La Costituzione maltese proclama il cattolicesimo religione ufficiale, nonostante le tutele stabilite per la libertà religiosa.
Il cattolicesimo romano è la religione più praticata a Malta. La Costituzione maltese definisce il cattolicesimo come la religione ufficiale, che è anche rappresentata in molti aspetti della cultura maltese.
A Malta, Gozo e Comino ci sono circa 360 chiese, ovvero una ogni 1,000 abitanti. La chiesa parrocchiale (maltese: “il-parroa” o “il-knisja parrokkjali”) è il centro architettonico e geografico di ogni città e frazione maltese, nonché motivo di orgoglio civico. Questo orgoglio comunale è in mostra alle feste paesane locali, che celebrano il santo patrono di ogni parrocchia con bande musicali, processioni religiose, messe speciali, fuochi d'artificio (in particolare petardi) e altre feste.
Malta è una Sede Apostolica; gli Atti degli Apostoli parlano di San Paolo che naufraga sull'isola di "Melite", che molti studiosi della Bibbia identificano come Malta, durante il suo viaggio da Gerusalemme a Roma per essere processato, evento avvenuto intorno al 60 d.C. trascorse tre mesi sull'isola nel suo viaggio verso Roma, come raccontato negli Atti degli Apostoli, guarendo i malati, compreso il padre di Publio, il "principale uomo dell'isola". Questa storia è legata a diverse tradizioni. Si ritiene che il naufragio sia avvenuto in quella che oggi è conosciuta come St Paul's Bay. Si dice che San Publio, santo maltese, sia stato nominato primo vescovo di Malta, e una grotta a Rabat, ora conosciuta come "Grotta di San Paolo" (e nelle vicinanze della quale si trovano testimonianze di sepolture e rituali cristiani del III secolo d.C. stato scoperto), è uno dei primi luoghi di culto cristiani conosciuti dell'isola.
Le catacombe in luoghi diversi in tutta Malta, in particolare le Catacombe di San Paolo e le Catacombe di Sant'Agata vicino a Rabat, appena oltre le mura di Medina, forniscono ulteriori prove delle attività e delle credenze cristiane durante il periodo della persecuzione romana. Questi ultimi furono particolarmente ben affrescati tra il 1200 e il 1480, ma gli invasori turchi ne danneggiarono molti negli anni Cinquanta del Cinquecento. Ci sono anche alcune chiese rupestri, come la grotta di Melliea, che è un Santuario della Natività di Nostra Signora e la tradizione vuole che San Luca vi abbia dipinto un ritratto della Madonna. È stato un luogo di pellegrinaggio sin dal Medioevo.
Secondo gli Atti del Concilio di Calcedonia, un certo Acacio fu Vescovo di Malta nel 451 dC (Melitenus Episcopus). È anche noto che un certo Costantino, Episcopus Melitenensis, partecipò al V Concilio Ecumenico nel 501 d.C. Papa Gregorio I licenziò Tucillus, Miletinae civitatis episcopus, nel 588 d.C., e il clero e il popolo di Malta scelsero Traiano come suo successore nel 599 d.C. Prima della conquista delle isole, l'ultimo vescovo di Malta documentato fu un greco di nome Manas, che fu poi imprigionato a Palermo.
Secondo lo storico maltese Giovanni Francesco Abela, i maltesi mantennero la loro fede cristiana nonostante l'invasione fatimide dopo la loro conversione al cristianesimo per mano di San Paolo. Malta è descritta nelle opere di Abela come un "baluardo della cultura cristiana ed europea contro l'espansione dell'Islam mediterraneo" divinamente nominato. Nel XII e XIII secolo, l'immigrazione a Malta dall'Italia rafforzò la popolazione cristiana locale che accolse Ruggero I di Sicilia.
Per secoli la Chiesa di Malta fu soggetta alla Diocesi di Palermo, tranne quando fu sotto Carlo d'Angiò, che scelse vescovi per Malta, come fecero in rare occasioni gli Spagnoli e, successivamente, i Cavalieri. Dal 1808 tutti i vescovi maltesi prestano servizio. Malta divenne il devoto paese cattolico che è oggi in conseguenza dell'epoca normanna e spagnola, nonché dell'autorità dei Cavalieri. Vale la pena ricordare che l'Ufficio dell'Inquisitore di Malta trascorse un lungo soggiorno sull'isola dopo la sua fondazione nel 1530: l'ultimo Inquisitore lasciò le Isole nel 1798, quando i Cavalieri si arresero alle truppe di Napoleone Bonaparte. Diverse famiglie maltesi si trasferirono a Corfù sotto la Repubblica di Venezia. I loro discendenti costituiscono circa i due terzi dei 4,000 cattolici che attualmente risiedono sull'isola.
I santi patroni di Malta sono San Paolo, San Publio e Sant'Agata. Sebbene non sia un santo patrono, San Giorgio Preca (San o Preca) è molto considerato il secondo santo maltese ad essere canonizzato dopo San Publio Malta, il primo santo riconosciuto di Malta (canonizzato nell'anno 1634). Il 3 giugno 2007 papa Benedetto XVI lo canonizzò. Inoltre, alcuni maltesi sono stati dichiarati beati, in particolare Maria Adeodata Pisani e Nazju Falzon, beatificati da Papa Giovanni Paolo II nel 2001.
Malta ospita numerosi ordini religiosi cattolici romani, inclusi gesuiti, francescani, domenicani e Piccole Sorelle dei Poveri.
La maggior parte delle congregazioni delle chiese protestanti locali non sono maltesi; le loro congregazioni sono tratte dai numerosi pensionati britannici residenti nell'isola e da turisti provenienti da molti altri paesi. Ci sono circa 600 Testimoni di Geova nella zona. Ciascuna delle Chiese di Gesù Cristo dei Santi degli Ultimi Giorni (Chiesa LDS), la Bible Baptist Church e la Fellowship of Evangelical Churches ha circa 60 affiliati. Altre chiese confessionali includono la chiesa scozzese di Sant'Andrea a La Valletta (una congregazione mista presbiteriana e metodista) e la cattedrale anglicana di San Paolo, nonché una chiesa avventista del settimo giorno a Birkirkara. Nel 1983 fu fondata a Gwardamangia una congregazione della Chiesa Neo-Apostolica.
La popolazione ebraica di Malta raggiunse il picco sotto il controllo normanno nel Medioevo. Malta e la Sicilia furono annesse dagli Aragonesi nel 1479 e il Decreto Alhambra del 1492 obbligò tutti gli ebrei a fuggire dalla nazione, consentendo loro di portare con sé solo alcune cose. Diverse centinaia di ebrei maltesi potrebbero essersi convertiti al cristianesimo per rimanere nella nazione durante il tempo. Ora c'è solo una congregazione ebraica.
Il Buddismo Zen e la Fede Bahá' hanno entrambi circa 40 aderenti.
La Moschea Mariam Al-Batool è l'unica moschea musulmana della città. È stata appena istituita una scuola elementare musulmana. Dei circa 3,000 musulmani a Malta, circa 2,250 sono immigrati, 600 sono cittadini naturalizzati e 150 sono maltesi di nascita.