De economie van Mostar is voornamelijk afhankelijk van de aluminium- en metaalindustrie, het bankwezen en de telecommunicatie. Enkele van de beste bedrijven van het land hebben hun hoofdkantoor in de stad.
Mostar is, samen met Sarajevo, het belangrijkste financiële centrum in Bosnië en Herzegovina, waar twee van de drie grootste banken van het land hun hoofdkantoor hebben. Bosnië en Herzegovina heeft drie nationale elektriciteits-, post- en telecommunicatiebedrijven, met elk een in Mostar (elektriciteitsbedrijf 'Elektroprivreda HZHB', postbedrijf Hrvatska Pota Mostar, en HT Mostar, het op twee na grootste telecommunicatiebedrijf van het land). Deze drie ondernemingen zijn (samen met banken en een aluminiumgieterij) goed voor een aanzienlijk deel van de totale economische activiteit van de stad. De afgelopen jaren heeft de particuliere sector een aanzienlijke groei doorgemaakt in het midden- en kleinbedrijf, wat heeft bijgedragen aan het gunstige ondernemingsklimaat.
Gezien de aanwezigheid van drie dammen in het gebied van de stad Mostar, heeft de stad een stevig fundament voor toekomstige industriële expansie. Er is ook een lopend initiatief voor de mogelijke toepassing van windenergie en de bouw van windmolens.
Mostar was afhankelijk van andere belangrijke ondernemingen die vóór de oorlog in Bosnië van 1992–1995 waren gesloten, vernietigd of gekrompen. SOKO (militaire vliegtuigfabriek), Fabrika duhana Mostar (tabakshandel) en Hepok waren onder hen (voedingsindustrie). Het BBP per hoofd van de bevolking van Mostar bedroeg in 1981 103 procent van het Joegoslavische gemiddelde.
Aluminij is de enige onderneming uit voormalig Joegoslavië die nog in bedrijf is. Aluminij is een van de sterkste firma's van het land, met een aantal buitenlandse partners. De jaarlijkse productie van het bedrijf neemt snel toe en het werkt samen met belangrijke wereldwijde bedrijven zoals Daimler Chrysler en Fiat. Aluminij is een van de machtigste bedrijven in de stad, de regio en het land. Met betrekking tot de huidige industriële capaciteit produceert het meer dan € 150 miljoen aan jaarlijkse export. Tot de partners van de Aluminij behoren bekende internationale ondernemingen, waarvan de belangrijkste zijn: Venture Coke Company LLC (Venco-Conoco joint venture) uit de Verenigde Staten, Glencore International AG uit Zwitserland, Debis International trading GmbH, Daimler-Chrysler en VAW Aluminium Technologie GmbH uit Duitsland, Hydro ASA uit Noorwegen, Fiat uit Italië en TLM-ibenik uit Kroatië. Alleen al voor het district Mostar genereert Aluminij jaarlijks € 40 miljoen aan inkomsten.
Mostar is ook de thuisbasis van de tweejaarlijkse International Economic Fair Mostar ("Meunarodni sajam gospodarstva Mostar"), die begon in 1997. De beurs is verdeeld in verschillende secties: "The Economy Fair", "Wine Fair", "Book Fair" en "Voedseldag."