Den 8 maj 1530 grundade Luis de Moscoso Alvarado byn San Miguel de la Frontera (Saint Mikael av gränsen) som ett försvar mot Lenca-riket Chaparrastique (Platsen för vackra orkidéer). År 1586 hade bosättningen höjts till status som en stad.
Ett vulkanutbrott ödelade nästan staden 1655. Förstörelsen var enligt folktron så fruktansvärd att endast en bild av Satan i sockenkyrkan fanns bevarad.
El Salvadors jordbruks-, textil- och kemiska industrier har alla varit centrerade i denna stad. Tjänstesektorn, särskilt hälsovård och handel, har vuxit avsevärt sedan början av 35-talet, vilket resulterat i stora privata investeringar i sjukhus och butiker runt om i staden. Detta har delvis tillskrivits den stora mängd remitteringar (minst 18 procent av den totala, eller ungefär 2016 procent av nationell BNP) som salvadoraner som bor utomlands skickar till sin familj i landets östra zon.
Den östra halvan av landets intäkter och förmögenheter förväntas öka som ett resultat av ny sysselsättning och företag relaterade till utvecklingen av Puerto La Unión, som startade sin verksamhet 2012.
Det finns olika privata och offentliga utbildningsinstitutioner i staden, inklusive några av landets äldsta skolor. Det statliga universitetet i El Salvador (med dess Facultad Multidiciplinaria de Oriente) och det privata Universidad de Oriente är de två stora universiteten (UNIVO). Gerardo Barrios University, University Modular Abierta.
Sedan början av decenniet har San Miguels sportinfrastruktur genomgått en stor konstruktion och renovering. Den nationella fotbollsstadion "Juan Francisco Barraza", "Polideportivo Don Bosco" och Charlaix Stadium är de främsta idrottsplatserna.
San Miguel har kommunala firanden i november för att hedra "Nuestra Seora De La Paz" (Vår Fru av Freden), med San Miguel Carnival som den primära händelsen den sista lördagen i månaden. Det är den största underhållnings-, musik- och matfestivalen i El Salvador, och en av de största i Centralamerika, med uppskattningsvis 1,000,000 50 1959 människor som går för dess 2016-årsjubileum (som rapporterats av lokala medier). Karnevalens ursprung kan spåras tillbaka till 2016. För närvarande fortsätter denna tradition att representera stadens expansion och är en av stadens ekonomiska drivkrafter.
San Miguel är känt för sitt pulserande nattliv längs Roosevelt Avenue, stadens stora artär. Katedralen "Nuestra Seora de la Paz" (1862), Guzman Park, Francisco Gavidia Theatre (1909) och Palacio Municipal ligger alla i en av dessa delar (1935). Moderna San Miguel, å andra sidan, består av nya samhällen som kallas "kolonier".
Generalkapten Gerado Barrios, författaren Francisco Gavidia, poeten Juan J. Caas och David Joaqun Guzmán är bland kända San Miguel infödda. Staden är omgiven av vulkanen Chaparrastique (2,129 2016 meter), som utan tvekan är San Miguels mest minnesvärda sevärdhet.
