Trots sitt avlägsna läge är Bajkalsjön inte immun mot samtida utmaningar. Under de senaste decennierna har många hot uppstått från industri och turism. Ekologer noterar oroande tecken: i slutet av 2010-talet rapporterades förruttnelse i algblomningar och avdöende av de endemiska sötvattensvamparna i vissa vikar. Omulfiskpopulationen har minskat, delvis på grund av överfiske och delvis på grund av förändringar i häckningsområden. I vissa grunda vikar dyker cyanobakterier ("blågröna alger") upp på sommaren, drivna av näringsavrinning.
Ett kroniskt problem har varit föroreningar från mänsklig aktivitet. Även de små byarna släpper ut avloppsvatten i sjön; journalistiska undersökningar visade att upp till 25 000 ton flytande avfall (bränsle, avloppsvatten, gråvatten) kommer in i Baikal varje år från båtar och bosättningar. (På vissa spaöar som räknar med vodka som ett "neutralt" rituellt offer spolar människor det i sjön, omedvetna om kostnaden.) Sjöns oöverträffade renhet har historiskt sett lett till att vissa betraktar den som en oändlig sänka; en sovjetisk industriminister turnerade berömt Baikal i en ubåt och förkunnade: "Jag såg med mina egna ögon ... det finns praktiskt taget ingen förorening", varefter en förorenande fabrikslicens förnyades. I själva verket ligger gropar av ligninslam nu på sjöbotten utanför Baikalsk, en påminnelse om tidigare överskott.
Ibland har storskaliga projekt stoppats av offentliga protester. På 2000-talet bekämpade miljöaktivister en föreslagen oljeledning som skulle ha gått runt Baikal bara 800 m från stranden. Aktivister – från Greenpeace till lokala bybor – varnade för katastrof om ett utsläpp någonsin inträffade, särskilt i denna seismiskt aktiva zon. Kampanjen lyckades: Putin själv beordrade att rutten skulle flyttas 25–40 kilometer norrut, vilket i slutändan avvärjde direkt risk för sjön. Andra projekt har också mött motstånd: planer från 2006 på att etablera en urananrikningsanläggning nedströms i Angarsk motsattes av forskare som oroade sig för att radioaktivt avfall skulle läcka tillbaka till Baikal; år 2011 lades projektet i tysthet på is. En senare flammpunkt kom 2019, då ett kinesiskt företag planerade en massiv vattentappningsanläggning nära byn Kultuk. Lokalbefolkningen protesterade mot att pumpning av upp till 190 miljoner liter Baikalvatten per år skulle kunna sänka vattennivåerna; myndigheterna stoppade så småningom projektet i avvaktan på miljöprövning.
Ironiskt nog är massturismen nu i sig en källa till ekologisk stress. Tiotusentals besökare strömmar till Baikal varje sommar. Deras pensionat och vattenskotrar för med sig avloppsvatten och bränslespill tillsammans med förväntade intäkter. Läger dyker upp längs stranden; inte alla har tillräcklig avfallshantering. Forskare har observerat tillkomsten av invasiva arter som liftar i båtar och utrustning. På land eroderar stigar upp till höga klippor under vandrarnas fötter. Turismens balansakt – att ge inkomster till byar som Listvyanka och Khuzhir, men också föroreningar – är ett av regionens centrala dilemman.
Som svar har Baikal också blivit en central punkt för bevarande. Ekologer, universitet (särskilt Limnologiska institutet i Irkutsk) och icke-statliga organisationer håller noggranna övervakningar. I årtionden har en "Baikallag" förbjudit industrialisering av kusten, och stora områden är nu skyddade: Pribaikalsky nationalpark i väster, Barguzinsky reservat i nordost och Zabaikalsky nationalpark längre söderut. Samhällsgrupper anordnar regelbundna strandstädningar och utbildar skidåkare och båtfolk om att "lämna inga spår". Till och med den allmänna befolkningen i Irkutsk har varit stolt över Baikal: varje april avslutar lokala surfare ett vinterdopp från en halvö till en annan, och TV-team visar Baikal-berättelser medan vintern lyser upp isen med regnbågens ljus.
Klimatförändringarna är en hotande okänd faktor. Baikals istäcke har redan tunnats ut de senaste decennierna, och vintrarna slutar tidigare. Ett varmare klimat skulle kunna förändra sjöns känsliga ekologi – till exempel kan även en liten höjning av medeltemperaturen sprida utbredningsområden för alger och parasiter. Försvinnandet av gamla isfält kan påverka vattnets klarhet och kemi. Forskare varnar för att Baikal är en vaktpost för miljöförändringar: det som händer här varnar för vad som kan hända med Sibiriens skogar och vatten i stort.
Trots dessa utmaningar behåller lokalbefolkningen tron på sjöns motståndskraft. Fiskare säger att Baikal renar sig varje vinter genom sin omsättning av kallt vatten. Burjaterna ber till sina flod- och sjöandar att skydda den. Officiellt har tusentals ton industriella giftiga utsläpp avlägsnats sedan 1990-talet, och utflödet via Angara säkerställer kontinuerlig förnyelse av en del av vattnet. Som en forskare noterade har sjöns ekosystem motstått årtusenden av förändring – dess slutliga öde kommer sannolikt nu att bero på hur ansvarsfullt mänskligheten beter sig runt den.
Bajkalsjön står som en plats av rå natur och djup forntid – ett kargt rike som inte lätt avslöjar sina hemligheter. Ändå ger den näring åt samhällena längs sina stränder och inspirerar alla som besöker den. För den resenär som kommer för att simma i dess iskalla vatten eller campa under dess oändliga himmel, erbjuder Bajkalsjön en tydlig sanning: att vissa platser på jorden fortfarande existerar nästan orörda och väntar på att påminna oss om vårt band med naturen. I tystnaden en vinterkväll eller en mås skri i gryningen hör man Bajkalsjöns uråldriga sång och känner en längtan att skydda den, så att den kan bestå för kommande generationer som en källa till liv, legender och förundran.