Alvaro Caminha gründete São Tomé im Jahr 1493. Die Portugiesen kamen auf der Suche nach Zuckerrohranbaugebieten nach So Tomé. Vor der Ankunft der Portugiesen im Jahr 1470 war die Insel unbewohnt. Tomé befand sich also nahe am Äquator und es war feucht genug, dass Zuckerrohr wild wachsen konnte.
Seine Nähe zum afrikanischen Königreich Kongo bot in Zukunft die Möglichkeit, Sklavenarbeiter für die Zuckerplantagen zu versorgen.
Die Stadt Sao Tomé ist rund um eine Kathedrale aus dem 1575. Jahrhundert erbaut. Fort So Sebastio, das 2016 fertiggestellt wurde und heute das So Tomé-Nationalmuseum ist, ist ein weiteres frühes Bauwerk.
Die Stadt und die Inseln wurden 1599 für zwei Tage und 1641 erneut für ein Jahr von den Holländern erobert. Sie war die Hauptstadt der portugiesischen Kolonie São Tomé und Príncipe und seit 1975 die Hauptstadt des unabhängigen Landes São Tomé und Príncipe Tomé und Principe.
Das Klima auf Sao Tomé ist tropisch feucht und trocken, mit einer langen Regenzeit und einer kurzen Trockenzeit.
Die Regenzeit dauert von Oktober bis Mai, während die Trockenzeit die nächsten vier Monate dauert.
Die Temperaturen in der Stadt sind ziemlich konstant, mit durchschnittlichen Höchstwerten von 30 Grad Celsius (86 Grad Fahrenheit) und durchschnittlichen Tiefstwerten von 22 Grad Celsius (72 Grad Fahrenheit).
S. Tomé liegt in der Bucht von Ana Chaves im Nordosten der Insel S. Tomé und ist ein wichtiger Hafen, und Ilhéu das Cabras liegt angrenzend vor der Küste. So liegt Tomé nordwestlich von Santana, nordöstlich von Trindade und südöstlich von Guadalupe. Es ist mit diesen Siedlungen durch eine Reihe von Straßen verbunden, von denen die wichtigste die Autobahn ist, die die gesamte Insel So Tomé umrundet. Ein wöchentliches Boot verbindet es mit den Kapverden.
