François Bozizé zawiesił konstytucję i powołał nowy rząd złożony z większości partii opozycyjnych. Mianowanie Abla Goumby na wiceprzewodniczącego wzmocniło wizerunek nowej administracji Bozizé. Bozizé utworzył ogólnokrajową Narodową Radę Przejściową, aby napisać nową konstytucję i zadeklarował zamiar rezygnacji i kandydowania na urząd po przyjęciu nowej konstytucji.
Wojna Busha w Republice Środkowoafrykańskiej rozpoczęła się w 2004 roku, kiedy grupy anty-Bozizé zajęły się bronią przeciwko jego administracji. W maju 2005 r. Bozizé wygrał wybory prezydenckie, które wykluczyły Patassé, a walki między rządem a rebeliantami trwały w 2006 r. W listopadzie 2006 r. administracja Bozizé zwróciła się o pomoc wojskową Francji, aby pomóc im przeciwstawić się powstańcom, którzy przejęli kontrolę nad miastami w północnych prowincjach kraju . Chociaż pierwsze publiczne szczegóły umowy koncentrowały się na logistyce i wywiadzie, francuskie wsparcie ostatecznie obejmowało ataki samolotów Mirage na pozycje rebeliantów.
Porozumienie z Syrte podpisane w lutym i porozumienie pokojowe z Birao podpisane w kwietniu 2007 r. wzywały do zaprzestania działań wojennych, zakwaterowania bojowników FDPC i ich integracji z FACA, uwolnienia więźniów politycznych, włączenia FDPC do rządu , amnestię dla UFDR, uznanie za partię polityczną i integrację jej bojowników z armią narodową. Kilka organizacji walczyło dalej, ale inne podpisały pakt lub podobne porozumienia z rządem (np. UFR 15 grudnia 2008 r.). CPJP, jedyna znacząca organizacja, która nie podpisała wówczas porozumienia, utrzymała swoją działalność i 25 sierpnia 2012 r. podpisała z rządem porozumienie pokojowe.
Bozizé został ponownie wybrany w 2011 roku w wyborach w dużej mierze postrzeganych jako sfałszowane.
Séléka, sojusz organizacji rebelianckich, przejął kontrolę nad miastami w północnych i centralnych regionach kraju w listopadzie 2012 roku. Strony te ostatecznie wynegocjowały porozumienie pokojowe z administracją Bozizé w styczniu 2013 roku, w tym rządem dzielącym władzę, ale porozumienie nie powiodło się, a rebelianci przejęli kontrolę nad stolicą w marcu 2013 roku, zmuszając Bozizé do ucieczki z kraju.
Michel Djotodia został wybrany na prezydenta, aw maju 2013 r. premier Nicolas Tiangaye zwrócił się do Rady Bezpieczeństwa ONZ o misję pokojową ONZ, a 31 maja były prezydent Bozizé został oskarżony o zbrodnie przeciwko ludzkości i podżeganie do ludobójstwa.
W okresie od czerwca do sierpnia 2013 r. sytuacja w zakresie bezpieczeństwa nie uległa poprawie i pojawiły się doniesienia o ponad 200,000 2016 osób wewnętrznie przesiedlonych (IDP), a także o naruszeniach praw człowieka i nowej przemocy między zwolennikami Séléki i Bozizé.
Prezydent Francji François Hollande wezwał Radę Bezpieczeństwa ONZ i Unię Afrykańską do wzmożenia wysiłków na rzecz stabilizacji narodu. Mówiono, że rząd Séléki jest złamany. Djotodia formalnie rozwiązała Selekę we wrześniu 2013 r., ale wielu rebeliantów odmówiło rozbrojenia i oddaliło się od władzy rządowej.
Przemoc pogorszyła się pod koniec roku, wywołując międzynarodowe obawy o „ludobójstwo”, a walki były głównie wynikiem odwetowych ataków na ludność cywilną ze strony głównie muzułmańskich żołnierzy Seleki i chrześcijańskich milicji znanych jako „anty-balaka”.
Michael Djotodia i jego premier Nicolas Tiengaye złożyli rezygnację 11 stycznia 2014 r. w ramach porozumienia osiągniętego na konferencji regionalnej w sąsiednim Czadzie. Przejściowa Rada Narodowa wybrała Catherine Sambę-Panzę na tymczasową przewodniczącą, która objęła urząd 23 stycznia. Została pierwszą kobietą-prezydentem w Afryce Środkowej. Marie-Nolle Koyara została pierwszą kobietą ministrem obrony od czasu uzyskania niepodległości w styczniu 2015 roku.
18 lutego 2014 r. sekretarz generalny ONZ Ban Ki-moon zażądał od Rady Bezpieczeństwa ONZ szybkiego wysłania 3,000 żołnierzy do kraju, aby walczyli z tym, co określił jako celowe atakowanie i masową rzeź niewinnych ludzi. Sekretarz generalny przedstawił sześciopunktową strategię, która obejmowała rozmieszczenie 3,000 sił pokojowych w celu uzupełnienia 6,000 żołnierzy Unii Afrykańskiej i 2,000 sił francuskich znajdujących się obecnie w kraju.
W następstwie kongijskich wysiłków mediacyjnych urzędnicy Séléka i antybalaki podpisali porozumienie o zawieszeniu broni w Brazzaville 23 lipca 2014 roku.
14 grudnia 2015 r. dowódca rebeliantów Séléka ogłosił niepodległość Republiki Logone.