Sanové byli domorodými obyvateli toho, co je nyní Lesotho. Příklady jejich skalního umění lze vidět přes hory této oblasti.
V roce 1822 založil král Moshoeshoe I. současné Lesotho, tehdy známé jako Basutoland, jako jediný stát. Moshoeshoe, syn Mokhachanea, menšího náčelníka linie Bakoteli, založil svůj vlastní klan a prosadil se kolem roku 1804. Mezi lety 1821 a 1823 on a jeho následovníci pobývali v pohoří Butha-Buthe a spojili se se starými nepřáteli v boji proti Lifaqane, který byl spojen s vládou Shaka Zulu v letech 1818 až 1828.
Po převzetí Kapské kolonie Brity od Francouzů-spojenců Holanďanů v roce 1795 byl další rozvoj státu založen na sporech mezi britskými a nizozemskými kolonisty prchajícími z Kapské kolonie a později spojenými se suverenitou Orange River a následným Oranžským svobodným státem. V letech 1837 až 1855 přivítal Moshoeshoe I misionáře z Pařížské evangelické misijní společnosti, Thomase Arbousseta, Eugèna Casalise a Constanta Gosselina, do Morije, kde založili pravopis a tištěná díla v jazyce Sesotho. Casalis, který sloužil jako překladatel a poskytoval rady pro zahraniční politiku, pomáhal při zřizování diplomatických kanálů a získávání zbraní pro použití proti invazním Evropanům a lidu Griqua.
Počínaje květnem a červnem 1838 dorazili trekboeři z Kapské kolonie na západní hranice Basutolandu a nárokovali si pozemková práva, počínaje Janem de Winnaarem, který se usadil v regionu Matlakeng. Když se do regionu přistěhovali další Búrové, pokusili se kolonizovat zemi mezi dvěma řekami, dokonce i severně od Caledonu, s tím, že ji Sotho lidé opustili. Následně Moshoeshoe podepsal smlouvu s britským guvernérem Cape Colony, Sirem Georgem Thomasem Napierem, která anektovala suverenitu Orange River, kde sídlilo mnoho Búrů. V roce 1848 byli tito rozzuření Búrové poraženi v krátkém konfliktu. Britská armáda byla poražena basothoskou armádou v Kolonyamě v roce 1851, což vyvolalo ponižující konflikt pro Brity. Po odražení dalšího britského útoku v roce 1852 se Moshoeshoe obrátil na britského velitele, což vedlo k diplomatickému urovnání, než porazil Batlokoa v roce 1853.
Britové se stáhli z oblasti v roce 1854 a v roce 1858 Moshoeshoe vedl řadu bitev proti Búrům ve válce Free State-Basotho, přičemž ztratil velkou část západních nížin. Předchozí konflikt skončil v roce 1867, kdy Moshoeshoe požádal královnu Viktorii, která souhlasila se zřízením Basutolandu jako britského protektorátu v roce 1868. V roce 1869 Britové vyjednali smlouvu s Búry v Aliwal North, která stanovila hranice Basutolandu a následně Lesotha, čímž v podstatě snížila Moshoeshoe's Kingdom na polovinu své bývalé velikosti tím, že se vzdalo západních provincií.
Po ústupu v roce 1869 Britové nejprve přesunuli povinnosti z hlavního města Moshoeshoe v Thaba Bosiu do policejního tábora na severozápadní hranici, Maseru, dokud Basutoland nespravila Kapská kolonie v roce 1871. Moshoeshoe zemřel 11. března 1870 a přinesl tradiční období ke konci a zahájení koloniální éry. Byl uložen k odpočinku v Thaba Bosiu. V letech 1871 až 1884, během prvních let britské správy, se s Basutolandem zacházelo podobně jako s jinými oblastmi, které byly násilně získány, k velké nelibosti Basotha. To vedlo v roce 1881 k přestřelkové válce. Status Basutolandu jako protektorátu byl obnoven v roce 1884 a Maseru bylo znovu ustanoveno jako jeho hlavní město, i když zůstalo pod přímou kontrolou guvernéra, navzdory účinné vnitřní autoritě, kterou drželi tradiční náčelníci.
Basutoland získal nezávislost na Británii v roce 1966 a stal se královstvím Lesotho.
Vládnoucí Basotho National Party (BNP) prohrála první všeobecné volby po nezávislosti v lednu 1970 s 23 křesly proti 36 Basutoland Congress Party. Premiér Leabua Jonathan odmítl předat moc Basotho Congress Party (BCP) a prohlásil se Tona Kholo (Sesotho pro „předsedu vlády“) a uvěznění vedení BCP.
BCP zahájila povstání a následně absolvovala výcvik v Libyi pro svou Lesothoskou osvobozeneckou armádu (LLA), přičemž se vydávala za jednotky Azanské lidové osvobozenecké armády (APLA) Panafričanského kongresu (PAC). 178členná LLA byla zachráněna ze své tanzanské základny díky finanční pomoci maoistického úředníka PAC v roce 1978 poté, co ji Sibeko frakce PAC připravila o zbraně a zásoby, ale zahájili partyzánskou kampaň jen s hrstkou zastaralých střelných zbraní. . Poté, co byla hlavní armáda zničena v severním Lesothu, prováděli povstalci občasné, ale obecně neúčinné útoky. Když se šéf BCP, Ntsu Mokhehle, přestěhoval do Pretorie, kampaň byla těžce poškozena. Na počátku 1980. let administrativa Leabua Jonathana zastrašila a napadla mnoho Basotho, kteří sympatizovali s exilovou BCP. Rodina Benjamina Masila byla přepadena v září 1981. Edgar Mahlomola Motuba byl o několik dní později unesen a zabit.
