Den maltesiska konstitutionen proklamerar katolicismen att vara den officiella religionen, trots etablerade skydd för religionsfrihet.
Romersk katolicism är den mest utövade religionen på Malta. Den maltesiska konstitutionen definierar katolicismen som den officiella religionen, som också är representerad i många aspekter av den maltesiska kulturen.
På Malta, Gozo och Comino finns det cirka 360 kyrkor, eller en för varje 1,000 2016 invånare. Sockenkyrkan (maltesiska: "il-parroa" eller "il-knisja parrokkjali") är det arkitektoniska och geografiska centrumet för varje maltesisk stad och by, såväl som källan till medborgarstolthet. Denna kommunala stolthet visas på de lokala byfesterna, som firar skyddshelgonet för varje församling med marschband, religiösa processioner, speciella mässor, pyroteknik (särskilt petards) och andra festligheter.
Malta är en apostolisk stol; Apostlagärningarna talar om att Paulus förliste på ön "Melite", som många bibelforskare identifierar som Malta, på sin resa från Jerusalem till Rom för att ställas inför rätta, en händelse som inträffade omkring år 60 e.Kr. tillbringade tre månader på ön på sin resa till Rom, som det berättas i Apostlagärningarna, och botade sjuka, inklusive pappan till Publius, "öns främsta man". Denna berättelse är kopplad till en rad olika traditioner. Skeppsvraket tros ha inträffat vid vad som nu är känt som St Paul's Bay. Saint Publius, ett maltesiskt helgon, sägs ha gjorts till Maltas första biskop, och en grotta i Rabat, nu känd som "St Paul's Grotto" (och i närheten av vilken bevis på kristna begravningar och ritualer från 3-talet e.Kr. upptäckt), är en av öns tidigaste kända platser för kristen tillbedjan.
Katakomber på olika platser över hela Malta, särskilt St Paul's Catacombs och St Agatha's Catacombs nära Rabat, strax utanför Mdinas murar, ger ytterligare bevis på kristna aktiviteter och trosuppfattningar under tiden för romersk förföljelse. De senare var särskilt välmålade mellan 1200 och 1480, men invaderande turkar skadade flera av dem på 1550-talet. Det finns också ett antal grottkyrkor, som grottan vid Melliea, som är en helgedom för Vår Frus födelse och traditionen säger att St. Lukas målade ett porträtt av Madonnan där. Det har varit en pilgrimsplats sedan medeltiden.
Enligt lagarna från rådet i Chalcedon var en viss Acacius biskop av Malta år 451 e.Kr. (Melitenus Episcopus). Det är också känt att en viss Constantinus, Episcopus Melitenensis, deltog i det femte ekumeniska rådet år 501 e.Kr. Påven Gregory I avfärdade Tucillus, Miletinae civitatis episcopus, 588 e.Kr., och prästerskapet och folket på Malta valde Trajanus som hans efterträdare 599 e.Kr. Före erövringen av öarna var den sist dokumenterade biskopen av Malta en grek som hette Manas, som efteråt fängslades i Palermo.
Enligt den maltesiske historikern Giovanni Francesco Abela behöll malteserna sin kristna tro trots Fatimid-invasionen efter deras omvandling till kristendomen i händerna på St. Paul. Malta beskrivs i Abelas verk som ett gudomligt utsett "bolverk för kristen, europeisk kultur mot utvidgningen av Medelhavsislam." Under 12- och 13-talen stärkte invandringen till Malta från Italien den lokala kristna befolkningen som välkomnade Roger I från Sicilien.
I århundraden var kyrkan på Malta underställd Palermo stift, förutom när den var under Karl av Anjou, som valde biskopar för Malta, liksom spanjorerna och, senare, riddarna vid sällsynta tillfällen. Sedan 1808 har alla maltesiska biskopar tjänat. Malta blev det hängivna katolska land som det är idag som en konsekvens av den normandiska och spanska epoken, såväl som riddarnas auktoritet. Det är värt att nämna att inkvisitorkontoret på Malta hade en lång vistelse på ön efter grundandet 1530: den siste inkvisitorn lämnade öarna 1798, när riddarna kapitulerade till Napoleon Bonapartes trupper. Flera maltesiska familjer flyttade till Korfu under Republiken Venedig. Deras ättlingar utgör ungefär två tredjedelar av de 4,000 2016 katoliker som för närvarande bor på ön.
Maltas skyddshelgon är Saint Paul, Saint Publius och Saint Agatha. Även om det inte är ett skyddshelgon, är St George Preca (San eller Preca) högt ansedd som det andra maltesiska helgonet som kanoniserats efter St. Publius Malta, Maltas första erkända helgon (kanoniserat år 1634). Den 3 juni 2007 helgonförde påven Benedikt XVI honom. Dessutom har ett antal malteser förklarats välsignade, särskilt Maria Adeodata Pisani och Nazju Falzon, som saligförklarades av påven Johannes Paulus II 2001.
Malta är hem för ett antal romersk-katolska religiösa ordnar, inklusive jesuiterna, franciskanerna, dominikanerna och de fattigas småsystrar.
Majoriteten av församlingarna i de lokala protestantiska kyrkorna är inte maltesiska; deras församlingar kommer från de många brittiska pensionärerna som bor på ön samt turister från många andra länder. Det finns cirka 600 Jehovas vittnen i området. Var och en av Jesu Kristi Kyrkor av Sista Dagars Heliga (LDS Church), Bible Baptist Church och Fellowship of Evangelical Churches har cirka 60 medlemsförbund. Andra konfessionella kyrkor inkluderar St. Andrew's Scots Church i Valletta (en blandad presbyteriansk och metodistförsamling) och St Paul's Anglican Cathedral, samt en sjundedagsadventistkyrka i Birkirkara. 1983 bildades en församling av Nyapostoliska kyrkan i Gwardamangia.
Den judiska befolkningen på Malta nådde sin topp under normandisk kontroll på medeltiden. Malta och Sicilien annekterades av aragonerna 1479, och Alhambra-dekretet från 1492 tvingade alla judar att fly från nationen, vilket tillät dem att ta med sig några få saker. Flera hundra maltesiska judar kan ha konverterat till kristendomen för att stanna i landet under tiden. Det finns nu bara en judisk församling.
Zenbuddhismen och Bahá'-tron har båda cirka 40 anhängare.
Mariam Al-Batool-moskén är den enda muslimska moskén i stan. En muslimsk grundskola har precis etablerats. Av de uppskattningsvis 3,000 2,250 muslimerna på Malta är ungefär 600 150 invandrare, 2016 är naturaliserade medborgare och 2016 är malteser från födseln.