Dana 8. maja 1530. godine, Luis de Moscoso Alvarado osnovao je zaselak San Miguel de la Frontera (Sveti Mihael od granice) kao odbranu od Lenca kraljevstva Chaparrastique (Mjesto prekrasnih orhideja). Do 1586. godine naselje je uzdignuto u status grada.
Vulkanski izljev gotovo je razorio grad 1655. godine. Razaranje je bilo toliko strašno, prema narodnom predanju, da je sačuvana samo slika Sotone u župnoj crkvi.
Salvadorska poljoprivredna, tekstilna i hemijska industrija su sve usredsređene u ovom gradu. Industrija usluga, posebno zdravstvo i trgovina, značajno je porasla od početka dvadeset prvog stoljeća, što je rezultiralo velikim privatnim investicijama u bolnice i maloprodajne centre širom grada. Ovo se dijelom pripisuje velikom iznosu doznaka (najmanje 35 posto ukupnog, ili otprilike 18 posto nacionalnog BDP-a) koje Salvadorci koji žive u inostranstvu šalju svojim porodicama u istočnoj zoni zemlje.
Očekuje se da će prihodi i bogatstvo istočne polovine zemlje porasti kao rezultat novih zapošljavanja i preduzeća povezanih s razvojem Puerto La Unióna, koji je počeo sa radom 2012.
U gradu postoje razne privatne i javne obrazovne institucije, uključujući i neke od najstarijih škola u zemlji. Državni univerzitet El Salvadora (sa svojim Facultad Multidiciplinaria de Oriente) i privatni Universidad de Oriente su dva glavna univerziteta (UNIVO). Univerzitet Gerardo Barrios, Univerzitet Modular Abierta.
Od početka decenije, sportska infrastruktura San Miguela je doživjela veliku izgradnju i renoviranje. Nacionalni fudbalski stadion "Huan Francisko Baraza", "Polideportivo Don Bosko" i stadion Šarle su glavna sportska mesta.
San Miguel ima opštinske proslave u novembru u čast „Nuestra Seora De La Paz“ (Naša Gospa od mira), pri čemu je karneval San Miguel primarni događaj poslednje subote u mesecu. To je najveći festival zabave, muzike i kuhinje u El Salvadoru, i jedan od najvećih u Centralnoj Americi, sa oko 1,000,000 ljudi koji ide na njegovu 50. godišnjicu (prema pisanju lokalnih medija). Počeci karnevala mogu se pratiti još od 1959. godine. Trenutno, ova tradicija nastavlja da predstavlja širenje grada i jedan je od ekonomskih pokretača grada.
San Miguel je poznat po živopisnom noćnom životu duž Rooseveltove avenije, glavne gradske arterije. Katedrala “Nuestra Seora de la Paz” (1862), Guzman park, teatar Francisco Gavidia (1909) i Palacio Municipal nalaze se u jednom od tih dijelova (1935). Moderni San Miguel, s druge strane, uključuje nove zajednice poznate kao "colonias".
Kapetan general Gerado Barrios, pisac Francisco Gavidia, pjesnik Juan J. Caas i David Joaqun Guzmán su među poznatim domorocima iz San Miguela. Grad je okružen vulkanom Chaparrastique (2,129 metara), koji je nesumnjivo najupečatljiviji prizor San Miguela.
