Önümüzdeki 30 yıl siyasi çalkantılarla işaretlendi. 3 Ağustos 1975'te silahlı bir darbeyle, Başkan Ahmed Abdallah görevden alındı ve yerine Komorlar Birleşik Ulusal Cephesi (FNUK) üyesi Prens Said Mohamed Jaffar getirildi. Ocak 1976'da Jaffar, Savunma Bakanı Ali Soilih lehine görevden alındı.
O dönemde yapılan iki referandumda Mayotte halkı Fransa'dan bağımsızlığa karşı karar verdi. Birincisi, 22 Aralık 1974'te Fransa ile ilişkileri sürdürmek için yüzde 63.8 destek aldı ve ikincisi, Şubat 1976'da yüzde 99.4 gibi şaşırtıcı bir destek aldı. Hayatta kalan üç adayı yöneten Başkan Soilih, Fransa ile bağları geren çeşitli sosyalist ve izolasyonist önlemler uyguladı. Bob Denard, 13 Mayıs 1978'de Fransa, Rodezya ve Güney Afrika hükümetlerinin desteğiyle Başkan Soilih'i görevden almak ve Abdullah'ı geri getirmek için geri döndü. Soilih'in kısa saltanatı sırasında tahttan indirilip öldürülmeden önce yedi darbe girişimine daha maruz kaldı.
Abdullah'ın cumhurbaşkanlığı, Soilih'in aksine, otoriter kontrol ve geleneksel İslam'a daha fazla bağlılık ile karakterize edildi ve ulusun adı Komorlar Federal İslam Cumhuriyeti (République Fédérale Islamique des Comores; ) olarak değiştirildi. Bir darbeden korkan Abdullah, 1989'da Bob Denard tarafından komuta edilen Başkanlık Muhafızlarına silahlı kuvvetleri silahsızlandırmasını emreden bir bildiri yayınlayana kadar cumhurbaşkanı olarak kaldı. Abdallah'ın kararnamenin imzalanmasından kısa bir süre sonra öfkeli bir askeri subay tarafından ofisinde vurularak öldürüldüğü bildirildi, ancak sonraki raporlar yatak odasına bir tanksavar füzesinin ateşlendiğini ve onu öldürdüğünü söylüyor. Denard'ın yaralanmış olmasına rağmen Abdullah'ın katilinin onun emrindeki bir asker olduğuna inanılıyor.
Bob Denard, birkaç gün sonra Fransız paraşütçüler tarafından Güney Afrika'ya götürüldü. Başkan, daha sonra, Bob Denard'ın geri döndüğü ve başka bir darbe denediği Eylül 1995'e kadar hüküm süren Soilih'in ağabeyi Said Mohamed Djohar'dı. Fransa paraşütçülerle araya girince Denard teslim olmak zorunda kaldı. Djohar, Fransızlar tarafından Reunion'a sürüldü ve Paris'in desteklediği Mohamed Taki Abdoulkarim cumhurbaşkanı seçildi. 1996'dan, işçi huzursuzluğu, hükümet baskısı ve ayrılıkçı savaşların damgasını vurduğu bir dönemde, Kasım 1998'deki ölümüne kadar ülkenin lideriydi. Geçici Devlet Başkanı Tadjidine Ben Said Massounde halefi olarak devraldı.
Fransız egemenliğini geri almak amacıyla, Anjouan ve Mohéli adaları 1997'de Komorlar'dan bağımsızlıklarını ilan ettiler. Ancak Fransa onların talebine karşı çıkarak federal güçler ve isyancılar arasında şiddetli çatışmalara neden oldu. Genelkurmay Başkanı Albay Azali Assoumani, Nisan 1999'da kansız bir darbeyle Geçici Başkan Massounde'u devirdi ve kriz karşısında liderliğin zayıf olduğunu iddia etti. 1975'teki bağımsızlıktan bu yana, Komorlar 18 darbe veya darbe girişimi gördü.
Azali'nin otoriteyi pekiştirme ve adalar üzerindeki kontrolü yeniden sağlamadaki başarısızlığı dünya çapında kınamalara yol açtı. Güney Afrika Devlet Başkanı Thabo Mbeki liderliğindeki Afrika Birliği, arabuluculuk ve uzlaşma sürecine yardımcı olması için Anjouan'a cezalar verdi. Ülkenin resmi adı Komorlar Birliği olarak değiştirildi ve her ada için yeni bir siyasi özerklik sistemi ve üç ada için bir birlik yönetimi kuruldu.
Azali, 2002'de kazandığı demokratik bir seçimde Komorlar Devlet Başkanlığı için rekabet etmek için kenara çekildi. İlk kez güç kullanarak iktidara gelen ve hükümetteyken her zaman demokratik olmayan bir askeri diktatör olarak Azali, devam eden uluslararası eleştirilere rağmen Komorlar'da yeni seçimlere izin veren anayasal değişikliklerle önderlik etti. Her bir devlet kurumunun görevlerini belirleyen bir Loi des Compétences mevzuatı 2005 yılının başlarında çıkarılmıştır ve şu anda uygulanmaktadır. İran'da İslam eğitimi aldığı yıllarda “Ayetullah” olarak adlandırılan Sünni Müslüman din adamı Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, 2006 seçimlerini kazandı. Azali, seçim sonuçlarını kabul ederek takımadaların ilk barışçıl ve demokratik güç transferini sağladı.
Fransa'da eğitim görmüş eski bir jandarma olan Albay Muhammed Bacar, 2001 yılında Anjouan'da kontrolü ele geçirdi. Haziran 2007'de liderliğini teyit etmek için bir referandum düzenledi ve Komorlar federal hükümeti ve Afrika Birliği bunu anayasaya aykırı bularak kınadı. Afrika Birliği ve Komorlar'dan yüzlerce asker, 25 Mart 2008'de isyancıların elindeki Anjouan'ı yerel halkı memnun etmek için işgal etti: Bacar'ın hükümdarlığı altında yüzlerce, hatta binlerce insan işkence gördü. Bazı isyancılar öldürüldü veya yaralandı, ancak resmi rakamlar mevcut değil. Saldırıda en az 11 kişi yaralandı. Çok sayıda yetkili hapse atıldı. Bacar, Fransız Hint Okyanusu'ndaki bir yerleşim bölgesi olan Mayotte'ye sığınmak için bir sürat teknesiyle kaçtı. Komorlar'da Fransız karşıtı gösteriler patlak verdi.
Fransa'dan bağımsızlıktan bu yana Komorlar'da 20'den fazla darbe veya darbe girişimi gerçekleşti.
26 Mayıs 2011'de, eski Başkan Yardımcısı İkililou Dhoinine, 2010 sonlarında yapılan seçimlerin ardından Cumhurbaşkanı olarak yemin etti. İktidar partisinin bir üyesi olan Dhoinine, seçimlerde Başkan Ahmed Abdallah Mohamed Sambi tarafından desteklendi. Eczacı olan Dhoinine, Komorların Mohéli adasından gelen ilk Cumhurbaşkanıdır.