Constituția malteză proclamă catolicismul ca fiind religia oficială, în ciuda protecțiilor stabilite pentru libertatea religioasă.
Romano-catolicismul este cea mai practicată religie în Malta. Constituția malteză definește catolicismul ca fiind religia oficială, care este reprezentată și în multe aspecte ale culturii malteze.
În Malta, Gozo și Comino, există aproximativ 360 de biserici, sau una la fiecare 1,000 de locuitori. Biserica parohială (malteză: „il-parroa” sau „il-knisja parrokkjali”) este centrul arhitectural și geografic al fiecărui oraș și cătun maltez, precum și sursa mândriei civice. Această mândrie municipală este expusă la sărbătorile locale din sat, care sărbătoresc sfântul patron al fiecărei parohii cu fanfare, procesiuni religioase, liturghii speciale, pirotehnice (în special petarde) și alte festivități.
Malta este Scaun Apostolic; Faptele Apostolilor vorbește despre Sf. Pavel naufragiat pe insula „Melite”, pe care mulți bibliști o identifică drept Malta, în călătoria sa de la Ierusalim la Roma pentru a fi judecat, un eveniment care a avut loc în jurul anului 60 d.Hr. a petrecut trei luni pe insulă în călătoria sa la Roma, așa cum este relatat în Faptele Apostolilor, vindecând pe cei bolnavi, inclusiv pe tatăl lui Publius, „omul principal al insulei”. Această poveste este legată de o serie de tradiții diferite. Se crede că naufragiul a avut loc în ceea ce este acum cunoscut sub numele de Golful St Paul. Sfântul Publius, un sfânt maltez, se spune că a fost făcut primul episcop al Maltei și o grotă din Rabat, cunoscută acum sub numele de „Grota Sf. Paul” (și în apropierea căreia au fost dovezi ale înmormântărilor și ritualurilor creștine din secolul al III-lea d.Hr.). descoperit), este unul dintre cele mai vechi lăcașuri de cult creștin cunoscute de pe insulă.
Catacombele aflate în diferite locații din Malta, în special Catacombele Sf. Paul și Catacombele Sf. Agata de lângă Rabat, chiar dincolo de zidurile Mdinei, oferă dovezi suplimentare ale activităților și credințelor creștine din timpul persecuției romane. Acestea din urmă au fost deosebit de bine pictate între 1200 și 1480, dar invadatorii turci i-au deteriorat pe mulți dintre ei în anii 1550. Există, de asemenea, o serie de biserici rupestre, cum ar fi grota de la Melliea, care este un Altar al Nașterii Maicii Domnului și tradiția spune că Sfântul Luca a pictat acolo un portret al Madonei. A fost loc de pelerinaj încă din Evul Mediu.
Conform Actelor Conciliului de la Calcedon, un anume Acacius a fost episcop al Maltei în anul 451 d.Hr. (Melitenus Episcopus). De asemenea, se știe că un anume Constantin, Episcopus Melitenensis, a participat la Sinodul al V-lea Ecumenic în anul 501 d.Hr. Papa Grigore I l-a demis pe Tucillus, Miletinae civitatis episcopus, în 588 d.Hr., iar clerul și poporul Maltei l-au ales pe Traian ca succesor al său în 599 d.Hr. Înainte de cucerirea insulelor, ultimul episcop al Maltei documentat a fost un grec numit Manas, care a fost ulterior închis la Palermo.
Potrivit istoricului maltez Giovanni Francesco Abela, maltezii și-au menținut credința creștină în ciuda invaziei fatimide după convertirea lor la creștinism de către Sfântul Pavel. Malta este descrisă în lucrările lui Abela ca fiind un „balanț al culturii creștine europene împotriva expansiunii islamului mediteranean.” În secolele al XII-lea și al XIII-lea, imigrația în Malta din Italia a întărit populația creștină locală care l-a întâmpinat pe Roger I al Sicilia.
Timp de secole, Biserica din Malta a fost supusă Episcopiei de Palermo, cu excepția cazului în care a fost sub Charles de Anjou, care a ales episcopi pentru Malta, la fel ca spaniolii și, ulterior, cavalerii în rare ocazii. Din 1808, toți episcopii maltezi au slujit. Malta a devenit țara catolică devotată care este astăzi ca o consecință a erelor normande și spaniole, precum și a autorității cavalerilor. Merită menționat că Biroul Inchizitorului din Malta a avut o ședere îndelungată pe insulă după înființarea sa în 1530: ultimul inchizitor a părăsit Insulele în 1798, când cavalerii s-au predat trupelor lui Napoleon Bonaparte. Mai multe familii malteze s-au mutat la Corfu sub Republica Veneția. Descendenții lor reprezintă aproximativ două treimi din cei 4,000 de catolici care locuiesc în prezent pe insulă.
Sfinții patroni ai Maltei sunt Sfântul Pavel, Sfântul Publius și Sfânta Agata. Deși nu este un sfânt patron, Sfântul Gheorghe Preca (San sau Preca) este foarte apreciat ca fiind al doilea sfânt maltez care a fost canonizat după Sfântul Publius Malta, primul sfânt recunoscut al Maltei (canonizat în anul 1634). La 3 iunie 2007, Papa Benedict al XVI-lea l-a canonizat. În plus, un număr de maltezi au fost declarați Fericiți, în special Maria Adeodata Pisani și Nazju Falzon, care au fost beatificați de Papa Ioan Paul al II-lea în 2001.
Malta găzduiește o serie de ordine religioase romano-catolice, inclusiv iezuiții, franciscanii, dominicanii și surorile săracilor.
Majoritatea congregațiilor bisericilor protestante locale nu sunt malteze; congregațiile lor sunt extrase din numeroși pensionari britanici care locuiesc pe insulă, precum și turiști din multe alte țări. Există aproximativ 600 de Martori ai lui Iehova în zonă. Fiecare dintre Bisericile lui Isus Hristos a Sfinților din Zilele din Urmă (Biserica LDS), Biserica Baptista Biblică și Frăția Bisericilor Evanghelice au aproximativ 60 de afiliați. Alte biserici confesionale includ Biserica Scoțiană Sf. Andrei din Valletta (o congregație mixtă prezbiteriană și metodistă) și Catedrala Anglicană Sf. Paul, precum și o biserică adventistă de ziua a șaptea din Birkirkara. În 1983, în Gwardamangia a fost înființată o congregație a Bisericii Nou-Apostolice.
Populația evreiască din Malta a atins apogeul sub controlul normand în Evul Mediu. Malta și Sicilia au fost anexate de aragonezi în 1479, iar Decretul Alhambra din 1492 ia obligat pe toți evreii să fugă din națiune, permițându-le să ia doar câteva lucruri cu ei. Câteva sute de evrei maltezi s-ar fi convertit la creștinism pentru a rămâne în națiune în timpul timpului. Acum există doar o singură congregație evreiască.
Budismul Zen și Credința Bahá au ambele aproximativ 40 de adepți.
Moscheea Mariam Al-Batool este singura moschee musulmană din oraș. Tocmai a fost înființată o școală primară musulmană. Din cei 3,000 de musulmani estimați din Malta, aproximativ 2,250 sunt imigranți, 600 sunt cetățeni naturalizați și 150 sunt maltezi prin naștere.