Naypyidaw er delt inn i flere soner. Byen mangler fortsatt mange av fasilitetene som man kan forvente i en stor by.
BOLIGSONER
Leiligheter tildeles etter stilling og sivilstand i boligdistriktene som er godt planlagt. Det er nå 1,200 fire-etasjers leilighetsbygg i byen. Hustakenes hustak er fargekodet i henhold til jobbene til leietakerne deres; bygninger med blått tak huser ansatte i helsedepartementet, mens de med grønne tak huser ansatte i Landbruksdepartementet. Det er omtrent 50 herskapshus der høytstående myndighetspersoner bor. Imidlertid bor mange av byens folk i slumområder.
MILITÆRE SONER
Høytstående militære befal og andre viktige tjenestemenn bor i et kompleks med tunneler og bunkere som er stengt for publikum, 11 kilometer unna normalt offentlig personell. En militærbase er også lokalisert i byen, som kun er tilgjengelig for sivile og andre autoriserte personer med skriftlig autorisasjon. Veiene innenfor militærsonen har åtte kjørefelt for å tillate småfly å lande.
DEPARTEMENTSONE
Departementssonen i byen huser kontorene til Burmas regjeringsdepartementer. Utseendet på alle departementsbygningene er likt. Et parlamentarisk kompleks med 31 bygninger og en presidentbolig med 100 rom ligger også der. Rådhusbygningen, som har mange trekk ved stalinistisk design, men et tak i burmesisk stil, ligger også i denne sonen.
HOTELLSONE
I byens bratte utkanter har Hotel-sonen en rekke hoteller i villastil. For tiden er det tolv hoteller i eller rundt Naypyidaw. Åtte av dem er i Naypyidaw Hotel Zone, mens de to andre er på Yangon-Mandalay Road i Laeway (Lewe). Som forberedelse til det 25. ASEAN-toppmøtet i Naypyitaw i november 2014, ble det bygget førti villaer nær Myanmar Convention Centre. Regjeringen startet byggingen av villaene i 2010. På grunn av mangel på penger, ble prosjektet til slutt lagt ut til bud for private investorer å fullføre. Detaljene i anskaffelsesprosessen er ukjente, men 10 selskaper ble valgt ut til å delta i aktiviteten, inkludert virksomheter kontrollert av betydelige forretningspersoner med sterke bånd til myndighetene.
Konkurrentene og tilskuerne til de sørøstasiatiske lekene i 2013, som ble holdt i Naypyidaw, ble plassert på 348 hoteller og 442 vertshus.