Cibuti çevresindeki bölge, Neolitik dönemden beri yerleşim görmüştür. Dilbilimciler, bu zaman diliminde, Afro-Asyaca konuşan ilk insanların, ailenin Nil Vadisi'ndeki veya Yakın Doğu'daki varsayılan urheimat'ından (“orijinal vatan”) bölgeye göç ettiğine inanırlar. Diğerleri, Afroasiatic dil ailesinin Boynuz'da in situ olarak ortaya çıktığına ve oradan insanların yayıldığına inanıyor.
Gobaad Ovası'ndaki bir iç göl bölgesi olan Asa Koma'da, ikinci bin yılın ortalarına kadar uzanan çanak çömlek keşfedildi. Sahadaki çanak çömlek, Güney Arabistan'daki Ma'layba'dan Sabir kültürü 1. evre seramikleriyle karşılaştırılabilir noktalı ve kesikli geometrik desenlere sahiptir. Asa Koma'da uzun boynuzlu hörgüçsüz inek kemikleri de bulundu ve bu da evcil sığırların yaklaşık 3,500 yıl önce var olduğunu gösteriyor. Dorra ve Balho'da, antilopları ve bir zürafayı betimleyen ek kaya sanatı vardır.
Cibuti Şehri ve Loyada arasında bir dizi antropomorfik ve fallik stel de bulunabilir. Yapılar, Etiyopya'nın merkezinde de keşfedilen dikey levhalarla sınırlanan dikdörtgen mezarlarla bağlantılı. Cibuti-Loyada'daki steller bilinmeyen antik çağa aittir ve bazılarının T şeklinde bir işareti vardır.
Cibuti'nin, Kuzey Somali, Eritre ve Sudan'ın Kızıldeniz kıyısı ile birlikte, Eski Mısırlılar tarafından Punt (veya Ta Netjeru, "Tanrı'nın Ülkesi" anlamına gelen) olarak bilinen bölgenin en olası bölgesi olduğu düşünülmektedir. Punt Ülkesi'nden ilk olarak MÖ 25. yüzyılda bahsedildi. Puntitler, Beşinci Hanedan Firavunu Sahure ve On Sekizinci Hanedan Kraliçesi Hatshepsut'un hükümdarlıkları altında Eski Mısır ile güçlü bağları olan bir halktı. Deir el-Bahari'deki tapınak resimlerine göre, bu dönemde Punt Ülkesini Kral Parahu ve Kraliçe Ati yönetiyordu.
Bölgedeki Somali ve Afar etnik grupları, komşu Arap Yarımadası ile 1,000 yıldan fazla ticaret yaptıktan sonra kıtada İslam'ı benimseyen ilk insanlar arasındaydı.
Afrika Boynuzu'nda, İfat Sultanlığı bir ortaçağ ülkesiydi. Walashma hanedanı 1285'te kurdu ve merkezi Zeila'daydı. Ifat, Cibuti ve kuzey Somali'de operasyonlara başladı, ardından güneye, Ahmar Dağları'na taşındı. 1285 yılında, Sultanı Ömer Velaşma (ya da başka bir rivayete göre oğlu Ali) Şewa Sultanlığını ele geçirdi. Taddesse Tamrat'a göre Sultan Ömer'in askeri seferi, İmparator Yekuno Amlak'ın aynı zamanda yaylalardaki Hıristiyan krallıkları birleştirme çabasına benzer şekilde, Boynuz'daki Müslüman varlıkları birleştirme girişimiydi. Bu iki devlet sonunda Shewa ve diğer güney bölgeleri üzerinde çatıştı. Dönemin Müslüman saltanatları iyi koordine edilmemiş olsa da uzun bir savaş patlak verdi. 1332'de Etiyopya İmparatoru I. Amda Seyon, Ifat'ı yok etti ve Shewa'dan çekildi.
Tadjoura Körfezi'nin kuzeyindeki bölge, 1862'den 1894'e kadar Obock olarak biliniyordu ve Fransa'nın bölgede bir varlık oluşturmak için 1883 ve 1887 arasında çeşitli anlaşmalar müzakere ettiği yerel yöneticiler olan Somali ve Afar Sultanları tarafından yönetiliyordu. Léonce Lagarde, 1894'te Cibuti'de kalıcı bir Fransız hükümeti kurdu ve bölgeyi Fransız Somaliland olarak yeniden adlandırdı. 1896'dan Territoire Français des Afars et des Issas'ın (TFAI) kurulduğu 1967'ye kadar sürdü (“Fransız Afars ve Issas Bölgesi”).
Cibuti, 1958'de, komşu Somali'nin 1960'taki bağımsızlığının arifesinde, Somali Cumhuriyeti'ne katılıp katılmayacağını veya Fransa'da kalıp kalmayacağını belirlemek için bir referandum düzenledi. Referandum, geniş Afar etnik topluluğunun yanı sıra yerleşik Avrupalıların evet oyu ile sonuçlandı ve ülkenin Fransa ile ilişkisinin sürdürülmesi gerektiğini gösterdi. Kitlesel oy manipülasyonu iddiaları da yapıldı. Hayır oyu verenlerin büyük kısmı, Hükümet Konseyi Başkan Yardımcısı Mahmoud Harbi'nin birleşik bir Somali önerisini destekleyen Somalililerdi. Harbi iki yıl sonra bir uçak kazasında öldü.
1967'de bölgenin geleceğine karar vermek için ikinci bir referandum yapıldı. İlk bulgular, daha gevşek bir tutuşla da olsa Fransa ile bağlantının sürdürülmesi gerektiğini gösterdi. Oylama etnik gruplara göre de bölündü, yerleşik Somalililerin çoğunluğu Somali ile nihai birleşme amacıyla bağımsızlık için oy verirken, Afars Fransa ile kalmayı seçti. Referandum bir kez daha Fransız hükümetinin oyları manipüle ettiği iddialarıyla sarsıldı. Eski Côte française des Somalis (Fransız Somaliland), oylamadan kısa bir süre sonra Territoire français des Afars et des Issas olarak yeniden adlandırıldı.
1977'de üçüncü bir referandum yapıldı. Seçmenlerin %98.8'inin oybirliğiyle Fransa'dan ayrılması resmen Cibuti'nin bağımsızlığını ilan eden bir heyelan tarafından onaylandı. 1958 referandumunda evet oyu verilmesini savunan Somalili bir politikacı olan Hassan Gouled Aptidon, ülkenin ilk cumhurbaşkanı oldu (1977–1999).
Cibuti, Afrika Birliği Örgütü'ne (şimdiki adıyla Afrika Birliği), Arap Birliği'ne ve Birleşmiş Milletler'e ilk yılında katıldı. Acemi ülke aynı zamanda 1986'da bölgesel bir kalkınma örgütü olan Hükümetlerarası Kalkınma Otoritesi'nin de kurucu üyesiydi.
Cibuti'de iktidardaki Halkın İlerleme Yürüyüşü (PRP) ile muhalefetteki Birlik ve Demokrasinin Restorasyonu Cephesi (FRUD) arasındaki hükümet temsili üzerindeki gerilimler, 1990'ların başında şiddetli savaşlara yol açtı. 2000 yılında, bir güç paylaşımı anlaşmasıyla açmaz kırıldı.