La economía de Mostar depende principalmente de las industrias del aluminio y del metal, la banca y las telecomunicaciones. Algunas de las principales firmas del país tienen su sede en la ciudad.
Mostar, junto con Sarajevo, es el principal centro financiero de Bosnia y Herzegovina, con dos de los tres bancos más grandes del país con sede allí. Bosnia y Herzegovina tiene tres empresas nacionales de servicios eléctricos, postales y de telecomunicaciones, con una de cada una en Mostar (empresa de servicios eléctricos 'Elektroprivreda HZHB', empresa de servicios postales Hrvatska Pota Mostar y HT Mostar, la tercera empresa de telecomunicaciones más grande del país). Estas tres empresas (junto con los bancos y una fundición de aluminio) representan una parte significativa de la actividad económica total de la ciudad. En los últimos años, el sector privado ha experimentado una importante expansión en las pequeñas y medianas empresas, lo que ha contribuido al entorno empresarial favorable.
Dada la presencia de tres presas en el área de la ciudad de Mostar, la ciudad tiene una base firme para una futura expansión industrial. También hay una iniciativa en curso para el uso potencial de la energía eólica y la construcción de molinos de viento.
Mostar dependía de otras empresas importantes que habían sido cerradas, destruidas o reducidas antes de la Guerra de Bosnia de 1992-1995. SOKO (planta de aviones militares), Fabrika duhana Mostar (negocio de tabaco) y Hepok se encontraban entre ellos (industria alimentaria). El PIB per cápita de Mostar en 1981 era el 103 por ciento del promedio yugoslavo.
Aluminij es la única empresa de la ex Yugoslavia que todavía está en funcionamiento. Aluminij es una de las firmas más fuertes del país, con varios socios extranjeros. La producción anual de la empresa está aumentando rápidamente y se asocia con importantes firmas mundiales como Daimler Chrysler y Fiat. Aluminij es una de las empresas más poderosas de la ciudad, región y nación. Con respecto a la capacidad industrial actual, produce más de 150 millones de euros en exportaciones anuales. Los socios de Aluminij incluyen corporaciones globales reconocidas, las más importantes de las cuales son: Venture Coke Company LLC (Venco-Conoco joint Venture) de los Estados Unidos, Glencore International AG de Suiza, Debis International trading GmbH, Daimler-Chrysler y VAW Aluminium Technologie GmbH de Alemania, Hydro ASA de Noruega, Fiat de Italia y TLM-ibenik de Croacia. Aluminij genera 40 millones de euros en ingresos solo para el distrito de Mostar cada año.
Mostar también alberga la Feria Económica Internacional bienal Mostar ("Meunarodni sajam gospodarstva Mostar"), que comenzó en 1997. La Feria se divide en varias secciones: "La Feria Económica", "Feria del Vino", "Feria del Libro" y "Día de la comida".