Prima che ondate di popoli bantu iniziassero a immigrare dal nord durante il X secolo, la regione dell'Africa oggi conosciuta come Malawi aveva una popolazione relativamente piccola di cacciatori-raccoglitori. Sebbene la maggior parte dei popoli bantu si sia spostata a sud, alcuni rimasero e formarono gruppi etnici basati su antenati condivisi. Le tribù formarono il Regno di Maravi intorno al 10 d.C., che si estendeva da nord di quello che oggi è Nkhotakota al fiume Zambesi, e dal lago Malawi al fiume Luangwa in Zambia.
Le tribù locali iniziarono a incontrarsi, trattare e stringere alleanze con mercanti e personale militare portoghesi subito dopo il 1600, quando la regione fu in gran parte unificata sotto un monarca nativo. Nel 1700, tuttavia, l'impero si era disintegrato in regioni governate da una varietà di gruppi etnici. A metà del 1800, il traffico di schiavi arabo-swahili raggiunse il picco, con circa 20,000 individui ridotti in schiavitù e trasportati ogni anno da Nkhotakota a Kilwa, dove furono venduti.
Nel 1859, il missionario ed esploratore David Livingstone arrivò al Lago Malawi (allora Lago Nyasa) e scoprì le Shire Highlands a sud del lago come luogo praticabile per la colonizzazione europea. Diverse missioni anglicane e presbiteriane furono stabilite nell'area a seguito della visita di Livingstone negli anni 1860 e 1870, l'African Lakes Company Limited fu fondata nel 1878 per stabilire un'impresa commerciale e di trasporto che lavorava a stretto contatto con le missioni e una piccola missione e commercio l'insediamento fu stabilito a Blantyre nel 1876, con un console britannico che vi si stabilì nel 1883. Poiché anche il governo portoghese era interessato alla regione, il governo britannico inviò Harry Johnston come console britannico con l'ordine di negoziare trattati con le autorità locali al di fuori del portoghese autorità al fine di evitare l'annessione portoghese.
Il protettorato dell'Africa centrale britannica è stato istituito nel 1889 sulle Shire Highlands e nel 1891 è stato ampliato per coprire l'intero Malawi attuale. Il protettorato fu ribattezzato Nyasaland nel 1907 e rimase quel nome per il resto della sua amministrazione britannica. L'amministrazione coloniale del Nyasaland è stata fondata nel 1891 ed è un classico esempio di quella che viene spesso definita la "sottile linea bianca" del potere coloniale in Africa. Agli amministratori è stato concesso un budget annuale di £ 10,000 (valore nominale 1891), sufficiente per assumere dieci cittadini europei, due comandanti militari, settanta sikh del Punjab e 85 facchini di Zanzibar. Ci si aspettava quindi che questi pochi membri del personale gestissero e sorvegliassero un'area di 94,000 chilometri quadrati con una popolazione da uno a due milioni di persone.
Il Nyasaland African Congress (NAC) è stato fondato nel 1944 dagli africani del Nyasaland per rappresentare le preoccupazioni locali presso l'amministrazione britannica. Per ragioni puramente politiche, la Gran Bretagna si unì al Nyasaland con la Rhodesia del Nord e del Sud nella Federazione di Rhodesia e Nyasaland, spesso nota come Federazione Centrafricana (CAF), nel 1953. Nonostante la semiindipendenza della Federazione, il collegamento scatenò la resistenza nazionalista africana e il NAC ha acquisito il sostegno pubblico. Il dottor Hastings Banda, un medico di formazione europea che esercitava in Ghana che fu convinto a tornare nel Nyasaland nel 1958 per aiutare il movimento nazionalista, fu un potente oppositore del CAF. Prima di essere imprigionato dalle autorità coloniali nel 1959, Banda fu scelto presidente della NAC e cercò di mobilitare l'entusiasmo nazionalista. Nel 1960 fu liberato e invitato a collaborare alla stesura di una nuova costituzione per il Nyasaland, che includeva una disposizione che dava agli africani la maggioranza nel Consiglio legislativo della colonia.
Nelle elezioni del Consiglio legislativo del 1961, il Malawi Congress Party (MCP) di Banda vinse la maggioranza e divenne Primo Ministro nel 1963. La Federazione fu sciolta nel 1963 e il Nyasaland dichiarò l'indipendenza dal controllo britannico il 6 luglio 1964, ribattezzandosi Malawi . Il Malawi divenne una repubblica con una nuova costituzione, con Banda come primo presidente. Il Malawi è ora ufficialmente uno stato a partito unico, con l'MCP come unico partito politico legittimo. Banda è stata eletta presidente a vita nel 1971. Per quasi 30 anni, Banda ha governato un rigido sistema autoritario che ha mantenuto il Malawi libero da conflitti violenti. In esilio si formarono gruppi di opposizione come il Malawi Freedom Movement di Orton Chirwa e la Socialist League of Malawi.
L'economia del Malawi sotto la presidenza di Banda è stata spesso propagandata come un esempio di come una nazione povera, senza sbocco sul mare, densamente popolata e povera di minerali potrebbe realizzare la crescita agricola e industriale.
Banda ha costruito un impero commerciale mentre era al potere, utilizzando il suo controllo della nazione per generare un terzo del PIL del paese e impiegare il 10% della popolazione salariata del paese. Banda ha investito tutti i suoi guadagni per lo sviluppo del Malawi, che è stato simboleggiato dalla costruzione dell'Accademia di Kamuzu, un prestigioso collegio (Eton of Africa). La motivazione per dare questa scuola al Malawi è stata, nelle stesse parole di Banda, “Non voglio che i miei figli e le mie figlie debbano fare quello che dovevo fare io: lasciare le loro case e famiglie e allontanarsi dal Malawi per ottenere un'istruzione. "
Nel 1993, alla richiesta di maggiore libertà politica, Banda acconsentì a un referendum in cui il popolo votò a favore di una democrazia multipartitica. Un consiglio presidenziale è stato istituito alla fine del 1993, la presidenza a vita è stata abolita ed è stata promulgata una nuova costituzione, ponendo così fine al regno del MCP. Nel 1994, il Malawi ha tenuto le sue prime elezioni multipartitiche e Banda è stata sconfitta da Bakili Muluzi (un ex segretario generale dell'MCP ed ex ministro di gabinetto di Banda). Muluzi è stato rieletto presidente nel 1999 e ha servito fino al 2004, quando è stato eletto il dottor Bingu wa Mutharika. Sebbene il clima politico sia caratterizzato come "difficile", il sistema multipartitico del Malawi è ancora in vigore dal 2009. Nel maggio 2009, il Malawi ha condotto le sue quarte elezioni legislative e presidenziali multipartitiche, con il presidente Mutharika rieletto tra le accuse di frode elettorale da parte di suo avversario.
Alcuni consideravano il presidente Mutharika più dittatoriale e sprezzante nei confronti dei diritti umani, e nel luglio 2011 sono scoppiate manifestazioni per l'aumento delle spese di soggiorno, il trasferimento delle relazioni internazionali, la cattiva amministrazione e la carenza di riserve di valuta estera. Le manifestazioni hanno provocato la morte di 18 persone e il ferimento di almeno altre 44. Mutharika è morto dopo un attacco di cuore nell'aprile 2012 e l'ex vicepresidente Joyce Banda è diventata la presidenza.
Joyce Banda è arrivata terza alle elezioni del 2014 ed è stata sostituita da Arthur Peter Mutharika, fratello del terzo presidente eletto del Malawi.