Alvaro Caminha založil Svatý Tomáš v roce 1493. Portugalci dorazili do So Tomé ve snaze získat půdu s cukrovou třtinou. Před příchodem Portugalců v roce 1470 byl ostrov neobydlený. Tomé byl tedy blízko rovníku a bylo tam dost vlhko na to, aby cukrová třtina rostla jako divoká.
Jeho blízkost k africkému království Kongo nabízela v budoucnu zásobu otrocké práce pro cukrové plantáže.
Město Sao Tomé je postaveno kolem katedrály ze šestnáctého století. Fort So Sebastio, která byla dokončena v roce 1575 a je nyní Národním muzeem So Tomé, je další ranou stavbou.
Město a ostrovy se na dva dny zmocnili Nizozemci v roce 1599, poté znovu na rok v roce 1641. Bylo hlavním městem portugalské kolonie Svatý Tomáš a Princip a od roku 1975 hlavním městem nezávislé země Sao Tomé a Principe.
Klima Svatého Tomáše je tropické, vlhké a suché, s dlouhým obdobím dešťů a krátkým obdobím sucha.
Období dešťů trvá od října do května, zatímco období sucha trvá další čtyři měsíce.
Teploty ve městě jsou docela konzistentní, s průměrnými maximy 30 stupňů Celsia (86 stupňů Fahrenheita) a průměrnými minimy 22 stupňů Celsia (72 stupňů Fahrenheita).
Nachází se v Ana Chaves Bay na severovýchodě ostrova Svatý Tomáš, S. Tomé je důležitým přístavem a Ilhéu das Cabras se nachází v přilehlém moři. Tomé tedy leží severozápadně od Santany, severovýchodně od Trindade a jihovýchodně od Guadalupe. S těmito osadami je spojena řadou silnic, z nichž nejvýznamnější je dálnice, která objíždí celý ostrov So Tomé. S Kapverdami jej spojuje týdenní loď.
