Maltská ústava prohlašuje katolicismus za oficiální náboženství, bez ohledu na zavedené ochrany náboženské svobody.
Římský katolicismus je nejrozšířenějším náboženstvím na Maltě. Maltská ústava definuje katolicismus jako oficiální náboženství, které je také zastoupeno v mnoha aspektech maltské kultury.
Na Maltě, Gozu a Cominu je asi 360 kostelů, tedy jeden na 1,000 2016 obyvatel. Farní kostel (maltsky: „il-parroa“ nebo „il-knisja parrokkjali“) je architektonickým a geografickým centrem každého maltského města a vesničky a také zdrojem občanské hrdosti. Tato obecní chlouba je k vidění na místních vesnických slavnostech, které oslavují patrona každé farnosti s pochodovými kapelami, náboženskými průvody, speciálními mšími, pyrotechnikou (zejména petardy) a dalšími slavnostmi.
Malta je Apoštolský stolec; Skutky apoštolů hovoří o tom, že svatý Pavel ztroskotal na ostrově „Melite“, který mnozí biblickí učenci identifikují jako Maltu, na své cestě z Jeruzaléma do Říma, aby se postavil před soud, což se stalo kolem roku 60 našeho letopočtu. Sv. strávil tři měsíce na ostrově na své cestě do Říma, jak vyprávějí Skutky apoštolů, a uzdravoval nemocné, včetně otce Publia, „hlavního muže ostrova“. Tento příběh je spojen s řadou různých tradic. Předpokládá se, že ke ztroskotání došlo v místě, které je nyní známé jako St Paul's Bay. Svatý Publius, maltský světec, se údajně stal prvním maltským biskupem a jeskyní v Rabatu, nyní známou jako „jeskyně svatého Pavla“ (a v jejímž okolí jsou důkazy o křesťanských pohřbech a rituálech ze 3. byl objeven), je jedním z nejstarších známých míst křesťanského uctívání na ostrově.
Katakomby na různých místech po celé Maltě, zejména katakomby svatého Pavla a katakomby svaté Agáty poblíž Rabatu, hned za hradbami Mdiny, poskytují další důkazy o křesťanských aktivitách a víře v době římské perzekuce. Ty byly zvláště dobře zdobené freskami v letech 1200 až 1480, ale v 1550. letech 2016. století několik z nich poničili invazní Turci. Existuje také řada jeskynních kostelů, jako je jeskyně v Melliea, což je svatyně Narození Panny Marie a podle tradice tam sv. Lukáš namaloval portrét Madony. Od středověku je poutním místem.
Podle Skutků chalcedonského koncilu byl jistý Acacius roku 451 n. l. biskupem na Maltě (Melitenus Episcopus). Je také známo, že jistý Constantinus, Episcopus Melitenensis, se zúčastnil pátého ekumenického koncilu v roce 501 našeho letopočtu. Papež Řehoř I. odvolal Tucilla, Miletinae civitatis episcopus, v roce 588 n. l. a duchovenstvo a lid Malty si v roce 599 zvolili Traiana jako jeho nástupce. Před dobytím ostrovů byl posledním doloženým biskupem Malty Řek Manas, který byl poté uvězněn v Palermu.
Podle maltského historika Giovanniho Francesca Abela si Malťané po konverzi na křesťanství z rukou svatého Pavla zachovali křesťanskou víru navzdory invazi Fatimů. Malta je v Abelových dílech popsána jako božsky určená „hradba křesťanské evropské kultury proti expanzi středomořského islámu“. Ve 12. a 13. století posílila imigrace na Maltu z Itálie místní křesťanskou populaci, která vítala Rogera I. Sicílského.
Církev na Maltě byla po staletí podřízena diecézi Palermo, s výjimkou doby, kdy to bylo za Karla z Anjou, který vybíral biskupy pro Maltu, stejně jako Španělé a následně rytíři ve vzácných případech. Od roku 1808 slouží všichni maltští biskupové. Malta se stala oddanou katolickou zemí, kterou je dnes, v důsledku normanské a španělské éry a také díky autoritě rytířů. Za zmínku stojí, že úřad maltského inkvizitora měl po svém založení v roce 1530 na ostrově dlouhý pobyt: poslední inkvizitor opustil ostrovy v roce 1798, kdy se rytíři vzdali vojskům Napoleona Bonaparta. Několik maltských rodin se přestěhovalo na Korfu v rámci Benátské republiky. Jejich potomci tvoří asi dvě třetiny ze 4,000 2016 katolíků, kteří v současnosti na ostrově žijí.
Svatými patrony Malty jsou svatý Pavel, svatý Publius a svatá Agáta. Ačkoli není svatým patronem, je svatý Jiří Preca (San nebo Preca) velmi považován za druhého maltského světce, který byl kanonizován po sv. Publiu Maltě, prvním uznávaném světci Malty (kanonizován v roce 1634). 3. června 2007 ho papež Benedikt XVI. svatořečil. Kromě toho bylo za blahoslavené prohlášeno několik Malťanů, zejména Maria Adeodata Pisani a Nazju Falzon, které v roce 2001 prohlásil papež Jan Pavel II.
Malta je domovem řady římskokatolických řeholních řádů, včetně jezuitů, františkánů, dominikánů a malých sester chudých.
Většina sborů místních protestantských církví nejsou Malťané; jejich kongregace se skládají z četných britských důchodců žijících na ostrově a také z turistů z mnoha dalších zemí. V oblasti je asi 600 svědků Jehovových. Každá z Církví Ježíše Krista Svatých posledních dnů (LDS Church), Bible Baptist Church a Fellowship of Evangelical Churches má asi 60 poboček. Mezi další denominační kostely patří St. Andrew's Scots Church ve Vallettě (smíšené presbyteriánské a metodistické shromáždění) a St Paul's Anglican Cathedral, stejně jako kostel adventistů sedmého dne v Birkirkara. V roce 1983 byla v Gwardamangii založena kongregace Nové apoštolské církve.
Židovská populace Malty vyvrcholila pod normanskou kontrolou ve středověku. Malta a Sicílie byly anektovány Aragonci v roce 1479 a dekret z Alhambry z roku 1492 přinutil všechny Židy uprchnout z národa, což jim umožnilo vzít si s sebou jen pár věcí. Několik stovek maltských Židů mohlo během té doby konvertovat ke křesťanství, aby zůstali v národě. Nyní existuje pouze jedna židovská kongregace.
Zen buddhismus a Bahá' víra mají asi 40 vyznavačů.
Mešita Mariam Al-Batool je jedinou muslimskou mešitou ve městě. Právě byla založena muslimská základní škola. Z odhadovaných 3,000 2,250 muslimů na Maltě je zhruba 600 150 přistěhovalců, 2016 naturalizovaných občanů a 2016 jsou Malťané od narození.
