Dana 8. svibnja 1530., Luis de Moscoso Alvarado osnovao je zaselak San Miguel de la Frontera (Sveti Mihael od granice) kao obranu od Lenca kraljevstva Chaparrastique (Mjesto lijepih orhideja). Do 1586. godine naselje je uzdignuto u status grada.
Vulkanski izljev gotovo je opustošio grad 1655. godine. Razaranje je, prema narodnoj predaji, bilo toliko strašno da je sačuvana samo slika Sotone u župnoj crkvi.
Salvadorska poljoprivredna, tekstilna i kemijska industrija su u središtu ovog grada. Industrija usluga, posebice zdravstvo i trgovina, značajno je porasla od početka dvadeset i prvog stoljeća, što je rezultiralo velikim privatnim ulaganjima u bolnice i trgovačke centre diljem grada. To se dijelom pripisuje velikom iznosu doznaka (najmanje 35 posto ukupnog ili otprilike 18 posto nacionalnog BDP-a) koje Salvadorci koji žive u inozemstvu šalju svojoj obitelji u istočnoj zoni zemlje.
Očekuje se da će prihodi i bogatstvo istočne polovice zemlje porasti kao rezultat novih zapošljavanja i poduzeća povezanih s razvojem Puerto La Unióna, koji je počeo s radom 2012.
U gradu postoje razne privatne i javne obrazovne ustanove, uključujući neke od najstarijih škola u zemlji. Državno sveučilište El Salvadora (sa svojim Facultad Multidiciplinaria de Oriente) i privatno Universidad de Oriente dva su glavna sveučilišta (UNIVO). Sveučilište Gerardo Barrios, Sveučilište Modular Abierta.
Od početka desetljeća sportska infrastruktura San Miguela doživjela je veliku izgradnju i obnovu. Nacionalni nogometni stadion "Juan Francisco Barraza", "Polideportivo Don Bosco" i stadion Charlaix glavna su sportska mjesta.
San Miguel ima općinske proslave u studenom u čast "Nuestra Seora De La Paz" (Gospe od mira), pri čemu je karneval u San Miguelu primarni događaj posljednje subote u mjesecu. To je najveći festival zabave, glazbe i kuhinje u El Salvadoru i jedan od najvećih u Srednjoj Americi, s procjenom na 1,000,000 ljudi koji ide na njegovu 50. godišnjicu (kako javljaju lokalni mediji). Počeci karnevala mogu se pratiti još od 1959. godine. Trenutno, ova tradicija nastavlja predstavljati širenje grada i jedan je od gospodarskih pokretača grada.
San Miguel poznat je po živahnom noćnom životu duž Rooseveltove avenije, glavne gradske arterije. Katedrala “Nuestra Seora de la Paz” (1862.), Guzman Park, kazalište Francisco Gavidia (1909.) i Palacio Municipal nalaze se u jednom od tih dijelova (1935.). Moderni San Miguel, s druge strane, obuhvaća nove zajednice poznate kao "colonias".
Kapetan general Gerado Barrios, pisac Francisco Gavidia, pjesnik Juan J. Caas i David Joaqun Guzmán su među poznatim domorocima iz San Miguela. Grad je okružen vulkanom Chaparrastique (2,129 metara), koji je nedvojbeno najupečatljiviji prizor San Miguela.
