Jako první se v regionu usadily Pygmejské národy. Jak se pohybovali, kmeny Bantuů je hlavně vytlačily a asimilovaly.
První Evropané přišli v 15. století. V Gabonu se v 18. století objevila myensky mluvící monarchie známá jako Orungu.
Bartholomew Roberts, velšský pirát známý jako Black Bart, zahynul na moři u pobřeží Cape Lopez 10. února 1722. V letech 1719 až 1722 útočil na lodě podél pobřeží Ameriky a západní Afriky.
V roce 1875 provedl první expedici do oblasti Gabonu-Kongo francouzský dobrodruh Pierre Savorgnan de Brazza. Založil Franceville a následně sloužil jako koloniální guvernér. Když Francie v roce 1885 formálně dobyla Gabon, mnoho kmenů Bantu sídlilo v oblasti, která je dnes Gabonem.
Gabon se v roce 1910 připojil ke čtyřem oblastem francouzské rovníkové Afriky a vytvořil federaci, která trvala až do roku 1959. 17. srpna 1960 získaly tyto oblasti nezávislost. Léon M'ba byl prvním prezidentem Gabonu, zvolený v roce 1961 spolu s Omarem Bongo Ondimbou jako jeho viceprezidentem.
Po M'bově nástupu k moci byl tisk potlačován, politická shromáždění byla postavena mimo zákon, svoboda projevu byla omezena, ostatní politické strany byly postupně vytlačovány z moci a ústava byla upravena podle francouzských linií, aby přenesla moc na prezidentský úřad, který M'ba vzal. Když M'ba v lednu 1964 rozpustil Národní shromáždění, aby nastolil vládu jedné strany, armádní převrat se ho pokusil sesadit a obnovit parlamentní demokracii. Během 24 hodin dorazili francouzští výsadkáři, aby obnovili M'bu k moci.
Přes masivní demonstrace a nepokoje převrat po několika dnech bojů skončil a opozice byla uvězněna. Dodnes jsou francouzské jednotky umístěny v Camp de Gaulle na okraji města Gabonu. Bongo převzal funkci prezidenta, když M'Ba zemřel v roce 1967.
Bongo prohlásil Gabon za stát jedné strany v březnu 1968, rozpustil BDG a založil Parti Democratique Gabonais (PDG). Přivítal všechny Gabonce, aby se připojili, bez ohledu na jejich minulou politickou oddanost. Bongo použil PDG jako prostředek k utopení regionálních a kmenových konfliktů, které předtím rozdělily gabonskou politiku, aby vytvořilo jednotné národní hnutí ve prospěch rozvojových cílů vlády. V únoru 1975 byl Bongo zvolen prezidentem; v dubnu 1975 bylo vicepresidentství zrušeno a nahrazeno ministerským úřadem, který neměl žádná automatická nástupnická práva. Bongo byl znovu zvolen na 7 let jako prezident v prosinci 1979 a listopadu 1986.
Studenti a dělníci pořádali na počátku 1990. let násilné protesty a stávky, živené ekonomickou nespokojeností a touhou po politické reformě. Bongo pracovalo se zaměstnanci na základě jednotlivých sektorů v reakci na jejich stížnosti a výrazně snížilo platy. Řekl také, že otevře PDG a uspořádá národní politickou konferenci v březnu až dubnu 1990, aby diskutoval o budoucí politické struktuře Gabonu. Schůze se zúčastnilo PDG a 74 politických skupin. Vládnoucí PDG a její stoupenci byli rozděleni do dvou volných koalic, Spojené fronty opozičních sdružení a stran, která zahrnovala odtržené Morena Fundamental a Gabonskou stranu pokroku.
Konference v dubnu 1990 schválila významné politické změny, včetně zřízení národního Senátu, decentralizace rozpočtového procesu, svobody shromažďování a tisku a odstranění potřeby výjezdního víza. Bongo rezignoval na funkci předsedy PDG ve snaze vést přechod politického systému k demokracii s více stranami a byla vytvořena přechodná administrativa vedená novým premiérem Casimirem Oye-Mba. Výsledná administrativa, známá jako Gabonské sociálně demokratické seskupení (RSDG), byla menší než ta předchozí a ve svém kabinetu měla členy různých opozičních skupin. V květnu 1990 RSDG vytvořila dočasnou ústavu, která zahrnovala základní listinu práv a nezávislé soudnictví, ale dala prezidentovi široké správní pravomoci. Tento dokument vstoupil v platnost v březnu 1991 po dodatečném přezkoumání ústavním výborem a Národním shromážděním.
