I successivi 30 anni furono segnati da sconvolgimenti politici. Con un colpo di stato armato il 3 agosto 1975, il presidente Ahmed Abdallah fu deposto e sostituito dal principe Said Mohamed Jaffar, membro del Fronte nazionale unito delle Comore (FNUK). Nel gennaio 1976 Jaffar fu deposto a favore di Ali Soilih, il suo ministro della Difesa.
In due referendum tenuti all'epoca, il popolo di Mayotte decise contro l'indipendenza dalla Francia. Il primo, il 22 dicembre 1974, ricevette il 63.8% di sostegno per mantenere le relazioni con la Francia, e il secondo, nel febbraio 1976, ricevette uno sbalorditivo 99.4%. Il presidente Soilih, che governava le tre isole sopravvissute, attuò una serie di misure socialiste e isolazioniste che misero a dura prova i legami con la Francia. Bob Denard tornò il 13 maggio 1978, con l'appoggio dei governi francese, rhodesiano e sudafricano, per deporre il presidente Soilih e restaurare Abdallah. Durante il breve regno di Soilih, fu sottoposto ad altri sette tentativi di colpo di stato prima di essere deposto e assassinato.
La presidenza di Abdallah, in contrasto con quella di Soilih, fu caratterizzata da un controllo autoritario e da una maggiore devozione all'Islam tradizionale, e la nazione fu ribattezzata Repubblica Federale Islamica delle Comore (République Fédérale Islamique des Comores; ). Temendo un colpo di stato, Abdallah rimase presidente fino al 1989, quando emanò un proclama in cui ordinava alla Guardia presidenziale, comandata da Bob Denard, di disarmare le forze armate. Secondo quanto riferito, Abdallah è stato ucciso a colpi di arma da fuoco nel suo ufficio da un ufficiale militare arrabbiato poco dopo la firma del decreto, ma rapporti successivi affermano che un missile anticarro è stato sparato nella sua camera da letto e lo ha ucciso. Nonostante il fatto che Denard sia stato ferito, si ritiene che l'assassino di Abdallah fosse un soldato sotto il suo comando.
Bob Denard è stato trasportato in aereo in Sud Africa dai paracadutisti francesi pochi giorni dopo. Il presidente fu successivamente Said Mohamed Djohar, il fratellastro maggiore di Soilih, che regnò fino al settembre 1995, quando Bob Denard tornò e tentò un altro colpo di stato. Denard è stato costretto ad arrendersi quando la Francia è intervenuta con i paracadutisti. Djohar fu deportato alla Riunione dai francesi e Mohamed Taki Abdoulkarim, che era sostenuto da Parigi, fu eletto presidente. È stato il leader del paese dal 1996 fino alla sua morte nel novembre 1998, durante un periodo caratterizzato da disordini sindacali, repressione del governo e guerre separatiste. Il presidente ad interim Tadjidine Ben Said Massounde è subentrato come suo successore.
Nel tentativo di rivendicare la sovranità francese, le isole di Anjouan e Mohéli hanno proclamato l'indipendenza dalle Comore nel 1997. Tuttavia, la Francia si è rivolta contro la loro richiesta, provocando violenti scontri tra le forze federali e gli insorti. Il colonnello Azali Assoumani, capo di stato maggiore dell'esercito, ha rovesciato il presidente ad interim Massounde con un colpo di stato incruento nell'aprile 1999, sostenendo una scarsa leadership di fronte alla crisi. Dall'indipendenza nel 1975, le Comore hanno visto 18 colpi di stato o tentativi di colpo di stato.
L'incapacità di Azali di consolidare l'autorità e ripristinare il controllo sulle isole ha suscitato la condanna mondiale. L'Unione africana, guidata dal presidente sudafricano Thabo Mbeki, ha sanzionato Anjouan per aiutare nel processo di mediazione e riconciliazione. Il nome formale del paese fu cambiato in Unione delle Comore e fu istituito un nuovo sistema di autonomia politica per ciascuna isola, nonché un'amministrazione sindacale per le tre isole.
Azali si è fatto da parte nel 2002 per competere per la presidenza delle Comore in un'elezione democratica, che ha vinto. In qualità di dittatore militare che era salito al potere per la prima volta con la forza e non era sempre democratico mentre era al governo, Azali guidò le Comore attraverso revisioni costituzionali che consentirono nuove elezioni, nonostante le continue critiche internazionali. Una legislazione Loi des compétences, che specifica i doveri di ciascun ente governativo, è stata emanata all'inizio del 2005 ed è ora in fase di attuazione. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, un religioso musulmano sunnita soprannominato "Ayatollah" per i suoi anni di studio dell'Islam in Iran, ha vinto le elezioni del 2006. Azali ha accettato i risultati delle elezioni, consentendo il primo trasferimento di potere pacifico e democratico dell'arcipelago.
Il colonnello Mohammed Bacar, un ex gendarme formatosi in Francia, ha preso il controllo di Anjouan nel 2001. Nel giugno 2007 ha tenuto un referendum per affermare la sua leadership, che il governo federale delle Comore e l'Unione africana hanno entrambi condannato come incostituzionale. Centinaia di soldati dell'Unione Africana e delle Comore hanno invaso Anjouan, in mano ai ribelli, il 25 marzo 2008, per la gioia della popolazione locale: centinaia, se non migliaia, di persone sono state torturate sotto il regno di Bacar. Alcuni ribelli sono stati uccisi o feriti, ma non sono disponibili numeri ufficiali. Almeno 11 persone sono rimaste ferite nell'attacco. Diversi funzionari sono stati incarcerati. Bacar fuggì a Mayotte, un'enclave francese dell'Oceano Indiano, su un motoscafo per cercare rifugio. Nelle Comore scoppiarono manifestazioni antifrancesi.
Più di 20 colpi di stato o tentativi di colpo di stato si sono verificati nelle Comore dall'indipendenza dalla Francia.
Il 26 maggio 2011, l'ex vicepresidente Ikililou Dhoinine ha prestato giuramento come presidente dopo le elezioni alla fine del 2010. Dhoinine, un membro del partito di governo, è stato sostenuto nelle elezioni dal presidente Ahmed Abdallah Mohamed Sambi. Dhoinine, farmacista di professione, è il primo presidente delle Comore, originario dell'isola di Mohéli.