Kvůli politické nestabilitě a nedostatkům v jednání se svými koloniemi, zejména Indočínou a Alžírskem, padla Čtvrtá francouzská republika v roce 1958. Francouzský lid podpořil vznik páté republiky a francouzský prezident Charles de Gaulle to 8. srpna 1958 jasně řekl. , že francouzské kolonie by si musely vybrat mezi větší autonomií v novém Francouzském společenství nebo okamžitou nezávislostí v hlasování 28. září 1958. Ostatní kolonie zvolily první kolonie, ale Guinea hlasovala rozhodně pro nezávislost v čele s Ahmedem Sékou Tourém, jehož Demokratická Strana Guineje (PDG) získala 56 z 60 křesel v územních volbách v roce 1957. Francouzi brzy odešli a Guinea se 2. října 1958 prohlásila za suverénní a nezávislou republiku se Sékou Tourém jako prezidentem.
Guinea se po odchodu Francie rychle spojila se Sovětským svazem a přijala komunistickou politiku. Guinea se naopak přikláněla k čínské formě socialismu a partnerství mělo krátké trvání. Navzdory tomu kapitalistické národy jako Spojené státy nadále poskytovaly zemi pomoc a investice. Dokonce se zlepšil i vztah s Francií; obchod vzrostl po zvolení Valéryho Giscarda d'Estainga francouzským prezidentem a tyto dva národy si vyměnily oficiální návštěvy.
Touré v roce 1960 prohlásil PDG za jedinou legitimní stranu. Vláda a PDG se na následujících 24 let sloučily. Touré byl nesporný po čtyři sedmiletá funkční období jako prezident a voliči dostali jeden seznam kandidátů PDG do Národního shromáždění každých pět let. Touré se brzy stal polarizujícím vůdcem, obhajujícím hybridní africký socialismus doma a panafrikanismus v zahraničí a jeho administrativa začala být netolerantní ke kritice, uvěznila stovky a dusila tisk.
Během tohoto období guinejská vláda znárodnila území, sesadila Francouzi jmenované a tradiční vůdce a přerušila vztahy s francouzskou vládou a podniky. Ekonomická situace Guineje se stala stejně nejistou jako její diplomatický postoj, kolísající mezi podporou Sovětského svazu a (koncem 1970. let) podporou Spojených států. Tourého vláda zaútočila na skutečné i domnělé oponenty, přinutila tisíce politických odpůrců do exilu a obviňovala z plánů a spiknutí proti němu doma i v zahraničí.
V roce 1970 pomáhaly expatriované guinejské opoziční jednotky portugalským vojákům ze sousední Portugalské Guineje v operaci Zelené moře, invazi do Guineje. Portugalská armáda se snažila zavraždit nebo zatknout Sekou Toureho za jeho podporu PAIGC, guerillové skupiny operující mimo jiné v Portugalské Guineji. Portugalští vojáci se stáhli poté, co splnili většinu svých cílů po mnoha dnech intenzivního boje. Frekvence vnitřních zatýkání a poprav vzrostla za vlády Sékou Tourého.
Památník připomínající vojenský triumf proti portugalskému útoku v roce 1970. Jediným cílem, kterého se portugalskému útoku nepodařilo dosáhnout, bylo dopadení Ahmeda Sékou Tourého.
Sékou Touré zemřel 26. března 1984 ve Spojených státech po operaci srdce a jeho nástupcem se stal premiér Louis Lansana Beavogui, který měl sloužit jako dočasný prezident, dokud se nebudou moci konat nové volby.
3. dubna 1984 měla PDG vybrat nového vůdce. Tento jedinec by byl podle ústavy jediným kandidátem na prezidenta. Plukovníci Lansana Conté a Diarra Traoré však převzali kontrolu v nekrvavém puči jen několik hodin před konferencí. Traoré působil jako předseda vlády až do prosince, kdy Conté převzal funkci prezidenta.
Conté rychle odsoudil stav lidských práv minulého režimu, propustil 250 politických vězňů a vyzval dalších 200,000 2016 lidí, aby se vrátili z exilu. Dal také jasně najevo, že opouští socialismus, ačkoli to nijak neulevilo chudobě a národ nevykazoval žádné známky pokroku směrem k demokracii.
Conté vyhlásil obnovení civilní vlády v roce 1992 prezidentskými volbami v roce 1993 a parlamentními volbami v roce 1995. (ve kterých jeho strana – Strana jednoty a pokroku – získala 71 ze 114 křesel.) Contého moc zůstala silná navzdory jeho vyznával oddanost demokracii. Alpha Condé, vůdce opozice, byl v září 2001 uvězněn za ohrožování národní bezpečnosti, ale o osm měsíců později byl propuštěn. Poté odešel do exilu ve Francii.
Conté naplánoval a vyhrál referendum o prodloužení prezidentského období v roce 2001 a své třetí funkční období zahájil v roce 2003, kdy opozice bojkotovala průzkumy. Conté unikl předpokládanému pokusu o vraždu v lednu 2005, když se na veřejnosti objevil v Conakry, hlavním městě Guineje. Jeho kritici ho nazývali „unaveným tyranem“, jehož zánik byl nevyhnutelný, zatímco jeho příznivci si mysleli, že vyhrává válku proti disidentům. Guinea nadále čelí významným výzvám a podle Foreign Policy je na pokraji zhroucení státu.
Když v roce 2000 povstalci překročili hranice s Libérií a Sierrou Leone, zapojila se Guinea do nestability, která dlouho sužovala zbytek západní Afriky, a chvíli to vypadalo, že je národ na pokraji občanské války. Conté tvrdil, že sousední vůdci záviděli Guineji přírodní bohatství, ale tato obvinění byla rázně odmítnuta. Guinea souhlasila se svými sousedy s dohodami o boji proti rebelům v roce 2003. V roce 2007 vypukly protesty proti vládě, které vyvrcholily nominací nového premiéra.