Opozice vůči PDG však přetrvávala i po schůzce v dubnu 1990 a dva pokusy o převrat byly odhaleny a zmařeny v září 1990. Navzdory protivládním protestům po nečekané smrti opozičního vůdce získala PDG silnou většinu v prvním mnohostranném Národním shromáždění. Volby do zastupitelstva za téměř 30 let v září až říjnu 1990.
Po znovuzvolení prezidenta Omara Bonga s 51 % hlasů v prosinci 1993 odmítli opoziční kandidáti výsledky přijmout. Po vážných občanských nepokojích se vláda a opoziční skupiny dohodly, že budou pracovat na politickém řešení. Tyto diskuse vyústily v Pařížské dohody, které byly podepsány v listopadu 1994 a zahrnovaly mnoho opozičních vůdců ve vládě národní jednoty. Toto uspořádání se však rychle rozpadlo a parlamentní a komunální volby v letech 1996 a 1997 připravily půdu pro návrat ke stranické politice. PDG v parlamentních volbách jednoznačně zvítězila, ale v mnoha velkých městech, včetně Libreville, byli v komunálních volbách v roce 1997 zvoleni opoziční starostové.
V prosinci 1998 se prezident Omar Bongo dostal ke znovuzvolení s obrovskou většinou hlasů, a to i přes rozštěpenou opozici. Přes četné údajné anomálie několik zahraničních pozorovatelů označilo výsledky za reprezentativní a nedošlo k žádným násilným nepokojům, které předcházely volbám v roce 1993. PDG a přidružení nezávislí lidé kontrolovali Národní shromáždění téměř úplně po pokojných, ale neúspěšných parlamentních volbách v letech 2001–2002, které byly bojkotovány řadou menších opozičních stran a přísně odsouzeny pro administrativní nedostatky. Prezident Omar Bongo byl znovu zvolen v listopadu 2005 na šesté funkční období. Byl pohodlně znovu zvolen, ačkoli oponenti tvrdí, že volby byly sužovány nesrovnalostmi. Po oznámení jeho vítězství došlo k několika násilnostem, ale Gabon zůstal celkově klidný.
V prosinci 2006 proběhly nové volby do Národního shromáždění. Ústavní soud zrušil mnoho křesel, která byla zpochybněna kvůli nesrovnalostem při hlasování, ale PDG si ponechalo kontrolu nad Národním shromážděním ve druhém kole voleb na začátku roku 2007.
Prezident Omar Bongo zemřel na zástavu srdce 8. června 2009 ve španělské nemocnici v Barceloně, což signalizovalo začátek nové éry v gabonské politice. Rose Francine Rogombé, předsedkyně Senátu, byla 10. června 2009 v souladu s revidovanou ústavou jmenována prozatímní prezidentkou. Dne 30. srpna 2009 proběhly první soutěžní volby v historii Gabonu bez Omara Bonga jako kandidáta s 18 kandidáty na prezidenta. V předvolebním období proběhlo několik menších demonstrací, ale bez větších narušení. Po třítýdenním přezkumu ústavním soudem byl vítězem oficiálně vyhlášen syn Omara Bonga, šéf vládní strany Ali Bongo Ondimba; jeho inaugurace proběhla 16. října 2009.
Mnoho opozičních kandidátů tvrdilo volební podvody a první zveřejnění volebních výsledků vyvolalo neobvykle násilné demonstrace v Port-Gentil, druhém největším městě země a dlouholeté pevnosti odporu vůči správě PDG. Obyvatelé Port-Gentil se vrhli do ulic a zapálili řadu podniků a domů, včetně francouzského konzulátu a místní věznice. Podle oficiálních údajů byli při nepokojích zabiti pouze čtyři lidé, ale opozice a místní vůdci tvrdí, že jich bylo mnohem více. Na pomoc bojující policii byli do Port-Gentil vysláni četníci a armáda a na více než tři měsíce byl uvalen zákaz vycházení.
V červnu 2010 proběhly dílčí parlamentní volby. Poprvé se zúčastnila nově vzniklá koalice stran Union Nationale (OSN). Přeběhlíci z PDG, kteří opustili stranu po smrti Omara Bonga, tvoří většinu OSN. PDG získalo tři z pěti zuřivě bojovaných křesel, zatímco OSN získala dva; obě strany si připsaly vítězství.