Khartoum Airport (KRT) fungerer som den primære luftfartsporten til Sudan. Tallrike europeiske, Midtøsten og afrikanske flyselskaper betjener flyplassen. British Airways (med forbindelser til London), EgyptAir (Kairo), Emirates (Dubai), Ethiopian Airlines (Addis Ababa), Gulf Air (Bahrain), Kenya Airlines (Nairobi), KLM (Amsterdam), Lufthansa (Frankfurt), Qatar Airways (Doha), Turkish Airlines (Doha) er blant byene med direktefly til Khartoum (Istanbul, på tirsdager, fredager, søndager).
Sudan Airways, landets nasjonale flyselskap, kobler Khartoum til en rekke afrikanske og regionale byer, samt til Sudans interne flyplasser i Port Sudan, Nyala, El-Fashir, Malakal, Juba, Dongola, Wadi Halfa og El-Obeid.
Flyplassskatt er SDG 35 for internasjonale avganger fra Khartoum og må betales før innsjekking. Flyplassskatteskranken (lille skilt) er på venstre side når du går inn i flyplassbygningen. Kom tidlig, siden flyplassen kan bli ganske hektisk. Forbered deg på lange forsinkelser og linjehopp. Innvandring og andre sikkerhetsprosedyrer kan potensielt ta en lengre periode.
Det er en bank hvor du kan veksle penger som er åpen om natten når det er fly.
Slik kommer du deg dit/borte: Khartoum flyplass ligger i nærheten av Al-Amarat, nær byen. Drosjer bør koste mellom SDG 5 og 15, men lokalbefolkningen kan betale mindre. I tillegg kan du gå ut til hovedveien rundt 200 meter fra flyplassterminalen og ta en av minibussene som cruiser nedover veien.
Gjennom Atbara forbinder jernbanelinjer Khartoum med Wadi Halfa og Port Sudan. Togene går fra Khartoums sentralbanestasjon, som ligger i Khartoum North (Bahri).
Den kaotiske Souq al-Shaabi var en gang den primære busstasjonen for langdistanse sørgående busser i Khartoum, men en ny, mer ryddig terminal er reist. Busser går mot Port Sudan, Wad Medani, Kassala og El-Obeid. Langdistansebusser går fra Omdurman i retning nord. Igjen, ingen busser kobles til Sør-Sudan.
Den store tjæreveien forbinder Khartoum til Wad Medani, deretter østover til Gedaref (for den etiopiske grensen ved Gallabat), Kassala (for den nå stengte grensen til Eritrea), og til slutt til Port Sudan. Fra Khartoum går en rute sørover til El-Obeid og deretter vestover til den tsjadiske grensen gjennom Darfur, som nå er ganske risikabelt å bruke. Veien går inn fra nord gjennom Wadi Halfa og Atbara.
Det er ingen veier som forbinder Sør-Sudan med resten av landet. Å fly er det eneste valget.