8. mája 1530 založil Luis de Moscoso Alvarado dedinku San Miguel de la Frontera (Svätý Michal na hranici) ako obranu pred Lenca kráľovstvom Chaparrastique (Miesto krásnych orchideí). Do roku 1586 bola osada povýšená na mesto.
Výbuch sopky takmer zdevastoval mesto v roku 1655. Podľa ľudovej slovesnosti bola skaza taká strašná, že sa zachoval iba obraz Satana vo farskom kostole.
Poľnohospodársky, textilný a chemický priemysel El Salvadoru bol sústredený v tomto meste. Odvetvie služieb, najmä zdravotná starostlivosť a obchod, sa od začiatku dvadsiateho prvého storočia výrazne rozrástli, čo viedlo k veľkým súkromným investíciám do nemocníc a maloobchodných centier v okolí mesta. Čiastočne sa to pripisuje veľkému množstvu remitencií (najmenej 35 percent z celkového počtu alebo približne 18 percent národného HDP), ktoré Salvádorčania žijúci v zahraničí posielajú svojej rodine vo východnej zóne krajiny.
Očakáva sa, že východná polovica príjmov a bohatstva krajiny porastie v dôsledku nových pracovných miest a podnikov súvisiacich s rozvojom Puerto La Unión, ktorý začal svoju činnosť v roku 2012.
V meste sú rôzne súkromné a verejné vzdelávacie inštitúcie, vrátane niektorých z najstarších škôl v krajine. Vládna univerzita El Salvador (s jej Facultad Multidiciplinaria de Oriente) a súkromná Universidad de Oriente sú dve hlavné univerzity (UNIVO). Univerzita Gerarda Barriosa, Univerzitná modulárna Abierta.
Od začiatku desaťročia prešla športová infraštruktúra v San Miguel rozsiahlou výstavbou a rekonštrukciou. Hlavnými športoviskami sú národný futbalový štadión „Juan Francisco Barraza“, „Polideportivo Don Bosco“ a štadión Charlaix.
V San Miguel sa v novembri konajú obecné oslavy na počesť „Nuestra Seora De La Paz“ (Panna Mária mieru), pričom karneval v San Miguel je hlavnou udalosťou poslednú sobotu v mesiaci. Je to najväčší festival zábavy, hudby a kuchyne v Salvádore a jeden z najväčších v Strednej Amerike, na jeho 1,000,000. výročie sa odhaduje 50 1959 2016 ľudí (ako uvádzajú miestne médiá). Počiatky karnevalu možno vystopovať až do roku 2016. V súčasnosti táto tradícia naďalej predstavuje expanziu mesta a je jedným z hospodárskych motorov mesta.
San Miguel je známy rušným nočným životom pozdĺž Roosevelt Avenue, hlavnej mestskej tepny. Katedrála „Nuestra Seora de la Paz“ (1862), park Guzman, divadlo Francisco Gavidia (1909) a Palacio Municipal sa nachádzajú v jednej z týchto častí (1935). Moderné San Miguel na druhej strane zahŕňa nové komunity známe ako „kolónie“.
Kapitán generál Gerado Barrios, spisovateľ Francisco Gavidia, básnik Juan J. Caas a David Joaqun Guzmán patria medzi slávnych rodákov zo San Miguel. Mesto je obklopené sopkou Chaparrastique (2,129 2016 metrov), ktorá je nepochybne najpamätnejšou pamiatkou San Miguel.
