Alvaro Caminha fondò São Tomé nel 1493. I portoghesi arrivarono a So Tomé alla ricerca della terra della canna da zucchero. Prima dell'avvento dei portoghesi nel 1470, l'isola era disabitata. Quindi Tomé era vicino all'equatore ed era abbastanza umido perché la canna da zucchero diventasse selvaggia.
La sua vicinanza al Regno africano del Kongo ha offerto una fornitura di lavoro schiavo per le piantagioni di zucchero in futuro.
La città di Sao Tomé è costruita intorno a una cattedrale del XVI secolo. Il Forte So Sebastio, completato nel 1575 e oggi Museo Nazionale So Tomé, è un'altra delle prime strutture.
La città e le isole furono conquistate dagli olandesi per due giorni nel 1599, poi di nuovo per un anno nel 1641. Fu capitale della colonia portoghese di Sao Tomé e Principe e dal 1975 capitale del paese indipendente di Sao Tomè e Principe.
Il clima di Sao Tomé è tropicale umido e secco, con una lunga stagione delle piogge e una breve stagione secca.
La stagione delle piogge dura da ottobre a maggio, mentre la stagione secca dura per i prossimi quattro mesi.
Le temperature della città sono abbastanza costanti, con massime medie di 30 gradi Celsius (86 gradi Fahrenheit) e minime medie di 22 gradi Celsius (72 gradi Fahrenheit).
Situato nella baia di Ana Chaves, nel nord-est dell'isola di S. Tomé, S. Tomé è un porto importante e Ilhéu das Cabras si trova adiacente al largo. Quindi Tomé si trova a nord-ovest di Santana, a nord-est di Trindade ea sud-est di Guadalupe. È collegato a questi insediamenti da una serie di strade, la più importante delle quali è l'autostrada che circonda l'intera isola di So Tomé. Un battello settimanale lo collega a Capo Verde.
