Alvaro Caminha a înființat São Tomé în 1493. Portughezii au sosit la So Tomé în căutarea pământului de trestie de zahăr. Înainte de apariția portughezilor în 1470, insula era nelocuită. Deci Tomé era aproape de ecuator și era suficient de umed pentru ca trestia de zahăr să crească sălbatic.
Apropierea sa de Regatul African Kongo a oferit o sursă de muncă sclavă pentru plantațiile de zahăr în viitor.
Orașul Sao Tomé este construit în jurul unei catedrale din secolul al XVI-lea. Fortul So Sebastio, care a fost finalizat în 1575 și acum este Muzeul Național So Tomé, este o altă structură timpurie.
Orașul și insulele au fost capturate de olandezi timp de două zile în 1599, apoi din nou timp de un an în 1641. A fost capitala coloniei portugheze Sao Tomé și Principe și, din 1975, capitala țării independente Sao. Tomé și Principe.
Clima din Sao Tomé este tropical umedă și uscată, cu un sezon ploios lung și un sezon scurt uscat.
Sezonul ploios durează din octombrie până în mai, în timp ce sezonul uscat durează următoarele patru luni.
Temperaturile orașului sunt destul de consistente, cu maxime medii de 30 de grade Celsius (86 de grade Fahrenheit) și minime medii de 22 de grade Celsius (72 de grade Fahrenheit).
Situat în Golful Ana Chaves, în nord-estul insulei S. Tomé, S. Tomé este un port important, iar Ilhéu das Cabras este situat în larg. Deci, Tomé se află la nord-vest de Santana, la nord-est de Trindade și la sud-est de Guadalupe. Este legat de aceste așezări printr-o serie de drumuri, dintre care cel mai important este autostrada care înconjoară întreaga insulă So Tomé. O barcă săptămânală o face legătura cu Capul Verde.
