Pigmejski narodi su se prvi naselili u regionu. Kako su se kretala, Bantu plemena su ih uglavnom istiskivala i asimilirala.
Prvi Evropljani su došli u 15. veku. U Gabonu se u 18. vijeku pojavila monarhija koja govori mieni, poznata kao Orungu.
Bartholomew Roberts, velški gusar poznat kao Crni Bart, poginuo je na moru kod obale Cape Lopez 10. februara 1722. Od 1719. do 1722. napadao je brodove duž obala Amerike i zapadne Afrike.
Godine 1875., prvu ekspediciju u regiju Gabon-Kongo izveo je francuski avanturista Pierre Savorgnan de Brazza. Osnovao je Franceville i kasnije služio kao kolonijalni guverner. Kada je Francuska formalno osvojila Gabon 1885. godine, mnoga plemena Bantua živjela su u regiji koja je danas Gabon.
Gabon se pridružio četiri regije Francuske Ekvatorijalne Afrike 1910. godine, formirajući federaciju koja je trajala do 1959. 17. avgusta 1960. ove regije su stekle nezavisnost. Léon M'ba je bio prvi predsjednik Gabona, izabran 1961. godine, zajedno sa Omarom Bongo Ondimbom za njegovog potpredsjednika.
Nakon M'binog dolaska na vlast, štampa je potisnuta, politički skupovi zabranjeni, sloboda govora ograničena, druge političke stranke su progresivno potisnute s vlasti, a Ustav je modificiran prema francuskoj liniji kako bi vlast dodijelila Predsjedništvu, koje je M'ba je uzeo. Kada je M'ba u januaru 1964. raspustio Narodnu skupštinu kako bi uspostavio jednopartijsku vlast, vojni udar pokušao je da ga svrgne i vrati parlamentarnu demokratiju. U roku od 24 sata stigli su francuski padobranci da vrate M'bu na vlast.
Uprkos masovnim demonstracijama i neredima, puč je okončan nakon nekoliko dana borbe, a opozicija je zatvorena. Do danas su francuske trupe stacionirane u Camp de Gaulleu na periferiji grada Gabona. Bongo je preuzeo dužnost predsjednika kada je M'Ba umro 1967.
Bongo je proglasio Gabon jednopartijskom državom u martu 1968. godine, raspustivši BDG i osnovavši Parti Democratique Gabonais (PDG). Poželio je dobrodošlicu svim Gaboncima da se pridruže, bez obzira na njihovu političku privrženost u prošlosti. Bongo je koristio PDG kao sredstvo za utapanje regionalnih i plemenskih sukoba koji su prethodno podijelili politiku Gabona kako bi stvorio ujedinjeni nacionalni pokret u korist razvojnih ciljeva vlade. U februaru 1975. Bongo je izabran za predsjednika; u aprilu 1975. potpredsjedništvo je ukinuto i zamijenjeno premijerskim mjestom, koje nije imalo pravo na automatsko nasljeđivanje. Bongo je ponovo izabran na 7-godišnji mandat za predsjednika u decembru 1979. i novembru 1986. godine.
Studenti i radnici organizovali su nasilne proteste i štrajkove početkom 1990-ih, podstaknuti ekonomskim nezadovoljstvom i željom za političkim reformama. Bongo je radio sa zaposlenima po sektorima kao odgovor na njihove pritužbe, značajno smanjivši plate. Također je rekao da će otvoriti PDG i održati nacionalnu političku konferenciju u martu-aprilu 1990. na kojoj će se raspravljati o budućoj političkoj strukturi Gabona. Sastanku su prisustvovali PDG i 74 političke grupe. Vladajuća PDG i njene pristalice bile su podijeljene u dvije labave koalicije, Ujedinjeni front opozicionih udruženja i stranaka, koji je uključivao otcijepljenu Morenu Fundamental i Gabonsku stranku progresa.
Konferencija u aprilu 1990. godine podržala je značajne političke promjene, uključujući uspostavljanje nacionalnog Senata, decentralizaciju procesa budžetiranja, slobodu okupljanja i štampe, i eliminaciju potrebe za vizom za odlazak. Bongo je dao ostavku na mjesto predsjedavajućeg PDG-a u nastojanju da vodi tranziciju političkog sistema ka višestranačkoj demokratiji, a formirana je i tranziciona administracija koju vodi novi premijer Casimir Oye-Mba. Rezultirajuća administracija, poznata kao Gabonska socijaldemokratska grupacija (RSDG), bila je manja od prethodne i sadržavala je članove različitih opozicionih grupa u svom kabinetu. U maju 1990. godine, RSDG je doneo privremeni ustav koji je uključivao zakon o osnovnim pravima i nezavisno sudstvo, ali je predsedniku dao široka administrativna ovlašćenja. Ovaj dokument je stupio na snagu u martu 1991. godine nakon dodatnog ispitivanja od strane ustavnog odbora i Narodne skupštine.
