Următorii 30 de ani au fost marcați de revolte politice. Într-o lovitură de stat armată din 3 august 1975, președintele Ahmed Abdallah a fost demis și înlocuit de membrul Frontului Național Unit al Comorelor (FNUK), prințul Said Mohamed Jaffar. În ianuarie 1976, Jaffar a fost destituit în favoarea lui Ali Soilih, ministrul său al Apărării.
În două referendumuri organizate la acea vreme, oamenii din Mayotte au decis împotriva independenței față de Franța. Primul, la 22 decembrie 1974, a primit 63.8 la sută sprijin pentru menținerea relațiilor cu Franța, iar al doilea, în februarie 1976, a primit 99.4 la sută uluitor. Președintele Soilih, care a guvernat cele trei insule supraviețuitoare, a implementat o varietate de măsuri socialiste și izolaționiste care au tensionat legăturile cu Franța. Bob Denard s-a întors pe 13 mai 1978, cu sprijinul guvernelor francez, rhodesian și sud-african, pentru a-l detrona pe președintele Soilih și a-l restabili pe Abdallah. În timpul scurtei domnii a lui Soilih, el a fost supus încă șapte încercări de lovitură de stat înainte de a fi depus și ucis.
Președinția lui Abdallah, spre deosebire de cea a lui Soilih, a fost caracterizată de un control autoritar și de un devotament mai mare față de islamul tradițional, iar națiunea a fost redenumită Republica Federală Islamică a Comorelor (République Fédérale Islamique des Comores; ). De teamă de o lovitură de stat, Abdallah a rămas președinte până în 1989, când a emis o proclamație prin care a ordonat Gărzii Prezidențiale, comandată de Bob Denard, să dezarmeze forțele armate. Abdallah a fost împușcat mort în biroul său de un ofițer militar furios la scurt timp după semnarea decretului, dar rapoartele ulterioare spun că o rachetă antitanc a fost trasă în dormitorul său și l-a ucis. În ciuda faptului că Denard a fost rănit, se crede că ucigașul lui Abdallah era un soldat sub comanda sa.
Bob Denard a fost transportat cu avionul în Africa de Sud de către parașutiști francezi câteva zile mai târziu. Președintele a fost ulterior Said Mohamed Djohar, fratele vitreg mai mare al lui Soilih, care a condus până în septembrie 1995, când Bob Denard s-a întors și a încercat o altă lovitură de stat. Denard a fost forțat să se predea când Franța a intervenit cu parașutiști. Djohar a fost deportat la Reunion de francezi, iar Mohamed Taki Abdoulkarim, care a fost sprijinit de Paris, a fost ales președinte. El a fost liderul țării din 1996 până la moartea sa în noiembrie 1998, într-o perioadă marcată de tulburări muncitorești, represiuni guvernamentale și războaie separatiste. Președintele interimar Tadjidine Ben Said Massounde a preluat funcția de succesor al său.
În efortul de a revendica suveranitatea Franței, insulele Anjouan și Mohéli și-au proclamat independența față de Comore în 1997. Cu toate acestea, Franța s-a întors împotriva cererii lor, ducând la ciocniri violente între forțele federale și insurgenți. Colonelul Azali Assoumani, șeful Statului Major al Armatei, l-a răsturnat pe președintele interimar Massounde într-o lovitură de stat fără sânge în aprilie 1999, pretinzând o conducere slabă în fața crizei. De la obținerea independenței în 1975, Comorele au văzut 18 lovituri de stat sau tentative de lovitură de stat.
Eșecul lui Azali de a consolida autoritatea și de a restabili controlul asupra insulelor a atras condamnarea la nivel mondial. Uniunea Africană, condusă de președintele sud-african Thabo Mbeki, a aplicat sancțiuni Anjouan pentru a ajuta procesul de mediere și reconciliere. Denumirea oficială a țării a fost schimbată în Uniunea Comorelor și a fost instituit un nou sistem de autonomie politică pentru fiecare insulă, precum și o administrație unională pentru cele trei insule.
Azali a plecat deoparte în 2002 pentru a concura pentru președintele Comorelor la alegeri democratice, pe care le-a câștigat. Fiind un dictator militar care a ajuns pentru prima dată la putere prin forță și nu a fost întotdeauna democratic în timpul guvernării, Azali a condus Comorele prin revizuiri constituționale care au permis noi alegeri, în ciuda criticilor internaționale continue. O legislație Loi des compétences, care specifică atribuțiile fiecărei entități guvernamentale, a fost adoptată la începutul anului 2005 și este în prezent în curs de implementare. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, un cleric musulman sunit supranumit „Ayatollah” pentru anii pe care a studiat islamul în Iran, a câștigat alegerile din 2006. Azali a acceptat rezultatele alegerilor, permițând primul transfer pașnic și democratic de putere al arhipelagului.
Colonelul Mohammed Bacar, un fost jandarm educat în Franța, a preluat controlul la Anjouan în 2001. În iunie 2007, a organizat un referendum pentru a-și afirma conducerea, pe care guvernul federal al Comorelor și Uniunea Africană l-au condamnat ca fiind neconstituțional. Sute de trupe din Uniunea Africană și Comore au invadat Anjouanul sub controlul rebelilor pe 25 martie 2008, spre bucuria populației locale: sute, dacă nu mii, de oameni au fost torturați sub domnia lui Bacar. Unii rebeli au fost uciși sau răniți, dar nu sunt disponibile cifre oficiale. Cel puțin 11 persoane au fost rănite în atac. O serie de oficiali au fost închiși. Bacar a evadat la Mayotte, o enclavă franceză din Oceanul Indian, cu o barcă cu motor pentru a căuta refugiu. În Comore, au izbucnit demonstrații antifranceze.
Peste 20 de lovituri de stat sau tentative de lovituri de stat au avut loc în Comore de la independența față de Franța.
La 26 mai 2011, fostul vicepreședinte Ikililou Dhoinine a depus jurământul ca președinte după alegerile de la sfârșitul anului 2010. Dhoinine, membru al partidului de guvernare, a fost susținut în alegeri de președintele Ahmed Abdallah Mohamed Sambi. Dhoinine, farmacist de profesie, este primul președinte al Comorelor, originar din insula Mohéli.