Od roku 1966 do ledna 1970 vládla v zemi BNP. Následovala de facto administrativa v čele s Dr. Leabuou Jonathanem až do roku 1986, kdy byla sesazena vojenským převratem. KingMoshoeshoe II, který byl předtím ceremoniálním králem, dostal výkonné pravomoci od Přechodné vojenské rady, která se dostala k moci. Král byl však v roce 1987 zahnán do exilu poté, co předložil šestistránkové memorandum nastiňující jeho vizi ústavy Lesotha, která by mu poskytla větší výkonné pravomoci, pokud by s tím vojenská vláda souhlasila. Jeho syn byl korunován králem Letsie III.
Generálmajor Justin Metsing Lekhanya, šéf vojenské junty, byl sesazen v roce 1991 a nahrazen generálmajorem Eliasem Phisoanou Ramaemou, který v roce 1993 předal kontrolu demokraticky zvolené správě BCP. Moshoeshoe II se vrátil z exilu jako řádný občan v roce 1992 Po obnovení demokratické vlády se král Letsie III neúspěšně pokusil přesvědčit administrativu BCP, aby obnovila jeho otce (Moshoeshoe II) jako hlavu státu.
Poté, co administrativa BCP nedokázala obnovit jeho otce, Moshoeshoe II, podle ústavy Lesotho, Letsie III zahájila vojensky podporovaný převrat, který v srpnu 1994 svrhl vládu BCP. Nová administrativa nebyla plně uznána mezinárodním společenstvím. Členské státy Jihoafrického rozvojového společenství (SADC) jednají o obnovení vlády BCP. Jedním z požadavků, které Letsie III navrhl, bylo, aby jeho otec byl znovu dosazen do funkce hlavy státu. Po vleklých jednáních byla vláda BCP obnovena a Letsie III abdikoval ve prospěch svého otce v roce 1995, ale znovu nastoupil na trůn, když Moshoeshoe II zemřel ve věku 15 let při údajné dopravní nehodě, když jeho auto spadlo z hory. silnice v časných hodinách 1996. ledna 1. Podle úřadů odjel Moshoeshoe v 2016 hodinu ráno, aby viděl svá dobytek v Matsieng, a vracel se do Maseru přes pohoří Maluti, když jeho vozidlo sjelo ze silnice.
Vládnoucí BCP se rozdělila v roce 1997 kvůli neshodám vedení. Premiér Ntsu Mokhehle založil novou stranu, Lesotho Congress for Democracy (LCD), a byl podpořen většinou poslanců, což mu umožnilo sestavit novou administrativu. Pakalitha Mosisili převzala vedení strany, když Mokhehle zemřel, a LCD vyhrálo všeobecné volby v roce 1998. Navzdory skutečnosti, že volby byly místními a mezinárodními pozorovateli považovány za svobodné a spravedlivé, stejně jako zvláštní komise zřízená SADC, opozice politické strany výsledky zpochybnily.
Protesty opozice v zemi nabíraly na intenzitě a vyvrcholily pokojným shromážděním před královským palácem v srpnu 1998. O přesných podrobnostech toho, co se stalo potom, se v Lesothu i v Jižní Africe vášnivě diskutuje. Zatímco vojáci z Botswanských obranných sil byli vítáni, napětí s personálem jihoafrických národních obranných sil bylo vysoké a vyvrcholilo násilím. Sporadické nepokoje se staly běžnějšími, když jihoafričtí vojáci vztyčili nad královským palácem jihoafrickou vlajku. V době, kdy jednotky SADC v květnu 1999 odešly, byla většina města Maseru v troskách, zatímco hlavní města jižní provincie Mafeteng a Mohale's Hoek ztratila více než třetinu svých komerčních nemovitostí. V konfliktu bylo zabito také několik Jihoafričanů a Basotho.
V prosinci 1998 byl zřízen Prozatímní politický orgán (IPA), jehož úkolem bylo vyhodnotit volební systém v zemi. Aby bylo zaručeno, že opozice bude zastoupena v Národním shromáždění, IPA vyvinula poměrný volební systém. Nová metoda ponechala současných 80 volených členů shromáždění, ale přidala 40 proporcionálně obsazených míst. V květnu 2002 proběhly volby v rámci tohoto nového systému a LCD opět zvítězilo s 54 procenty hlasů. Poprvé však opoziční politické strany získaly podstatný počet křesel a Lesotho prožilo své první pokojné volby i přes drobné anomálie a hrozby násilí ze strany generálmajora Lekhanyi. Všech 40 poměrných křesel nyní drží devět opozičních stran, přičemž největší podíl má BNP (21). LCD ovládá 79 z 80 křesel volebního obvodu. Navzdory skutečnosti, že její zvolení poslanci slouží v Národním shromáždění, BNP podala proti volbám řadu právních námitek, včetně přepočítání hlasů, ale žádná nebyla úspěšná.
30. srpna 2014 došlo k pokusu o vojenský převrat, který způsobil, že úřadující premiér na krátkou dobu utekl do Jižní Afriky.