Međutim, protivljenje PDG-u se nastavilo nakon sastanka u aprilu 1990., a dva pokušaja državnog udara su otkrivena i osujećena u septembru 1990. Uprkos antivladinim protestima nakon neočekivane smrti jednog opozicionog lidera, PDG je osvojio snažnu većinu na prvom višestranačkom nacionalnom Skupštinski izbori za skoro 30 godina u septembru-oktobru 1990.
Nakon ponovnog izbora predsjednika Omara Bonga sa 51% glasova u decembru 1993. godine, opozicioni kandidati odbili su prihvatiti rezultate. Nakon ozbiljnih građanskih nemira, vlada i opozicione grupe složile su se da rade na političkom rješenju. Ove diskusije su rezultirale Pariškim sporazumom, koji je potpisan u novembru 1994. i koji uključuje mnoge opozicione lidere u vladu nacionalnog jedinstva. Međutim, ovaj aranžman se brzo raspao, a parlamentarni i opštinski izbori 1996. i 1997. godine postavili su teren za povratak partizanskoj politici. PDG je ostvarila uvjerljivu pobjedu na parlamentarnim izborima, ali su opozicioni gradonačelnici izabrani u mnogim velikim gradovima, uključujući Libreville, na općinskim izborima 1997. godine.
U decembru 1998., predsjednik Omar Bongo došao je do reizbora sa ogromnom većinom glasova, uprkos podijeljenoj opoziciji. Uprkos brojnim navodnim anomalijama, nekoliko stranih posmatrača opisalo je rezultate kao reprezentativne, a nije bilo nasilnih nemira koji su prethodili izborima 1993. godine. PDG i pridruženi nezavisni nezavisni su gotovo u potpunosti kontrolisali Narodnu skupštinu nakon mirnih, ali pogrešnih parlamentarnih izbora 2001–2002., koje je bojkotovao veći broj manjih opozicionih stranaka i oštro osuđeni zbog administrativnih propusta. Predsjednik Omar Bongo ponovo je izabran u novembru 2005. za šesti mandat. On je ugodno reizabran, iako protivnici navode da su izbori bili praćeni neregularnostima. Nakon objave njegove pobjede, bilo je nekoliko incidenata nasilja, ali je Gabon općenito ostao miran.
U decembru 2006. godine sprovedeni su novi izbori za Narodnu skupštinu. Ustavni sud je poništio mnoga mjesta koja su osporavana zbog neregularnosti glasanja, ali je PDG zadržao kontrolu nad Narodnom skupštinom na drugom krugu izbora početkom 2007. godine.
Predsjednik Omar Bongo preminuo je od zastoja srca 8. juna 2009. godine u španskoj bolnici u Barseloni, nagovještavajući početak nove ere u politici Gabona. Rose Francine Rogombé, predsjednica Senata, imenovana je za privremenu predsjednicu 10. juna 2009. godine, u skladu sa revidiranim ustavom. 30. avgusta 2009. održani su prvi konkurentni izbori u istoriji Gabona bez Omara Bonga kao kandidata, sa 18 kandidata za predsjednika. Bilo je nekoliko manjih demonstracija uoči izbora, ali bez većih poremećaja. Nakon tronedeljne revizije od strane Ustavnog suda, sin Omara Bonga, šef vladajuće stranke Ali Bongo Ondimba, zvanično je proglašen pobednikom; njegova inauguracija održana je 16. oktobra 2009. godine.
Mnogi opozicioni kandidati tvrdili su da su izborni prijevari, a prvo objavljivanje izbornih rezultata izazvalo je neobično nasilne demonstracije u Port-Gentilu, drugom po veličini gradu u zemlji i dugogodišnjem uporištu otpora administraciji PDG-a. Stanovnici Port Gentila pohrlili su na ulice, zapalivši brojne firme i kuće, uključujući francuski konzulat i lokalni zatvor. Samo četiri osobe su poginule u neredima, prema zvaničnim podacima, ali opozicija i lokalni lideri kažu da ih je bilo mnogo više. Kako bi pomogli policiji koja se bori, žandarmi i vojska su poslani u Port Gentil, a policijski čas je uveden na više od tri mjeseca.
U junu 2010. godine održani su djelimični parlamentarni izbori. Po prvi put je učestvovala novoformirana koalicija stranaka Union Nationale (UN). Prebjegi PDG-a koji su napustili stranku nakon smrti Omara Bonga čine većinu UN-a. PDG je osvojila tri od pet mjesta u kojima se žestoko borila, dok su UN dobila dva; obje strane su tvrdile pobjedu.