Mostars økonomi er hovedsakelig avhengig av aluminium- og metallindustrien, bank og telekommunikasjon. Noen av landets beste firmaer har sitt hovedkontor i byen.
Mostar, sammen med Sarajevo, er det store finansielle knutepunktet i Bosnia-Hercegovina, med to av landets tre største banker med hovedkontor der. Bosnia-Hercegovina har tre nasjonale elektriske, post- og telekommunikasjonsselskaper, med ett av hver i Mostar (elektrisk serviceselskap 'Elektroprivreda HZHB,' posttjenestevirksomhet Hrvatska Pota Mostar, og HT Mostar, landets tredje største telekommunikasjonsfirma). Disse tre foretakene (sammen med banker og et aluminiumsstøperi) står for en betydelig andel av byens totale økonomiske aktivitet. I løpet av de siste årene har privat sektor opplevd en betydelig ekspansjon i små og mellomstore bedrifter, noe som har bidratt til det gunstige forretningsmiljøet.
Gitt tilstedeværelsen av tre demninger i området av byen Mostar, har byen et solid grunnlag for fremtidig industriell ekspansjon. Det er også et pågående initiativ for potensiell bruk av vindkraft og bygging av vindmøller.
Mostar var avhengig av andre betydelige foretak som hadde blitt lukket, ødelagt eller krympet før Bosniakrigen 1992–1995. SOKO (militærflyanlegg), Fabrika duhana Mostar (tobakksvirksomhet) og Hepok var blant dem (matindustri). Mostars BNP per innbygger i 1981 var 103 prosent av det jugoslaviske gjennomsnittet.
Aluminij er den eneste bedriften fra det tidligere Jugoslavia som fortsatt er i drift. Aluminij er et av de sterkeste firmaene i landet, med en rekke utenlandske partnere. Selskapets årlige produksjon øker raskt, og det samarbeider med betydelige verdensomspennende firmaer som Daimler Chrysler og Fiat. Aluminij er en av de mektigste virksomhetene i byen, regionen og nasjonen. Med hensyn til nåværende industriell kapasitet produserer den mer over € 150 millioner i årlig eksport. Aluminijs partnere inkluderer kjente globale selskaper, hvorav de viktigste er: Venture Coke Company LLC (Venco-Conoco joint Venture) fra USA, Glencore International AG fra Sveits, Debis International trading GmbH, Daimler-Chrysler og VAW Aluminium Technologie GmbH fra Tyskland, Hydro ASA fra Norge, Fiat fra Italia, og TLM-ibenik fra Kroatia. Aluminij genererer €40 millioner i inntekter for Mostar-distriktet alene hvert år.
Mostar er også hjemsted for den toårige internasjonale økonomiske messen Mostar ("Meunarodni sajam gospodarstva Mostar"), som startet i 1997. Messen er delt inn i forskjellige seksjoner: "The Economy Fair", "Wine Fair", "Book Fair" og "Matens dag."