Den 8. mai 1530 grunnla Luis de Moscoso Alvarado grenda San Miguel de la Frontera (Saint Michael of the Frontier) som et forsvar mot Lenca-riket Chaparrastique (Place of Beautiful Orchids). I 1586 hadde bosetningen blitt hevet til status som en by.
Et vulkanutbrudd ødela nesten byen i 1655. Ødeleggelsene var i følge folklore så forferdelige at bare et bilde av Satan i sognekirken ble bevart.
El Salvadors landbruks-, tekstil- og kjemiske industri har alle vært sentrert i denne byen. Tjenesteindustrien, spesielt helsevesen og handel, har vokst betydelig siden begynnelsen av det tjueførste århundre, noe som har resultert i store private investeringer i sykehus og kjøpesentre rundt om i byen. Dette har delvis blitt tilskrevet den store mengden pengeoverføringer (minst 35 prosent av totalt, eller omtrent 18 prosent av nasjonalt BNP) som salvadoranere som bor i utlandet sender til familien sin i landets østlige sone.
Den østlige halvdelen av landets inntekter og formue forventes å stige som følge av ny sysselsetting og bedrifter knyttet til utviklingen av Puerto La Unión, som startet sin virksomhet i 2012.
Det er ulike private og offentlige utdanningsinstitusjoner i byen, inkludert noen av landets eldste skoler. Det statlige universitetet i El Salvador (med sin Facultad Multidiciplinaria de Oriente) og det private Universidad de Oriente er de to store universitetene (UNIVO). Gerardo Barrios University, University Modular Abierta.
Siden begynnelsen av tiåret har San Miguels sportsinfrastruktur gjennomgått store konstruksjoner og renoveringer. «Juan Francisco Barraza» nasjonale fotballstadion, «Polideportivo Don Bosco» og Charlaix Stadium er de viktigste idrettsarenaene.
San Miguel har kommunale feiringer i november til ære for "Nuestra Seora De La Paz" (Vår Frue av fred), med San Miguel Carnival som den viktigste begivenheten den siste lørdagen i måneden. Det er den største underholdnings-, musikk- og matfestivalen i El Salvador, og en av de største i Mellom-Amerika, med anslagsvis 1,000,000 50 1959 mennesker som skal til 2016-årsjubileet (som rapportert av lokale medier). Karnevalets opprinnelse kan spores tilbake til 2016. For tiden fortsetter denne tradisjonen å representere byens ekspansjon og er en av byens økonomiske drivere.
San Miguel er kjent for sitt pulserende natteliv langs Roosevelt Avenue, byens hovedpulsåre. Katedralen "Nuestra Seora de la Paz" (1862), Guzman Park, Francisco Gavidia Theatre (1909) og Palacio Municipal ligger alle i en av disse delene (1935). Moderne San Miguel, på den annen side, omfatter nye samfunn kjent som "kolonier."
Kaptein General Gerado Barrios, forfatter Francisco Gavidia, poet Juan J. Caas og David Joaqun Guzmán er blant kjente innfødte i San Miguel. Byen er omgitt av vulkanen Chaparrastique (2,129 meter), som utvilsomt er San Miguels mest minneverdige syn.
