Naypyidaw je rozdělen do několika zón. Město stále postrádá mnoho vybavení, které by člověk očekával ve velkém městě.
OBYTNÉ ZÓNY
Byty jsou přidělovány podle postavení a rodinného stavu v obytných čtvrtích, které jsou dobře plánovány. Ve městě je nyní 1,200 čtyřpatrových bytových domů. Střechy bytových domů jsou barevně odlišeny podle zaměstnání jejich nájemníků; v budovách s modrými střechami sídlí zaměstnanci ministerstva zdravotnictví, v budovách se zelenými střechami zaměstnanci ministerstva zemědělství. Existuje zhruba 50 domů, ve kterých sídlí vysoce postavení vládní úředníci. Mnoho obyvatel města však žije ve slumech.
VOJENSKÉ ZÓNY
Vysoce postavení vojenští velitelé a další důležití úředníci sídlí v komplexu s tunely a bunkry, který je pro veřejnost uzavřen, 11 kilometrů (6.8 mil) od běžného vládního personálu. Ve městě se také nachází vojenská základna, která je přístupná pouze civilním osobám a dalším oprávněným osobám s písemným pověřením. Silnice uvnitř vojenského prostoru mají osm jízdních pruhů, které umožňují přistání malých letadel.
ZÓNA MINISTERSTVA
V zóně ministerstva ve městě sídlí kanceláře barmských vládních ministerstev. Vzhled všech budov ministerstva je stejný. Nachází se zde také parlamentní komplex s 31 budovami a prezidentská rezidence se 100 pokoji. V této zóně se také nachází budova radnice, která má mnoho prvků stalinského designu, ale střechu v barmském stylu.
HOTELOVÁ ZÓNA
Hotelová zóna na strmém okraji města nabízí řadu hotelů ve vilovém stylu. V současné době je v Naypyidaw nebo jeho okolí dvanáct hotelů. Osm z nich je v hotelové zóně Naypyidaw, zatímco další dva jsou na Yangon-Mandalay Road v Laeway (Lewe). V rámci příprav na 25. summit ASEAN v Naypyitaw v listopadu 2014 bylo poblíž Myanmarského kongresového centra postaveno čtyřicet vil. Vláda zahájila výstavbu vil v roce 2010. Kvůli nedostatku peněz byl projekt nakonec zadán do výběrového řízení na dokončení pro investory ze soukromého sektoru. Podrobnosti procesu zadávání veřejných zakázek nejsou známy, ale bylo vybráno 10 společností, které se do této činnosti zapojily, včetně podniků kontrolovaných významnými podnikateli se silnými vazbami na vládu.
Soutěžící a diváci her v jihovýchodní Asii 2013, které se konaly v Naypyidaw, byli ubytováni ve 348 hotelech a 442 hostincích.