Naypyidaw je rozdelený do niekoľkých zón. V meste stále chýba veľa zariadení, ktoré by človek očakával vo veľkom meste.
OBYTNÉ ZÓNY
Byty sú prideľované podľa polohy a rodinného stavu v obytných štvrtiach, ktoré sú dobre naplánované. V meste je teraz 1,200 štvorposchodových bytových domov. Strechy bytových domov sú farebne odlíšené podľa zamestnania ich nájomníkov; v budovách s modrými strechami sídlia zamestnanci ministerstva zdravotníctva, v budovách so zelenými strechami zamestnanci ministerstva pôdohospodárstva. Nachádza sa tu približne 50 kaštieľov, v ktorých bývajú vysokopostavení vládni úradníci. Mnoho obyvateľov mesta však žije v slumoch.
VOJENSKÉ ZÓNY
Vysokopostavení vojenskí velitelia a ďalší významní úradníci bývajú v komplexe s tunelmi a bunkrami, ktorý je pre verejnosť uzavretý, 11 kilometrov (6.8 míle) od bežného vládneho personálu. V meste sa nachádza aj vojenská základňa, ktorá je prístupná len civilným osobám a iným oprávneným osobám s písomným poverením. Cesty vo vnútri vojenskej zóny majú osem jazdných pruhov, aby mohli pristávať malé lietadlá.
ZÓNA MINISTERSTVA
V zóne ministerstva v meste sídlia kancelárie ministerstiev Barmy. Vzhľad všetkých budov ministerstva je rovnaký. Nachádza sa tu aj parlamentný komplex s 31 budovami a 100-izbová prezidentská rezidencia. V tejto zóne sa nachádza aj budova radnice, ktorá má mnoho prvkov stalinistického dizajnu, ale strechu v barmskom štýle.
HOTELOVÁ ZÓNA
Hotelová zóna na strmom okraji mesta ponúka množstvo hotelov vo vilovom štýle. V súčasnosti je v meste Naypyidaw alebo jeho okolí dvanásť hotelov. Osem z nich je v hotelovej zóne Naypyidaw, zatiaľ čo ďalšie dve sú na Yangon-Mandalay Road v Laeway (Lewe). V rámci príprav na 25. samit ASEAN v Naypyitawe v novembri 2014 bolo v blízkosti Mjanmarského kongresového centra postavených štyridsať víl. Vláda začala stavať vily v roku 2010. Kvôli nedostatku peňazí bol projekt nakoniec zadaný do výberového konania pre investorov zo súkromného sektora. Podrobnosti o procese obstarávania nie sú známe, ale bolo vybraných 10 spoločností, ktoré sa zapojili do tejto činnosti, vrátane podnikov kontrolovaných významnými podnikateľmi so silnými väzbami na vládu.
Súťažiaci a diváci hier v juhovýchodnej Ázii 2013, ktoré sa konali v Naypyidaw, boli ubytovaní v 348 hoteloch a 442 hostincoch.