Tegen het einde van de jaren 1880 had Frankrijk het gezag verworven over de kustgebieden van Ivoorkust, en Groot-Brittannië erkende de Franse soevereiniteit in het gebied in 1889. Treich-Laplène werd in hetzelfde jaar door Frankrijk benoemd tot titulair gouverneur van de provincie. Ivoorkust werd in 1893 een Franse kolonie en kapitein Binger werd tot gouverneur benoemd. De oostelijke en westelijke grenzen van de kolonie werden vastgesteld door overeenkomsten met Liberia in 1892 en Groot-Brittannië in 1893, maar de noordelijke grens van de kolonie werd pas in 1947 vastgesteld vanwege de inspanningen van de Franse regering om delen van Opper-Volta (het huidige Burkina Faso) en Frans Soedan te annexeren (het huidige Mali) naar Ivoorkust om economische en administratieve redenen.
Het primaire doel van Frankrijk was om de export te vergroten. Langs de kust werden snel plantages van koffie, cacao en palmolie aangelegd. Ivoorkust was het enige West-Afrikaanse land met een omvangrijke kolonistenbevolking; elders in West- en Centraal-Afrika waren de Fransen en Britten meestal bureaucraten. Als gevolg daarvan hadden de Fransen een derde van de cacao-, koffie- en bananenplantages in handen en werd er een dwangarbeidssysteem ingevoerd.
Franse militaire contingenten werden tijdens de eerste jaren van het Franse bestuur ingezet om nieuwe stations te bouwen. Een deel van de inheemse bevolking verzette zich tegen de Franse invasie en kolonisatie. Samori Ture, die in de jaren 1880 en 1890 het Wassoulou-rijk stichtte, dat grote delen van het huidige Guinee, Mali, Burkina Faso en Ivoorkust omvatte, was een van de meest standvastige tegenstanders. Het enorme, goed uitgeruste leger van Samori Ture, dat zijn eigen wapens kon vervaardigen en onderhouden, kreeg brede steun in het hele gebied. De Fransen oefenden militaire druk uit als reactie op de uitbreiding van het provinciaal gezag door Samori Ture. Halverwege de jaren 1890 namen de Franse operaties tegen Samori Ture toe, met sterke tegenstand, totdat hij in 1898 werd gearresteerd.
In 1900 legde Frankrijk een hoofdbelasting op om een programma voor openbare werken in de provincie te financieren, wat leidde tot een reeks opstanden. Omdat ze geloofden dat Frankrijk het equivalent van een coutume van de plaatselijke vorsten zocht, in plaats van andersom, zagen veel Ivoriërs de heffing als een schending van de protectoraatverdragen. Veel mensen, vooral in het achterland, zagen de vergoeding als een vernederend teken van overgave. In 1905 werd de slavernij formeel afgeschaft in een groot deel van Frans West-Afrika.
Ivoorkust was van 1904 tot 1958 lid van de Federatie van Frans West-Afrika. Tijdens de Derde Republiek was het zowel een kolonie als een overzees gebiedsdeel. Frankrijk rekruteerde bataljons uit Ivoorkust om tijdens de Eerste Wereldoorlog in Frankrijk te vechten, en de hulpbronnen van de kolonies werden gerantsoeneerd van 1917 tot 1919. Ivoorkust verloor 150,000 soldaten tijdens de Eerste Wereldoorlog. Overheidsactiviteiten in Frans West-Afrika werden tot de jaren daarna vanuit Parijs afgehandeld Tweede Wereldoorlog. Het Franse beleid in West-Afrika kwam voornamelijk tot uiting in zijn 'associatie'-ideologie, die stelde dat alle Afrikanen in Ivoorkust wettelijk Franse 'onderdanen' waren, maar geen recht hadden op vertegenwoordiging in Afrika of Frankrijk.
Assimilatie en aansluiting waren belangrijke ideeën in de Franse koloniale strategie. Assimilatie werd gedefinieerd als de verspreiding van de Franse taal, instellingen, wetten en tradities naar de koloniën, gebaseerd op de overtuiging dat de Franse cultuur superieur was aan alle andere. Het beleid van associatie handhaafde de Franse suprematie in de koloniën en creëerde tegelijkertijd afzonderlijke instellingen en rechtssystemen voor de kolonisator en de gekoloniseerden. Deze aanpak stelde Afrikanen in Ivoorkust in staat hun tradities te behouden zolang ze in overeenstemming waren met de Franse belangen.
Tussen de Fransen en de Afrikanen richtte een inheemse elite, opgeleid in Franse administratieve methoden, een tussengroep op. In Ivoorkust vond assimilatie plaats tot het punt dat een beperkt aantal verwesterde Ivoriërs na 1930 de kans kreeg om het Franse staatsburgerschap te verkrijgen. De meerderheid van de Ivoriërs daarentegen werden geclassificeerd als Franse onderdanen en bestuurd volgens het concept van vereniging. Ze hadden geen politieke rechten als Franse onderdanen. Als onderdeel van hun belastingverplichtingen werden ze opgeroepen om te werken in mijnen, plantages, als dragers en voor openbare projecten. Ze moesten in het leger dienen en werden bestuurd door de indigénat, een apart rechtssysteem.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog hield de Vichy-regering de macht tot 1942, toen Britse troepen het land binnenvielen met weinig tegenstand. Leden van het tijdelijke bestuur van generaal Charles de Gaulle kregen het gezag van Winston Churchill. De geallieerden hadden in 1943 Frans West-Afrika aan de Fransen overgedragen. In 1946, de Conferentie van Brazzaville van 1944, de eerste grondwetgevende vergadering van de Vierde Republiek in 1946, en de waardering van Frankrijk voor het Afrikaanse patriottisme tijdens de Tweede Wereldoorlog resulteerden in uitgebreide institutionele veranderingen. Alle Afrikaanse 'onderdanen' kregen het Franse staatsburgerschap, de mogelijkheid om zich bij politieke organisaties aan te sluiten werd erkend en verschillende soorten dwangarbeid werden verboden.
Tot 1958 werd de kolonie Ivoorkust bestuurd door in Parijs gekozen gouverneurs, die een direct, gecentraliseerd bestuurssysteem gebruikten dat weinig gelegenheid bood voor Ivoriaanse betrokkenheid bij de beleidsvorming. Terwijl de Britse koloniale regering in het buitenland verdeel-en-heers-tactieken gebruikte en assimilatieprincipes uitsluitend toepaste op de opgeleide elite, waren de Fransen meer bezorgd om ervoor te zorgen dat de kleine maar machtige elite gelukkig genoeg was met de status-quo om anti-Franse gevoelens te vermijden. Ondanks hun verzet tegen associatie waren opgeleide Ivoriërs van mening dat integratie, in plaats van totale onafhankelijkheid van Frankrijk, hen gelijkheid zou bieden met hun Franse tegenhangers. Toen de assimilatietheorie echter volledig werd geïmplementeerd via naoorlogse hervormingen, erkenden de Ivoriërs dat zelfs integratie de Franse suprematie over de Ivoriërs betekende, en dat discriminatie en politieke ongelijkheid pas zouden stoppen bij onafhankelijkheid.