Икономиката на Мостар разчита основно на алуминиевата и металната промишленост, банковото дело и телекомуникациите. Някои от най-добрите фирми в страната имат централи в града.
Мостар, заедно със Сараево, е основният финансов център в Босна и Херцеговина, с две от трите най-големи банки в страната със седалище там. Босна и Херцеговина има три национални компании за електрически, пощенски и телекомуникационни услуги, като по една е в Мостар (корпорация за електрически услуги „Elektroprivreda HZHB“, бизнес за пощенски услуги Hrvatska Pota Mostar и HT Mostar, третата по големина телекомуникационна фирма в страната). Тези три предприятия (заедно с банки и леярна за алуминий) представляват значителен дял от общата икономическа дейност на града. През последните няколко години частният сектор претърпя значителна експанзия в малкия и средния бизнес, което допринесе за благоприятната бизнес среда.
Предвид наличието на три язовира в района на град Мостар, градът има стабилна основа за бъдещо индустриално разширяване. Продължава и инициатива за потенциално използване на вятърна енергия и изграждане на вятърни мелници.
Мостар зависеше от други значими предприятия, които бяха затворени, унищожени или свити преди войната в Босна от 1992–1995 г. SOKO (завод за военни самолети), Fabrika duhana Mostar (тютюнев бизнес) и Hepok (хранителна промишленост). БВП на глава от населението на Мостар през 1981 г. е 103 процента от средния за Югославия.
Алуминий е единственото предприятие от бивша Югославия, което все още работи. Алуминий е една от най-силните фирми в страната, с редица чуждестранни партньори. Годишното производство на компанията бързо нараства и тя си партнира със значими световни фирми като Daimler Chrysler и Fiat. Алуминий е един от най-мощните бизнеси в града, региона и нацията. По отношение на настоящия индустриален капацитет, той произвежда повече от 150 милиона евро годишен износ. Партньорите на Aluminij включват добре познати световни корпорации, най-важните от които са: Venture Coke Company LLC (Venco-Conoco joint Venture) от САЩ, Glencore International AG от Швейцария, Debis International trading GmbH, Daimler-Chrysler и VAW Aluminium Technologie GmbH от Германия, Hydro ASA от Норвегия, Fiat от Италия и TLM-ibenik от Хърватия. Aluminij генерира 40 милиона евро приходи само за района на Мостар всяка година.
Мостар също е дом на двугодишния Международен икономически панаир Мостар („Meunarodni sajam gospodarstva Mostar“), който започна през 1997 г. Панаирът е разделен на различни секции: „Панаир на икономиката“, „Панаир на виното“, „Панаир на книгата“ и "Ден на храната."