Aeroporti Khartoum (KRT) shërben si porta kryesore e aviacionit për në Sudan. Linja të shumta ajrore evropiane, të Lindjes së Mesme dhe Afrikane i shërbejnë aeroportit. British Airways (me lidhje me Londrën), EgyptAir (Kairo), Emirates (Dubai), Ethiopian Airlines (Addis Ababa), Gulf Air (Bahrain), Kenya Airlines (Nairobi), KLM (Amsterdam), Lufthansa (Frankfurt), Qatar Airways (Doha), Turkish Airlines (Doha) janë ndër qytetet me fluturime direkte për në Khartoum (Stamboll, të martën, të premten, të dielën).
Sudan Airways, transportuesi kombëtar i vendit, lidh Khartumin me një numër qytetesh afrikane dhe rajonale, si dhe me aeroportet e brendshme të Sudanit në Port Sudan, Nyala, El-Fashir, Malakal, Juba, Dongola, Wadi Halfa dhe El-Obeid.
Taksa e aeroportit është 35 SDG për nisjet ndërkombëtare nga Khartoum dhe duhet të paguhet përpara check-in. Tabela e taksave të aeroportit (tabela e vogël) është në të majtë kur hyni në ndërtesën e aeroportit. Mbërritni herët, pasi aeroporti mund të jetë mjaft i ethshëm. Përgatituni për vonesa të gjata dhe kërcime në vijë. Imigrimi dhe procedurat e tjera të sigurisë mund të kërkojnë një periudhë të gjatë kohore.
Ka një bankë ku mund të shkëmbeni para që është e hapur natën kur ka fluturime.
Si të shkoni atje/larg: Aeroporti Khartoum ndodhet afër Al-Amarat, afër qytetit. Taksitë duhet të kushtojnë nga 5 në 15 SDG, megjithatë vendasit mund të paguajnë më pak. Për më tepër, ju mund të dilni në rrugën kryesore rreth 200 metra nga terminali i aeroportit dhe të merrni një nga minibusët që lundrojnë në rrugë.
Nëpërmjet Atbara, linjat hekurudhore lidhin Khartoum me Wadi Halfa dhe Port Sudan. Trenat nisen nga stacioni kryesor hekurudhor i Khartoum, i cili ndodhet në Khartoum North (Bahri).
Souq al-Shaabi kaotik ishte dikur stacioni kryesor i autobusëve për autobusët në distanca të gjata në Khartoum, por një terminal i ri, më i rregullt është ngritur. Autobusët nisen drejt Port Sudanit, Wad Medani, Kassala dhe El-Obeid. Autobusët në distanca të gjata nisen nga Omdurman në drejtim të veriut. Përsëri, asnjë autobus nuk lidhet me Sudanin jugor.
Rruga kryesore me katran lidh Khartoum-in me Wad Medani, pastaj në lindje me Gedaref (për kufirin etiopian në Gallabat), Kassala (për kufirin aktualisht të mbyllur të Eritresë) dhe në fund me Port Sudan. Nga Khartoum, një rrugë të çon në jug në El-Obeid dhe më pas në perëndim në kufirin Çadian përmes Darfurit, i cili tani është mjaft i rrezikshëm për t'u përdorur. Rruga hyn nga veriu përmes Wadi Halfa dhe Atbara.
Nuk ka rrugë që lidhin Sudanin jugor me pjesën tjetër të vendit. Fluturimi është zgjedhja e vetme.