Године 1472, португалски морепловац Фернандо По је заслужан за то што је био први Европљанин који је пронашао острво Биоко док је тражио пут до Индије. Од њега је добила име Формоза („Лепа”), али је убрзо добила име свог европског открића. Португал је 1474. освојио острва Фернандо По и Анобон.
Уговором из Ел Парда, који су 1778. године потписали португалска краљица Марија И и шпански краљ Чарлс ИИИ, дали су Шпанији Биоко, околна острва и трговачка права у заливу Бијафра између река Нигер и Огу. Као резултат тога, Шпанија је покушала да добије приступ залихама робова у власништву британских трговаца. Између 1778. и 1810. године, вицекраљевство Ро де ла Плате, са седиштем у Буенос Ајресу, било је задужено за Екваторијалну Гвинеју.
Уједињено Краљевство је одржавало базу на Биоку од 1827. до 1843. за борбу против трговине робљем, која је премештена у Сијера Леоне након споразума са Шпанијом 1843. Након обнове шпанске власти 1844. године, регион је назван „Территориос Еспаолес дел Голфо де Гвинеја.” Шпанија није успела да заузме огромну територију у заливу Биафра на коју је имала права из Уговора, док су Французи били заузети продужењем своје окупације по цену захтева Шпаније. После Париског уговора 1900. године, Шпанији је остала континентална енклава Рио Муни, тричавих 26,000 км2 од 300,000 км2 које се протеже источно до реке Убанги на коју су Шпанци првобитно полагали право. Плантаже Фернанда Поа биле су углавном у рукама црне креолске аристократије, касније познате као Фернандинос, на прелазу века. Током британске контроле над острвом почетком деветнаестог века, населили су 2,000 Сијера Леонеана и ослободили робове, а мањи ток имиграције из западне Африке и Западне Индије је опстао након што су Британци отишли. Овом језгру досељеника додани су Кубанци, Филипинци и Шпанци различитих боја депортовани због политичких или других преступа, као и неки потпомогнути насељеници.
У облику одбеглих робова и потенцијалних плантажера, било је и имиграције са суседних португалских острва. Иако су неколико Фернандина били католици и говорили су шпански, уочи Првог светског рата, отприлике девет десетина становништва су били протестанти и говорили су енглески, а пиџин енглески је био лингва франка острва. Док се регрутовање радне снаге на обали Виндварда наставило, Сијера Леонеанци су били посебно добро позиционирани као плантажери јер су тамо имали породичне и друге везе и лако су могли да организују понуду радне снаге.
Нова генерација шпанских имиграната почела је да ставља Фернандино у одбрану почетком двадесетог века. У 1904-1905, нови закони о земљишту фаворизовали су Шпанце, а већина већих плантажера је касније дошла на острва као резултат ових промена. Либеријски споразум о раду из 1914. фаворизовао је богате појединце са лаким приступом влади, а трансфер понуде радне снаге из Либерије у Рио Муни је погоршао ову предност. Године 1940. веровало се да само 20% производње какаа колоније потиче из афричке земље, а да је Фернандинос контролисао скоро све.
Највећа препрека економском расту био је стални недостатак радне снаге. Аутохтони народ Буби са Биока, потиснут у унутрашњост острва и опустошен алкохолизмом, венеричном болешћу, малим богињама и болешћу спавања, одбио је да ради на плантажама. Рад на сопственим малим плантажама какаоа пружио им је велику независност. Штавише, почевши од касних 1800-их, Буби су били заштићени од захтева плантажера од стране шпанских кларетских мисионара, који су били моћни у колонији и на крају организовали Буби у теократије мини мисија попут чувених парагвајских језуитских редукција. Две мање побуне 1898. и 1910. године, обе против регрутације принудног рада за плантаже, довеле су до тога да су Буби разоружани 1917. и остављени потпуно ослоњени на мисионаре.
Између 1926. и 1959. Биоко и Рио Муни су укључени у колонију Шпанске Гвинеје. Радна снага је углавном била имигрантска радна снага по уговору из Либерије, Нигерије и Камеруна, а привреда је била усредсређена на огромне плантаже какаа и кафе и концесије за дрво. Између 1914. и 1930. године, око 10,000 Либеријаца је послато у Фернандо По као део Уговора о раду који је окончан 1930. Након престанка увоза из Либерије, фармери какаоа Фернанда Поа преселили су се у Рио Муни. Није било случајно да су напори да се покори народ Фанг покренут 1920-их, баш када је Либерија почела да смањује регрутовање. До 1926. године колонијална гарда је успоставила гарнизоне широм енклаве, а колонија је проглашена 'пацификованом' до 1929. године.
Рио Муни је имао мало становника, процењено на око 100,000 1930-их, а прелазак границе у Камерун или Габон био је једноставан. Штавише, шумарски послови су захтевали све већи број радне снаге, а проширење производње кафе омогућило је нови начин плаћања пореза. Као резултат тога, недостатак радне снаге Фернанда Поа је и даље остао. Французи су дозволили регрутацију у Камеруну само на кратко, а Игбо прокријумчарени кануима из Калабара у Нигерији постао је примарни извор радне снаге. После Другог светског рата, то је омогућило Фернанду Поу да постане један од најплоднијих пољопривредних региона Африке.
Политички, послератна колонијална историја може се поделити у три различите фазе: до 1959. године, када је њен статус подигнут са 'колонијалног' на 'провинцијални', узимајући страницу из приступа Португалске империје; између 1960. и 1968. године, када је Мадрид покушао делимичну деколонизацију, за коју се надало да ће сачувати територију као саставни део шпанског система; и након 1968. године, када је Мадрид покушао потпуну деколонизацију, за коју се надало да ће очувати територију као интегрални део. Прва од ових фаза била је нешто више од наставка претходне политике, која је била веома слична политици Португала и Француске, посебно у подела становништва на огромну већину којом се управља као „домаћи,“ или недржављани, и малу мањину (заједно са белцима) која је признала грађански статус као еманципадос, при чему је асимилација у метрополитанску културу била једина дозвола.
Почеци национализма појавили су се током овог 'провинцијалног' периода, али само међу сићушним заједницама које су потражиле уточиште од очинске руке Цаудилла у Камеруну и Габону. Основани су Мовимиенто Национал де Либерацион де Гуинеа (МОНАЛИГЕ) и Идеа Популар де Гуинеа Ецуаториал (ИПГЕ). Њихови притисци су били благи, али не у целој Западној Африци. Региону је додељена одређена аутономија и административни напредак од стране „умерене“ организације, Мовимиенто де Унион Национал де ла Гуинеа Ецуаториал, након што је резолуција од 9. августа 1963. ратификована на референдуму 15. децембра 1963. (МУНГЕ). Ово се показало као слабо оружје, а Мадрид је подлегао струјама национализма суочен са растућим захтевима УН за реформама.