Elhagyatott fekvése ellenére a Bajkál-tó sem immunis a kortárs kihívásokra. Az elmúlt évtizedekben számos veszély merült fel az ipar és a turizmus részéről. Az ökológusok aggasztó jeleket észleltek: a 2010-es évek végén egyes öblökben rothadó algavirágzásról és az endemikus édesvízi szivacsok pusztulásáról számoltak be. Az omul halpopuláció csökken, részben a túlhalászás, részben a szaporodási helyek változása miatt. Néhány sekély öbölben nyáron cianobaktériumok („kékzöld algák”) jelennek meg, amelyeket a tápanyagok lefolyása táplál.
Az egyik krónikus probléma az emberi tevékenységből származó szennyezés. Még az apró falvak is szennyvizet engednek a tóba; újságírói vizsgálatok kimutatták, hogy évente akár 25 000 tonna folyékony hulladék (üzemanyag, szennyvíz, szürkevíz) is kerül a Bajkál-tóba hajókról és településekről. (Néhány gyógyfürdős szigeten, ahol a vodkát „semleges” rituális áldozatként tartják számon, az emberek a tóba öblítik, mit sem sejtve a költségekről.) A tó páratlan tisztasága miatt egyesek végtelen víznyelőnek tartották; egy szovjet ipari miniszter híresen tengeralattjáróval látogatta meg a Bajkált, és kijelentette: „A saját szememmel láttam… gyakorlatilag nincs szennyezés”, ami után egy szennyező gyár engedélyét megújították. Valójában ligniniszap-gödrök hevernek a tófenéken Bajkálszk közelében, emlékeztetve a múltbeli túlzásokra.
Előfordult, hogy a nagyszabású projekteket közfelháborodás akadályozta meg. A 2000-es években a környezetvédők egy olyan olajvezeték-tervezet ellen tiltakoztak, amely mindössze 800 méterre kerülte volna meg a Bajkál-tavat a parttól. Az aktivisták – a Greenpeace-től a helyi falusiakig – katasztrófára figyelmeztettek, ha valaha is szivárgás történne, különösen ebben a szeizmikusan aktív zónában. A kampány sikeres volt: maga Putyin rendelte el az útvonal 25-40 kilométerrel északabbra helyezését, végső soron elkerülve a tó közvetlen veszélyeztetését. Más projektek is ellenállásba ütköztek: a 2006-os terveket, miszerint Angarszkban urándúsító üzemet létesítenének a folyó alsóbb szakaszán, a tudósok ellenezték, akik aggódtak a radioaktív zagyok Bajkálba való visszaszivárgása miatt; 2011-re a tervet csendben félretették. Egy újabb konfliktuspont 2019-ben következett be, amikor egy kínai vállalat egy hatalmas vízpalackozó létesítményt tervezett Kultuk falu közelében. A helyiek tiltakoztak, hogy az évi akár 190 millió liter bajkálvíz kiszivattyúzása csökkentheti a vízszintet; a hatóságok végül leállították a projektet a környezetvédelmi felülvizsgálat idejére.
Ironikus módon a tömegturizmus mára maga is ökológiai stressz forrásává vált. Nyaranként több tízezer látogató érkezik a Bajkál-tóhoz. Vendégházaik és jetski-ik szennyvizet és üzemanyag-kiömléseket hoznak magukkal a várható bevétel mellett. Kempingek nyílnak a part mentén; nem mindegyik rendelkezik megfelelő hulladékkezeléssel. A tudósok megfigyelték az invazív fajok megjelenését, akik csónakokkal és felszereléssel stoppolnak. A szárazföldön a magas sziklákra vezető ösvények erodálódnak a túrázók lába alatt. A turizmus egyensúlyozási törvénye – amely bevételt hoz olyan falvaknak, mint Listvyanka és Khuzhir, de szennyezést is okoz – a régió egyik központi dilemmája.
Válaszul a Bajkál a természetvédelem központi helyszínévé vált. Ökológusok, egyetemek (nevezetesen az irkutszki Limnológiai Intézet) és nem kormányzati szervezetek is részletes megfigyeléseket végeznek. Évtizedek óta a „Bajkál-törvény” tiltja a partvidék iparosítását, és ma már nagy területeket védenek: a Pribaikalsky Nemzeti Park nyugaton, a Barguzinsky Rezervátum északkeleten, és a Zabaikalsky Nemzeti Park délebbre. Közösségi csoportok rendszeresen takarítanak strandokat, és oktatják a síelőket és a hajósokat a „ne hagyj nyomot” elvről. Még Irkutszk lakossága is büszke a Bajkálra: minden áprilisban a helyi szörfösök befejezik a téli úszást, és az egyik félszigetről a másikra utaznak, a tévéstábok pedig Bajkál-történeteket mutatnak be, miközben a tél szivárványos fénnyel világítja meg a jeget.
A klímaváltozás egy fenyegető ismeretlen tényező. A Bajkál jégtakarója már az elmúlt évtizedekben is elvékonyodott, és a telek korábban érnek véget. A melegebb éghajlat megváltoztathatja a tó kényes ökológiáját – például az átlaghőmérséklet akár kismértékű emelkedése is szétterítheti az algák és paraziták elterjedését. Az ősi jégmezők eltűnése befolyásolhatja a víz tisztaságát és kémiai összetételét. A kutatók arra figyelmeztetnek, hogy a Bajkál a környezeti változások őrszeme: ami itt történik, előrevetíti, mi történhet Szibéria erdőivel és vizeivel.
Ezen kihívások ellenére a helyiek továbbra is hisznek a tó ellenálló képességében. A halászok azt mondják, hogy a Bajkál minden télen megtisztítja magát a hideg víz cseréjével. A burjátok folyó- és tószellemeikhez imádkoznak, hogy védjék meg. Hivatalosan több ezer tonna ipari mérgező kibocsátást távolítottak el az 1990-es évek óta, és az Angarán keresztüli kiáramlás biztosítja a víz egy részének folyamatos megújulását. Ahogy egy tudós megjegyezte, a tó ökoszisztémája évezredek változását is kiállta – végső sorsa valószínűleg most azon múlik, hogy az emberiség mennyire felelősségteljesen viselkedik körülötte.
A Bajkál-tó a nyers természet és a mélyen ősi idők helye – egy zord birodalom, amely nem könnyen árulja el titkait. Ugyanakkor táplálja a partjai mentén élő közösségeket, és inspirál mindenkit, aki ellátogat ide. Az utazó számára, aki úszni jön a jeges vizében, vagy táborozni a végtelen ég alatt, a Bajkál egyértelmű igazságot kínál: a Föld egyes helyei még mindig szinte érintetlenül léteznek, arra várva, hogy emlékeztessenek minket a természettel való kapcsolatunkra. Egy téli este csendjében vagy egy sirály hajnali kiáltásában halljuk a Bajkál ősi dalát, és késztetést érzünk arra, hogy megvédjük, hogy a jövő generációi számára az élet, a legendák és a csodák forrásaként fennmaradhasson.