Economia Mostarului se bazează în principal pe industria aluminiului și a metalelor, pe sectorul bancar și pe telecomunicații. Unele dintre firmele de top ale țării își au sediul în oraș.
Mostar, împreună cu Saraievo, este principalul centru financiar din Bosnia și Herțegovina, cu sediul central a două dintre cele trei cele mai mari bănci ale țării. Bosnia și Herțegovina are trei companii naționale de servicii electrice, poștale și de telecomunicații, cu una din fiecare în Mostar (corporația de servicii electrice „Elektroprivreda HZHB”, compania de servicii poștale Hrvatska Pota Mostar și HT Mostar, a treia cea mai mare firmă de telecomunicații din țară). Aceste trei întreprinderi (împreună cu băncile și o turnătorie de aluminiu) reprezintă o parte semnificativă din activitatea economică totală a orașului. În ultimii câțiva ani, sectorul privat a cunoscut o expansiune semnificativă a întreprinderilor mici și mijlocii, ceea ce a contribuit la mediul de afaceri favorabil.
Având în vedere prezența a trei baraje pe zona orașului Mostar, orașul are o bază solidă pentru viitoarea expansiune industrială. Există, de asemenea, o inițiativă în curs de desfășurare pentru utilizarea potențială a energiei eoliene și construcția de mori de vânt.
Mostar depindea de alte întreprinderi importante care fuseseră închise, distruse sau micșorate înainte de războiul bosniac din 1992-1995. Printre acestea s-au numărat SOKO (fabrica de avioane militare), Fabrika duhana Mostar (afacere cu tutun) și Hepok (industria alimentară). PIB-ul pe cap de locuitor al Mostarului în 1981 era de 103% din media iugoslavă.
Aluminij este singura întreprindere din fosta Iugoslavie care este încă în funcțiune. Aluminij este una dintre cele mai puternice firme din țară, cu o serie de parteneri străini. Producția anuală a companiei crește rapid și colaborează cu firme importante din întreaga lume, cum ar fi Daimler Chrysler și Fiat. Aluminij este una dintre cele mai puternice afaceri din oraș, regiune și națiune. În ceea ce privește capacitatea industrială actuală, produce peste 150 de milioane de euro în exporturi anuale. Partenerii Aluminij includ corporații mondiale bine-cunoscute, dintre care cele mai importante sunt: Venture Coke Company LLC (Venco-Conoco joint Venture) din Statele Unite, Glencore International AG din Elveția, Debis International trading GmbH, Daimler-Chrysler și VAW Aluminium Technologie GmbH din Germania, Hydro ASA din Norvegia, Fiat din Italia și TLM-ibenik din Croația. Aluminij generează 40 de milioane de euro în venituri numai pentru districtul Mostar în fiecare an.
Mostar găzduiește și Târgul Economic Internațional bienal Mostar („Meunarodni sajam gospodarstva Mostar”), care a început în 1997. Târgul este împărțit în mai multe secțiuni: „Târgul de economie”, „Târgul de vin”, „Târgul de carte” și „Ziua Mâncării”.