, co wskazuje, że udomowione bydło istniało około 3,500 lat temu. W Dorra i Balho istnieje dodatkowa sztuka naskalna przedstawiająca antylopy i żyrafę.
Szereg stel antropomorficznych i fallicznych można również znaleźć między miastem Dżibuti a Loyadą. Konstrukcje są połączone z prostokątnymi grobowcami otoczonymi pionowymi płytami, które odkryto również w środkowej Etiopii. Stele w Dżibuti-Loyada pochodzą z nieznanej starożytności, a niektóre z nich mają znak w kształcie litery T.
Uważa się, że Dżibuti jest najbardziej prawdopodobnym miejscem w regionie znanym starożytnym Egipcjanom jako Punt (lub Ta Netjeru, co oznacza „Kraina Boga”), wraz z północną Somalią, Erytreą i wybrzeżem Morza Czerwonego w Sudanie. Kraina Punt została pierwotnie wspomniana w 25 wieku pne. Puntyci byli narodem silnie związanym ze starożytnym Egiptem za panowania faraona Sahure z V dynastii i królowej Hatszepsut z XVIII dynastii. Król Parahu i królowa Ati rządzili w tym okresie Krajem Punt, jak wynika z malowideł świątynnych w Deir el-Bahari.
Somalijskie i Afarskie grupy etniczne na tym obszarze były jednymi z pierwszych ludzi na kontynencie, którzy przyjęli islam po handlu z sąsiednim Półwyspem Arabskim przez ponad 1,000 lat.
W Rogu Afryki sułtanat Ifat był krajem średniowiecznym. Dynastia Wałaszmów założyła ją w 1285 r., a jej siedziba znajdowała się w Zeila. Ifat rozpoczął działalność w Dżibuti i północnej Somalii, a następnie przeniósł się na południe w góry Ahmar. W 1285 r. sułtan Umar Walaszma (lub, według innej relacji, jego syn Ali) zdobył sułtanat Szewy. Wyprawa wojskowa sułtana Umara, według Taddesse Tamrata, była próbą zjednoczenia muzułmańskich posiadłości w Rogu, podobnie jak dążenie cesarza Jekuno Amlaka do zjednoczenia chrześcijańskich królestw na wyżynach w tym samym czasie. Te dwa stany ostatecznie starły się o Shewę i inne południowe regiony. Wybuchła długa bitwa, chociaż muzułmańscy sułtanaty tego okresu nie byli dobrze skoordynowani. W 1332 cesarz Amda Seyon I z Etiopii zniszczył Ifat i wycofał się z Shewa.
Obszar na północ od Zatoki Tadjoura był znany jako Obock w latach 1862-1894 i był zarządzany przez sułtanów somalijskich i afarskich, lokalnych władców, z którymi Francja wynegocjowała kilka traktatów w latach 1883-1887 w celu ustanowienia swojej obecności w regionie. Léonce Lagarde ustanowił stały rząd francuski w Dżibuti w 1894 roku, zmieniając nazwę terytorium na francuski Somaliland. Trwał od 1896 do 1967, kiedy utworzono Territoire Français des Afars et des Issas (TFAI) („Francuskie Terytorium Afarów i Issas”).
Dżibuti przeprowadził referendum w 1958 r., w przededniu niepodległości sąsiedniej Somalii w 1960 r., w celu ustalenia, czy przyłączyć się do Republiki Somalii, czy pozostać z Francją. W wyniku referendum liczna społeczność etniczna z Afar oraz mieszkający tam Europejczycy opowiedzieli się na „tak”, wskazując, że należy utrzymać stosunki kraju z Francją. Postawiono również zarzuty masowych manipulacji głosowaniami. Większość tych, którzy zagłosowali na „nie”, stanowili Somalijczycy, którzy poparli Mahmouda Harbiego, wiceprzewodniczącego Rady Rządowej, w jego propozycji zjednoczenia Somalii. Harbi zginął dwa lata później w wypadku lotniczym.
Drugie referendum zostało przeprowadzone w 1967 roku, aby zadecydować o przyszłości obszaru. Wstępne ustalenia wskazywały, że połączenie z Francją powinno zostać utrzymane, choć z luźniejszym uchwytem. Głosowanie zostało również podzielone według linii etnicznych, przy czym większość mieszkańców Somalii głosowała za niepodległością w celu ostatecznego zjednoczenia z Somalią, podczas gdy Afarowie zdecydowali się pozostać z Francją. Referendum po raz kolejny było nękane zarzutami manipulacji głosowaniem przez rząd francuski. Dawne Côte française des Somalis (francuski Somaliland) zostało wkrótce po głosowaniu przemianowane na Territoire français des Afars et des Issas.
Trzecie referendum odbyło się w 1977 roku. Wycofanie się z Francji zostało zatwierdzone przez osuwisko 98.8% wyborców, formalnie oznaczające niepodległość Dżibuti. Hassan Gouled Aptidon, polityk somalijski, który w referendum w 1958 r. opowiadał się za głosowaniem na „tak”, został pierwszym prezydentem kraju (1977–1999).
Dżibuti dołączył do Organizacji Jedności Afrykańskiej (obecnie Unia Afrykańska), Ligi Arabskiej i Organizacji Narodów Zjednoczonych w ciągu pierwszego roku. W 1986 r. ten raczkujący kraj był również członkiem-założycielem Międzyrządowego Urzędu ds. Rozwoju, organizacji rozwoju regionalnego.
Napięcia związane z reprezentacją rządową między rządzącym w Dżibuti Ludowym Zlotem na rzecz Postępu (PRP) a opozycyjnym Frontem Odbudowy Jedności i Demokracji (FRUD) doprowadziły na początku lat 1990. do brutalnych wojen. W 2000 roku impas został przełamany przez umowę o podziale władzy.
