Meskipun terpencil, Danau Baikal tidak kebal terhadap tantangan kontemporer. Dalam beberapa dekade terakhir, banyak ancaman muncul dari industri dan pariwisata. Para ahli ekologi mencatat tanda-tanda yang mengkhawatirkan: pada akhir tahun 2010-an, dilaporkan terjadi ledakan alga busuk dan matinya spons air tawar endemik di beberapa teluk. Populasi ikan omul mengalami penurunan, sebagian karena penangkapan ikan yang berlebihan dan sebagian lagi karena perubahan tempat berkembang biak. Di beberapa teluk dangkal, cyanobacteria ("alga biru-hijau") muncul di musim panas, didorong oleh limpasan nutrisi.
Salah satu masalah kronis adalah polusi akibat aktivitas manusia. Bahkan desa-desa kecil membuang limbah ke danau; investigasi jurnalistik menemukan bahwa hingga 25.000 ton limbah cair (bahan bakar, limbah, air limbah) masuk ke Baikal setiap tahun dari kapal dan permukiman. (Di beberapa pulau spa yang mengandalkan vodka sebagai persembahan ritual "netral", orang-orang membuangnya ke danau, tanpa menyadari biayanya.) Kemurnian danau yang tak tertandingi secara historis membuat beberapa orang menganggapnya sebagai tempat pembuangan yang tak ada habisnya; seorang menteri industri Soviet terkenal melakukan tur Baikal dengan kapal selam dan menyatakan, "Saya melihat dengan mata kepala sendiri... hampir tidak ada polusi," setelah itu izin pabrik pencemar diperbarui. Sebenarnya, lubang-lubang lumpur lignin sekarang terletak di dasar danau di lepas Baikalsk, sebuah pengingat akan kelebihan di masa lalu.
Terkadang, proyek berskala besar dihentikan karena protes publik. Pada tahun 2000-an, para pegiat lingkungan menentang usulan pembangunan jalur pipa minyak yang akan melewati Baikal hanya sejauh 800 m dari pantai. Aktivis – mulai dari Greenpeace hingga penduduk desa setempat – memperingatkan akan terjadinya bencana jika terjadi tumpahan minyak, terutama di zona seismik yang aktif ini. Kampanye tersebut berhasil: Putin sendiri memerintahkan agar rute dipindahkan 25–40 kilometer ke utara, yang pada akhirnya menghindari risiko langsung terhadap danau. Proyek-proyek lain juga menemui tentangan: rencana pada tahun 2006 untuk membangun pabrik pengayaan uranium di hilir Angarsk ditentang oleh para ilmuwan yang khawatir tentang kebocoran tailing radioaktif kembali ke Baikal; pada tahun 2011 skema tersebut diam-diam ditangguhkan. Titik api yang lebih baru terjadi pada tahun 2019, ketika sebuah perusahaan Tiongkok merencanakan fasilitas pembotolan air besar-besaran di dekat desa Kultuk. Penduduk setempat memprotes bahwa memompa hingga 190 juta liter air Baikal per tahun dapat menurunkan permukaan air; pihak berwenang akhirnya menghentikan proyek tersebut sambil menunggu tinjauan lingkungan.
Ironisnya, pariwisata massal kini menjadi sumber stres ekologis. Puluhan ribu pengunjung datang ke Baikal setiap musim panas. Wisma tamu dan jetski mereka membawa limbah dan tumpahan bahan bakar beserta pendapatan yang diharapkan. Perkemahan bermunculan di sepanjang pantai; tidak semuanya memiliki pengolahan limbah yang memadai. Para ilmuwan telah mengamati munculnya spesies invasif yang menumpang perahu dan peralatan. Di daratan, jalan setapak menuju tebing tinggi terkikis di bawah kaki para pendaki. Upaya menyeimbangkan pariwisata – yang mendatangkan pendapatan bagi desa-desa seperti Listvyanka dan Khuzhir, tetapi juga polusi – merupakan salah satu dilema utama kawasan tersebut.
Sebagai tanggapan, Baikal juga telah menjadi titik fokus konservasi. Ahli ekologi, universitas (terutama Institut Limnologi di Irkutsk), dan LSM terus mengawasi dengan saksama. Selama beberapa dekade, "Undang-Undang Baikal" telah melarang industrialisasi pantai, dan wilayah yang luas kini dilindungi: Taman Nasional Pribaikalsky di sebelah barat, Cagar Alam Barguzinsky di timur laut, dan Taman Nasional Zabaikalsky di sebelah selatan. Kelompok masyarakat mengadakan pembersihan pantai secara berkala dan mendidik para pemain ski dan pelaut tentang "jangan tinggalkan jejak." Bahkan penduduk umum Irkutsk bangga dengan Baikal: setiap bulan April, peselancar lokal menyelesaikan renang musim dingin dari satu semenanjung ke semenanjung lainnya, dan kru TV menayangkan kisah-kisah Baikal saat musim dingin menyinari es dengan cahaya pelangi.
Perubahan iklim merupakan sesuatu yang tidak diketahui. Lapisan es di Baikal telah menipis dalam beberapa dekade terakhir, dan musim dingin berakhir lebih awal. Iklim yang lebih hangat dapat mengubah ekologi danau yang rapuh – misalnya, kenaikan suhu rata-rata yang sedikit saja dapat menyebarkan rentang alga dan parasit. Hilangnya lapisan es purba dapat memengaruhi kejernihan dan kimia air. Para peneliti memperingatkan bahwa Baikal merupakan penjaga perubahan lingkungan: apa yang terjadi di sini merupakan peringatan dini tentang apa yang mungkin terjadi pada hutan dan perairan Siberia secara luas.
Meskipun menghadapi tantangan ini, penduduk setempat tetap percaya pada ketahanan danau. Nelayan akan mengatakan bahwa Baikal membersihkan dirinya sendiri setiap musim dingin melalui pergantian air dingin. Suku Buryat berdoa kepada roh sungai dan danau mereka untuk melindunginya. Secara resmi, ribuan metrik ton limbah industri beracun telah dibuang sejak tahun 1990-an, dan aliran keluar melalui Angara memastikan pembaruan berkelanjutan sebagian air. Seperti yang dicatat oleh seorang ilmuwan, ekosistem danau telah bertahan selama ribuan tahun terhadap perubahan – nasib akhirnya kemungkinan besar akan bergantung sekarang pada seberapa bertanggung jawab manusia berperilaku di sekitarnya.
Danau Baikal berdiri sebagai tempat dengan alam yang masih alami dan sangat kuno – wilayah yang keras yang tidak mudah mengungkap rahasianya. Namun, danau ini juga memelihara masyarakat di sepanjang pantainya dan menginspirasi semua yang berkunjung. Bagi pelancong yang datang untuk berenang di airnya yang dingin atau berkemah di bawah langitnya yang tak berujung, Baikal menawarkan kebenaran yang jelas: bahwa beberapa tempat di Bumi masih ada hampir tak tersentuh, menunggu untuk mengingatkan kita tentang ikatan kita dengan alam. Dalam keheningan malam musim dingin atau teriakan burung camar saat fajar, orang mendengar lagu kuno Baikal dan merasakan dorongan untuk melindunginya, sehingga danau ini dapat bertahan bagi generasi mendatang sebagai sumber kehidupan, legenda, dan keajaiban.